| 摘要 | 第6-7页 |
| ABSTRACT | 第7页 |
| 插图索引 | 第10-12页 |
| 第一章 绪论 | 第12-32页 |
| 1.1 系统生物学简介 | 第12-16页 |
| 1.1.1 系统生物学的产生背景 | 第12-13页 |
| 1.1.2 系统生物学的研究内容 | 第13页 |
| 1.1.3 系统生物学的工作流程 | 第13-14页 |
| 1.1.4 系统生物学的研究方法 | 第14-16页 |
| 1.1.4.1 整合与干涉 | 第14-15页 |
| 1.1.4.2 数学建模与模拟 | 第15-16页 |
| 1.2 生物网络的基础知识 | 第16-25页 |
| 1.2.1 基本概念 | 第16-20页 |
| 1.2.1.1 细胞 | 第16-17页 |
| 1.2.1.2 基因与基因表达 | 第17-19页 |
| 1.2.1.3 蛋白质 | 第19-20页 |
| 1.2.2 基因调控网络 | 第20-21页 |
| 1.2.3 信号转导网络 | 第21-22页 |
| 1.2.4 转录调控网络 | 第22-24页 |
| 1.2.5 反馈调控 | 第24-25页 |
| 1.3 数学建模相关知识 | 第25-30页 |
| 1.3.1 质量作用定律 | 第25-26页 |
| 1.3.2 生物系统中生化反应网络的数学描述 | 第26-27页 |
| 1.3.3 Michaelis—Menten酶动力学 | 第27-28页 |
| 1.3.4 Hill函数 | 第28-30页 |
| 1.4 本文主要工作 | 第30-32页 |
| 第二章 信号转导与群体感应 | 第32-45页 |
| 2.1 信号转导 | 第32-37页 |
| 2.1.1 细胞通讯 | 第32-34页 |
| 2.1.2 受体(Receptor)一配体(Ligand)相互作用 | 第34-36页 |
| 2.1.3 细胞信号转导途径 | 第36-37页 |
| 2.2 群体感应 | 第37-43页 |
| 2.2.1 群体感应效应的发现 | 第38-39页 |
| 2.2.2 细菌群体感应系统 | 第39-41页 |
| 2.2.3 真菌群体感应系统 | 第41页 |
| 2.2.4 群体感应系统的研究进展 | 第41-43页 |
| 2.2.4.1 群体感应机制调控外源产物具有最优性和鲁棒性 | 第41-42页 |
| 2.2.4.2 细菌群体感应的淬灭 | 第42页 |
| 2.2.4.3 细菌生物膜的控制 | 第42-43页 |
| 2.2.4.4 病原菌的控制 | 第43页 |
| 2.2.4.5 提供临床诊断指标 | 第43页 |
| 2.3 小结 | 第43-45页 |
| 第三章 sRNAs介导的群体感应现象 | 第45-57页 |
| 3.1 背景介绍 | 第45-46页 |
| 3.2 sRNAs介导的群体感应网络 | 第46页 |
| 3.3 包含sRNAs介导调控的数学模型的建立 | 第46-50页 |
| 3.4 对模型进行动力学分析 | 第50-56页 |
| 3.4.1 磷酸化/去磷酸化过程可以诱导类开关的调控行为 | 第50-52页 |
| 3.4.2 涉及LuxO的反馈环使得Vibrio harveyi对自诱导物更敏感 | 第52页 |
| 3.4.3 涉及LuxO的反馈环对细胞高浓度切换到细胞低浓度动力学的影响不大 | 第52-53页 |
| 3.4.4 不同的反馈环在类开关的调控中起着关键性的作用 | 第53-56页 |
| 3.5 小结 | 第56-57页 |
| 第四章 总结和展望 | 第57-60页 |
| 4.1 总结 | 第57-58页 |
| 4.2 展望 | 第58-60页 |
| 参考文献 | 第60-65页 |
| 攻读硕士学位期间完成的工作 | 第65-66页 |
| 致谢 | 第66页 |
