| 目录 | 第4-7页 |
| 中文摘要 | 第7-12页 |
| Abstract | 第12-17页 |
| 缩略词表 | 第18-20页 |
| 第一章 研究背景和立题依据 | 第20-36页 |
| 1.1 纤维素及纤维素酶 | 第20-23页 |
| 1.1.1 纤维素的结构 | 第20-21页 |
| 1.1.2 纤维素酶 | 第21-23页 |
| 1.2 纤维素降解生境 | 第23-27页 |
| 1.2.1 堆肥生境和堆肥微生物 | 第23-25页 |
| 1.2.2 瘤胃生境和瘤胃微生物 | 第25-27页 |
| 1.3 高通量测序技术在环境微生物方面的应用 | 第27-31页 |
| 1.3.1 环境微生物16S rDNA测序 | 第27-28页 |
| 1.3.2 基因组水平测序 | 第28-30页 |
| 1.3.3 转录组水平测序 | 第30-31页 |
| 1.4 立题依据及研究内容 | 第31-36页 |
| 1.4.1 蘑菇堆肥 | 第32-33页 |
| 1.4.2 鲁西黄牛瘤胃 | 第33-36页 |
| 第二章 蘑菇堆肥生产过程中微生物群落和糖苷水解酶基因的多样性和动态变化 | 第36-68页 |
| 2.1 实验材料、试剂和仪器 | 第38-39页 |
| 2.1.1 环境样品、实验菌株和质粒 | 第38页 |
| 2.1.2 培养基 | 第38页 |
| 2.1.3 主要试剂和试剂盒 | 第38页 |
| 2.1.4 主要仪器设备 | 第38-39页 |
| 2.1.5 数据库及分析软件 | 第39页 |
| 2.2 实验方法 | 第39-43页 |
| 2.2.1 堆肥过程和样品采集 | 第39-40页 |
| 2.2.2 堆肥样品总DNA的提取 | 第40页 |
| 2.2.3 荧光定量PCR分析 | 第40-42页 |
| 2.2.4 克隆文库的构建 | 第42页 |
| 2.2.5 生物信息学分析 | 第42-43页 |
| 2.2.6 核酸序列号 | 第43页 |
| 2.3 结果与分析 | 第43-63页 |
| 2.3.1 堆肥过程中各微生物类群的定量分析 | 第43-44页 |
| 2.3.2 放线菌多样性分析 | 第44-51页 |
| 2.3.3 纤维素降解相关放线菌多样性分析 | 第51-54页 |
| 2.3.4 梭菌多样性分析 | 第54-56页 |
| 2.3.5 纤维素降解相关梭菌多样性分析 | 第56-58页 |
| 2.3.6 真菌多样性分析 | 第58-60页 |
| 2.3.7 纤维素降解相关真菌多样性分析 | 第60-63页 |
| 2.4 小结与讨论 | 第63-68页 |
| 第三章 牛瘤胃样品中微生物丰度分析 | 第68-84页 |
| 3.1 实验材料、试剂和仪器 | 第68-70页 |
| 3.1.1 环境样品、实验菌株和质粒 | 第68-69页 |
| 3.1.2 培养基 | 第69页 |
| 3.1.3 主要试剂和试剂盒 | 第69页 |
| 3.1.4 主要仪器设备 | 第69页 |
| 3.1.5 数据库及分析软件 | 第69-70页 |
| 3.2 实验方法 | 第70-72页 |
| 3.2.1 牛瘤胃样品的采集 | 第70-71页 |
| 3.2.2 样品草料中还原糖浓度的测定 | 第71页 |
| 3.2.3 草料吸附微生物的富集 | 第71页 |
| 3.2.4 牛瘤胃样品总DNA的提取 | 第71页 |
| 3.2.5 牛瘤胃样品总RNA的提取 | 第71页 |
| 3.2.6 总RNA浓度、纯度及完整性检验 | 第71页 |
| 3.2.7 反转录荧光定量PCR | 第71-72页 |
| 3.3 结果与分析 | 第72-82页 |
