| 摘要 | 第6-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 1 绪论 | 第18-34页 |
| 1.1 研究背景 | 第18-24页 |
| 1.1.1 生物网络 | 第19-22页 |
| 1.1.2 蛋白质关系网络研究 | 第22-24页 |
| 1.2 基于蛋白质关系网络的复合物抽取算法研究现状与问题 | 第24-31页 |
| 1.2.1 蛋白质复合物抽取算法研究现状 | 第24-30页 |
| 1.2.2 亟待解决的问题 | 第30-31页 |
| 1.3 本文主要研究思路与内容 | 第31-33页 |
| 1.4 本文的结构 | 第33-34页 |
| 2 蛋白质关系网络可靠性分析 | 第34-49页 |
| 2.1 蛋白质关系网络的基本性质 | 第34-35页 |
| 2.2 蛋白质关系数据库比较 | 第35-37页 |
| 2.3 基于生物信息资源的蛋白质关系网络可靠性统计 | 第37-41页 |
| 2.3.1 基于Gene Ontology标注的蛋白质关系网络可靠性分析 | 第37-39页 |
| 2.3.2 基于DDI的蛋白质关系网络可靠性分析 | 第39-40页 |
| 2.3.3 基于基因共表达的蛋白质关系网络可靠性分析 | 第40-41页 |
| 2.3.4 基于STRING的蛋白质关系网络可靠性分析 | 第41页 |
| 2.4 蛋白质关系网络的不可靠性对蛋白质复合物抽取的影响分析 | 第41-48页 |
| 2.4.1 GAFNB模型 | 第42-43页 |
| 2.4.2 实验设计 | 第43-44页 |
| 2.4.3 结果分析 | 第44-48页 |
| 2.5 本章小结 | 第48-49页 |
| 3 基于基因本体资源的蛋白质复合物抽取 | 第49-64页 |
| 3.1 基于基因本体的蛋白质复合物识别算法 | 第50-52页 |
| 3.1.1 基于基因本体的网络加权 | 第50-51页 |
| 3.1.2 基于加权网络的复合物识别 | 第51-52页 |
| 3.2 实验设计 | 第52-54页 |
| 3.2.1 实验评价 | 第52-54页 |
| 3.2.2 实验数据 | 第54页 |
| 3.3 实验结果与讨论 | 第54-63页 |
| 3.3.1 OIIP性能分析 | 第54-57页 |
| 3.3.2 方法对比分析 | 第57-60页 |
| 3.3.3 预测的蛋白质复合物生物显著性分析 | 第60-63页 |
| 3.4 本章小结 | 第63-64页 |
| 4 融合丰富生物资源特征的蛋白质复合物识别算法 | 第64-78页 |
| 4.1 融合丰富生物资源特征的蛋白质复合物识别 | 第64-69页 |
| 4.1.1 融合多种资源表征蛋白质关系 | 第65-68页 |
| 4.1.2 LPU(Learn from positive and unlabeled data)模型 | 第68-69页 |
| 4.1.3 蛋白质复合物识别 | 第69页 |
| 4.2 实验设计 | 第69-71页 |
| 4.2.1 实验数据 | 第69页 |
| 4.2.2 实验评价 | 第69-70页 |
| 4.2.3 LPU设计 | 第70-71页 |
| 4.2.4 蛋白质关系网络重建 | 第71页 |
| 4.2.5 蛋白质复合物识别 | 第71页 |
| 4.3 实验结果与讨论 | 第71-77页 |
| 4.3.1 LPU模型评价 | 第71-72页 |
| 4.3.2 蛋白质复合物识别性能评价 | 第72-76页 |
| 4.3.3 重建网络评价 | 第76-77页 |
| 4.4 本章小结 | 第77-78页 |
| 5 基于多层网络模式转换的蛋白质复合物识别算法 | 第78-90页 |
| 5.1 基于多层网络模式转换的蛋白质复合物识别算法(MLPR) | 第78-81页 |
| 5.1.1 构建候选蛋白质关系ID相似网络 | 第79-80页 |
| 5.1.2 构建新关系网络 | 第80-81页 |
| 5.1.3 蛋白质复合物识别 | 第81页 |
| 5.2 实验设计 | 第81-82页 |
| 5.2.1 实验数据 | 第81-82页 |
| 5.2.2 实验评价 | 第82页 |
| 5.3 实验结果与讨论 | 第82-89页 |
| 5.3.1 新建网络评价 | 第82-84页 |
| 5.3.2 蛋白质复合物识别性能评价 | 第84-89页 |
| 5.4 本章小结 | 第89-90页 |
| 6 结论与展望 | 第90-93页 |
| 6.1 结论 | 第90-91页 |
| 6.2 创新点摘要 | 第91页 |
| 6.3 展望 | 第91-93页 |
| 参考文献 | 第93-105页 |
| 攻读博士学位期间科研项目及科研成果 | 第105-107页 |
| 致谢 | 第107-108页 |
| 作者简介 | 第108-109页 |
