| 摘要 | 第7-9页 |
| ABSTRACT | 第9-10页 |
| 缩略语表 | 第11-12页 |
| 1 绪论 | 第12-27页 |
| 1.1 冰核细菌(INA细菌) | 第12-16页 |
| 1.1.1 冰核细菌简介 | 第12-14页 |
| 1.1.2 冰品核蛋白基因 | 第14-15页 |
| 1.1.3 冰核基因表达调控研究 | 第15-16页 |
| 1.2 GntR转录因子 | 第16-22页 |
| 1.2.1 GntR家族转录因子概述 | 第16-17页 |
| 1.2.2 GntR家族转录因子研究现状 | 第17-18页 |
| 1.2.3 GntR转录因子调控模式 | 第18-22页 |
| 1.3 ATP结合盒式转运系统(ABC转运系统) | 第22-24页 |
| 1.3.1 ATP结合盒式转运蛋白简介 | 第22-23页 |
| 1.3.2 ATP结合盒式转运系统的结构和作用机制 | 第23-24页 |
| 1.3.3 ABC转运蛋白基因转录调控 | 第24页 |
| 1.4 转录调控研究方法 | 第24-26页 |
| 1.4.1 转录因子与DNA相互作用的研究方法 | 第24-25页 |
| 1.4.1.1 体外实验方法 | 第25页 |
| 1.4.1.2 体内实验方法 | 第25页 |
| 1.4.2 基于生物信息学的方法 | 第25-26页 |
| 1.5 课题研究目的及意义 | 第26-27页 |
| 2 材料与方法 | 第27-38页 |
| 2.1 实验材料 | 第27-33页 |
| 2.1.1 菌株和质粒 | 第27-28页 |
| 2.1.2 培养基 | 第28页 |
| 2.1.3 PCR引物 | 第28-30页 |
| 2.1.4 DNA探针(直接合成) | 第30页 |
| 2.1.5 实验所需试剂 | 第30-33页 |
| 2.1.5.1 质粒提取,总DNA提取,质粒转化以及质粒快检所需试剂 | 第30-31页 |
| 2.1.5.2 大肠杆菌感受态制备所需试剂 | 第31页 |
| 2.1.5.3 SDS-PAGE所需试剂 | 第31页 |
| 2.1.5.4 Western Blot所需试剂 | 第31页 |
| 2.1.5.5 亲和纯化所用试剂 | 第31-32页 |
| 2.1.5.6 琼脂糖凝胶电泳所需试剂 | 第32页 |
| 2.1.5.7 聚丙烯酰胺凝胶阻滞实验(EMSA)所需试剂 | 第32页 |
| 2.1.5.8 DNA酶足迹（DNaseI-footprinting）所用试剂 | 第32页 |
| 2.1.5.9 染色质免疫共沉淀(ChIP)所用试剂 | 第32-33页 |
| 2.1.6 实验所用仪器 | 第33页 |
| 2.2 实验方法 | 第33-38页 |
| 2.2.1 丁香假单胞菌基因组的提取 | 第33-34页 |
| 2.2.2 大肠杆菌质粒的提取 | 第34页 |
| 2.2.3 PCR扩增 | 第34页 |
| 2.2.4 DNA体外重组 | 第34页 |
| 2.2.5 大肠杆菌的转化及筛选鉴定 | 第34-35页 |
| 2.2.6 SDS-PAGE样品制备和电泳 | 第35页 |
| 2.2.7 Western Blot实验 | 第35-36页 |
| 2.2.9 大肠杆菌的诱导表达、亲和纯化 | 第36页 |
| 2.2.9.1 大肠杆菌诱导表达 | 第36页 |
| 2.2.9.2 亲和纯化 | 第36页 |
| 2.2.9.3 蛋白质的透析和浓缩 | 第36页 |
| 2.2.10 聚丙烯酰胺凝胶阻滞实验(EMSA) | 第36-37页 |
| 2.2.11 DNA酶足迹实验(DNasel footprinting) | 第37页 |
| 2.2.12 染色质免疫共沉淀实验(ChIP) | 第37页 |
| 2.2.13 生物信息学分析 | 第37-38页 |
| 3 结果与分析 | 第38-59页 |
| 3.1 丁香假单胞菌gl003331基因的表达及蛋白纯化 | 第38-40页 |
| 3.1.1 gL003331基因原核表达载体的构建 | 第38页 |
| 3.1.2 GL003331蛋白的诱导表达及纯化 | 第38-40页 |
| 3.2 GL003331蛋白的序列及结构分析 | 第40-43页 |
| 3.3 GL003331同源建模三维结构 | 第43-44页 |
| 3.4 RT-qPCR确定gL003331基因的相对表达量 | 第44页 |
| 3.5 结合靶序列鉴定 | 第44-52页 |
| 3.5.1 聚丙烯酰胺凝胶阻滞实验(EMSA)鉴定结合区域 | 第44-49页 |
| 3.5.1.1 启动子序列的预测及筛选 | 第44-45页 |
| 3.5.1.2 利用EMSA研究GL003331蛋白与探针的结合 | 第45-47页 |
| 3.5.1.3 结合探针DNA序列分析 | 第47页 |
| 3.5.1.4 逐步缩短EMSA探针缩小GL003331与DNA结合区域范围 | 第47-49页 |
| 3.5.2 酶足迹(DNaseI-footprinting)实验鉴定结合位点 | 第49-50页 |
| 3.5.3 回文序列突变 | 第50-51页 |
| 3.5.4 染色质免疫共沉淀验证体内结合活性 | 第51-52页 |
| 3.6 GL003331潜在靶基因分析 | 第52-59页 |
| 3.6.1 靶序列分析 | 第52-57页 |
| 3.6.2 靶基因ChIP实验分析 | 第57-58页 |
| 3.6.3 靶基因Chip测序与分析 | 第58-59页 |
| 4 总结与讨论 | 第59-66页 |
| 4.1 总结 | 第59-60页 |
| 4.2 讨论 | 第60-66页 |
| 4.2.1 GL003331是一种新的GntR/HutC转录调控因子 | 第60-61页 |
| 4.2.2 潜在靶基因的筛选和功能分析 | 第61页 |
| 4.2.3 GL003331结合的保守DNA序列普遍性 | 第61-62页 |
| 4.2.4 GL003331活性受小分子效应物的抑制 | 第62-63页 |
| 4.2.5 一种全局性的转录调控因子 | 第63-64页 |
| 4.2.6 研究展望 | 第64-66页 |
| 参考文献 | 第66-73页 |
| 硕士期间发表论文情况 | 第73-74页 |
| 致谢 | 第74页 |
