| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 前言 | 第13-15页 |
| 1 绪论 | 第15-31页 |
| 1.1 药物与靶点互作机制研究的机遇和挑战 | 第15-16页 |
| 1.2 药物与靶点互作机制研究概况 | 第16-18页 |
| 1.3 分子模拟及化学信息学在药物研究中的应用 | 第18-20页 |
| 1.4 单分子与单靶点互作机制研究方法 | 第20-24页 |
| 1.4.1 定量构效关系 | 第21-22页 |
| 1.4.2 分子对接 | 第22-23页 |
| 1.4.3 分子动力学模拟 | 第23-24页 |
| 1.5 多分子与多靶点互作机制研究方法 | 第24-28页 |
| 1.5.1 药物成药性的化学信息学方法 | 第25-26页 |
| 1.5.2 靶点预测方法 | 第26-27页 |
| 1.5.3 基因本体论分析 | 第27页 |
| 1.5.4 网络构建 | 第27-28页 |
| 1.5.5 网络药理学方法 | 第28页 |
| 1.6 本论文的研究内容 | 第28-31页 |
| 2 单分子与单靶点互作机制 | 第31-50页 |
| 2.1 研究背景和意义 | 第31-32页 |
| 2.2 建模方法 | 第32-35页 |
| 2.2.1 分子数据库的构建 | 第33-34页 |
| 2.2.2 模型的建立 | 第34页 |
| 2.2.3 同源模建 | 第34-35页 |
| 2.2.4 分子对接 | 第35页 |
| 2.2.5 分子动力学模拟 | 第35页 |
| 2.3 基于单分子与单靶点的数学模型 | 第35-40页 |
| 2.3.1 模型统计结果分析 | 第36-38页 |
| 2.3.2 药物分子结构和活性之间的关系 | 第38-40页 |
| 2.4 单分子与单靶点互作机制阐释 | 第40-48页 |
| 2.4.1 药物与靶点的结合模式分析 | 第40-44页 |
| 2.4.2 药物与靶点结合模式的分子动力学研究 | 第44-46页 |
| 2.4.3 药物与靶点的多重作用模式分析 | 第46-48页 |
| 2.5 本章小结 | 第48-50页 |
| 3 基于建模新方法的单分子与单靶点互作机制 | 第50-80页 |
| 3.1 研究背景和意义 | 第50-52页 |
| 3.2 建模方法 | 第52-57页 |
| 3.2.1 分子数据库的构建 | 第52-54页 |
| 3.2.2 基于GA的建模新方法 | 第54-55页 |
| 3.2.3 SOM和随机分割方法 | 第55-56页 |
| 3.2.4 分子结构的优化和叠合 | 第56-57页 |
| 3.3 分子靶向受体研究方法 | 第57-58页 |
| 3.3.1 分子对接 | 第57页 |
| 3.3.2 分子动力学模拟 | 第57页 |
| 3.3.3 结合自由能计算 | 第57-58页 |
| 3.4 基于GA的三维定量构效关系模型 | 第58-67页 |
| 3.4.1 GA模型的可靠性 | 第58-61页 |
| 3.4.2 使用SOM和随机分割验证GA模型的合理性 | 第61-64页 |
| 3.4.3 基于GA模型阐释药物分子结构和活性的关系 | 第64-67页 |
| 3.5 单分子靶向受体的互作机制研究 | 第67-78页 |
| 3.5.1 预测药物与靶点的结合模式和亲和力 | 第67-70页 |
| 3.5.2 分子动力学模拟剖析药物和靶点互作机制 | 第70-73页 |
| 3.5.3 药物和靶点的结合自由能分析 | 第73-74页 |
| 3.5.4 NBD-556和NBD-557与靶点的分子动力学分析 | 第74-76页 |
| 3.5.5 药物和靶点的多重结合模式分析 | 第76-78页 |
| 3.6 本章小结 | 第78-80页 |
| 4 多分子与多靶点互作机制 | 第80-102页 |
| 4.1 研究背景和意义 | 第80-82页 |
| 4.2 多分子与多靶点互作机制研究的技术路线与方法 | 第82-83页 |
| 4.2.1 构建雷公藤和马钱子分子数据库 | 第82页 |
| 4.2.2 利用ADME筛选活性化合物 | 第82页 |
| 4.2.3 靶点识别与验证 | 第82-83页 |
| 4.2.4 网络的构建 | 第83页 |
| 4.3 多分子药物治疗复杂系统疾病的分子作用机制 | 第83-100页 |
| 4.3.1 马钱子和雷公藤的口服生物利用度和类药性分析 | 第83-87页 |
| 4.3.2 靶点预测和验证 | 第87-93页 |
| 4.3.3 基于多靶点功能的多分子多靶点互作机制分析 | 第93-96页 |
| 4.3.4 多分子与多靶点互作机制的网络分析 | 第96-100页 |
| 4.4 本章小结 | 第100-102页 |
| 5 基于多尺度的多分子与多靶点互作机制 | 第102-129页 |
| 5.1 研究背景和意义 | 第102-103页 |
| 5.2 研究方法和技术路线 | 第103-106页 |
| 5.2.1 利用P值筛选治疗RA相关的多分子药物 | 第103-104页 |
| 5.2.2 活性成分筛选与靶点预测 | 第104页 |
| 5.2.3 分子动力学模拟和结合自由能计算 | 第104页 |
| 5.2.4 网络构建与通路富集 | 第104页 |
| 5.2.5 实验方法 | 第104-106页 |
| 5.3 基于整体和局部的多分子与多靶点互作机制 | 第106-119页 |
| 5.3.1 与RA相关药物的统计学分析 | 第106页 |
| 5.3.2 活性化合物的筛选 | 第106-111页 |
| 5.3.3 药物-靶点网络分析 | 第111-115页 |
| 5.3.4 实验验证 | 第115-117页 |
| 5.3.5 分子动力学模拟解析药物与靶点的结合模式 | 第117-119页 |
| 5.4 基于网络药理学的多分子与多靶点互作机制 | 第119-127页 |
| 5.4.1 靶蛋白的基因本体(GO)分析 | 第119-120页 |
| 5.4.2 靶点网络功能模块分析 | 第120-122页 |
| 5.4.3 多分子与多靶点在疾病网络中的协同作用分析 | 第122-124页 |
| 5.4.4 多通路协同以及串扰效应的整体机制分析 | 第124-127页 |
| 5.5 本章小结 | 第127-129页 |
| 6 结论和展望 | 第129-131页 |
| 6.1 结论 | 第129页 |
| 6.2 创新点 | 第129-130页 |
| 6.3 展望 | 第130-131页 |
| 参考文献 | 第131-148页 |
| 缩略词 | 第148-152页 |
| 攻读博士学位期间科研项目及科研成果 | 第152-153页 |
| 致谢 | 第153-154页 |
| 作者简介 | 第154页 |
