| 摘要 | 第1-8页 |
| ABSTRACT | 第8-14页 |
| 第一章 文献综述 | 第14-25页 |
| ·家猪及其基因组测序 | 第14-15页 |
| ·同质段 | 第15-16页 |
| ·同质段及其发现 | 第15-16页 |
| ·isochore 的生物学意义 | 第16页 |
| ·不同的 ISOCHORE 结构模式 | 第16-18页 |
| ·常规温血哺乳动物模式 | 第16-17页 |
| ·鸟类模式 | 第17-18页 |
| ·冷血脊椎动物模式 | 第18页 |
| ·植物模式 | 第18页 |
| ·同质段的研究方法 | 第18-23页 |
| ·滑动窗口法(Window Method) | 第19页 |
| ·最小二乘优化法(Least-squares Optimal Segmentation) | 第19页 |
| ·隐马尔科夫模型法(Hidden Markov Model, HMM) | 第19-20页 |
| ·小波多尺度分析法(Wavelet Multiple Scale Analysis) | 第20页 |
| ·递归熵法(Recursive Entropy) | 第20页 |
| ·Z 曲线方法(Z Curve Method) | 第20-23页 |
| ·Z 曲线理论 | 第21页 |
| ·累积 GC 轮廓图法 | 第21-22页 |
| ·基于平方散度和 Z 曲线的分段方法 | 第22-23页 |
| ·基因预测方法 | 第23-24页 |
| ·基因预测软件的发展 | 第23页 |
| ·常用基因预测方法 | 第23-24页 |
| ·序列相似性搜索 | 第23页 |
| ·从头预测法 | 第23-24页 |
| ·其他方法 | 第24页 |
| ·论文的目的及意义 | 第24-25页 |
| 第二章 家猪基因组同质段分析 | 第25-43页 |
| ·引言 | 第25页 |
| ·材料与方法 | 第25-28页 |
| ·材料 | 第25-26页 |
| ·家猪基因组序列 | 第25-26页 |
| ·人类基因组序列 | 第26页 |
| ·家猪已知蛋白编码基因 | 第26页 |
| ·重复序列数据库 | 第26页 |
| ·方法 | 第26-28页 |
| ·序列分段 | 第26-27页 |
| ·LHGR 内 GC 含量均匀性度量 | 第27页 |
| ·搜索 LHGR 所在窗口 | 第27页 |
| ·基因密度 | 第27页 |
| ·重复序列搜索及密度统计 | 第27-28页 |
| ·CpG 岛预测及密度统计 | 第28页 |
| ·图像生成 | 第28页 |
| ·结果与讨论 | 第28-42页 |
| ·结果 | 第28-39页 |
| ·家猪基因组的累积 GC 轮廓图及 LHGR | 第28-33页 |
| ·LHGR 模式:相对数量 | 第33页 |
| ·LHGR 模式:长度 | 第33-34页 |
| ·LHGR 模式:GC 含量 | 第34页 |
| ·家猪基因的组成分布 | 第34-37页 |
| ·家猪 CpG 岛的组成分布 | 第37-38页 |
| ·LHGR 中重复序列密度 | 第38页 |
| ·家猪基因组中的 isochore | 第38-39页 |
| ·讨论 | 第39-42页 |
| ·分段方法 | 第39页 |
| ·家猪与人类的 LHGR 模式比较 | 第39-40页 |
| ·家猪各染色体的 GC 同质性差异 | 第40页 |
| ·家猪基因组成分布模式 | 第40-41页 |
| ·家猪基因组中 LHGR 生物特性的应用 | 第41页 |
| ·家猪基因组中的 isochore | 第41-42页 |
| ·小结 | 第42-43页 |
| 第三章 家猪基因组新基因预测 | 第43-53页 |
| ·引言 | 第43页 |
| ·材料与方法 | 第43-45页 |
| ·材料 | 第43-44页 |
| ·基因组序列 | 第43页 |
| ·EST 序列 | 第43页 |
| ·基因序列 | 第43页 |
| ·蛋白质序列 | 第43-44页 |
| ·方法 | 第44-45页 |
| ·基因的从头预测 | 第44页 |
| ·序列相似性比较 | 第44页 |
| ·EST 预处理 | 第44-45页 |
| ·其他文件及序列处理 | 第45页 |
| ·数据库系统安装及设置 | 第45页 |
| ·结果 | 第45-51页 |
| ·基因预测软件系统 | 第45-49页 |
| ·a_abpredict_rename_extractpr.sh | 第45-48页 |
| ·b_format_blast_pridensift_extractncl.sh | 第48页 |
| ·c_cleanup_repeatmasker.sh | 第48页 |
| ·d_blat_filterPSL_sort_blat2hints.sh | 第48-49页 |
| ·e_locat_extractseq.sh | 第49页 |
| ·基于 Web 的生物信息平台 | 第49-51页 |
| ·数据库结构 | 第49-50页 |
| ·主要功能模块 | 第50-51页 |
| ·讨论 | 第51页 |
| ·基因预测部分 | 第51页 |
| ·软件平台部分 | 第51页 |
| ·小结 | 第51-53页 |
| 第四章 结论 | 第53-55页 |
| 参考文献 | 第55-59页 |
| 附录 | 第59-67页 |
| 致谢 | 第67-68页 |
| 作者简介 | 第68页 |