| 3.3.1 牛瘤胃样品中可溶性还原糖含量随时间的变化 | 第72-73页 |
| 3.3.2 牛瘤胃样品中总DNA的提取 | 第73页 |
| 3.3.3 牛瘤胃样品中总RNA的提取 | 第73-74页 |
| 3.3.4 牛瘤胃样品中各微生物类群随时间的变化 | 第74-76页 |
| 3.3.5 牛瘤胃样品中GH6-AF类群随时间变化 | 第76-79页 |
| 3.3.6 纤维素草料吸附微生物的富集 | 第79-82页 |
| 3.4 小结与讨论 | 第82-84页 |
| 第四章 牛瘤胃样品中微生物多样性分析 | 第84-102页 |
| 4.1 实验材料、试剂和仪器 | 第84-85页 |
| 4.1.1 环境样品、实验菌株和质粒 | 第84页 |
| 4.1.2 培养基 | 第84页 |
| 4.1.3 主要试剂和试剂盒 | 第84页 |
| 4.1.4 主要仪器设备 | 第84页 |
| 4.1.5 数据库及分析软件 | 第84-85页 |
| 4.2 实验方法 | 第85-88页 |
| 4.2.1 牛瘤胃样品总DNA的提取 | 第85页 |
| 4.2.2 测序前的准备工作 | 第85页 |
| 4.2.3 数据预处理 | 第85-87页 |
| 4.2.4 OTU分类 | 第87页 |
| 4.2.5 Alpha分析 | 第87-88页 |
| 4.2.6 稀释性曲线 | 第88页 |
| 4.2.7 物种分类分析 | 第88页 |
| 4.2.8 系统发育分析 | 第88页 |
| 4.3 结果与分析 | 第88-100页 |
| 4.3.1 序列数据统计 | 第88-90页 |
| 4.3.2 丰度和多样性评估 | 第90-92页 |
| 4.3.3 测序饱和度分析 | 第92页 |
| 4.3.4 细菌群落组成 | 第92-96页 |
| 4.3.5 真菌群落组成 | 第96-100页 |
| 4.4 小结与讨论 | 第100-102页 |
| 第五章 牛瘤胃样品的宏转录组分析 | 第102-128页 |
| 5.1 实验材料、试剂和仪器 | 第102-103页 |
| 5.1.1 环境样品、实验菌株和质粒 | 第102页 |
| 5.1.2 培养基 | 第102页 |
| 5.1.3 主要试剂和试剂盒 | 第102-103页 |
| 5.1.4 主要仪器设备 | 第103页 |
| 5.1.5 数据库及分析软件 | 第103页 |
| 5.2 实验方法 | 第103-108页 |
| 5.2.1 牛瘤胃样品总RNA的提取 | 第103页 |
| 5.2.2 牛瘤胃样品总RNA的质量检测和纯化 | 第103页 |
| 5.2.3 mRNA的纯化 | 第103-104页 |
| 5.2.4 cDNA文库的构建和上机测序 | 第104-105页 |
| 5.2.5 原始数据质控处理和序列拼装 | 第105-107页 |
| 5.2.6 基因预测和基因功能注释 | 第107-108页 |
| 5.2.7 代谢通路分析 | 第108页 |
| 5.2.8 物种分布分析 | 第108页 |
| 5.3 结果与分析 | 第108-126页 |
| 5.3.1 牛瘤胃样品RNA质量检测 | 第108-111页 |
| 5.3.2 牛瘤胃样品宏转录组测序质控统计分析 | 第111-112页 |
| 5.3.3 牛瘤胃样品宏转录组序列拼装 | 第112-114页 |
| 5.3.4 基因预测和饱和度分析 | 第114-116页 |
| 5.3.5 牛瘤胃样品中可注释转录本的物种分布分析 | 第116-119页 |
| 5.3.6 牛瘤胃样品宏转录组代谢通路分析 | 第119-123页 |
| 5.3.7 牛瘤胃总样品和纤维吸附样品的转录差异分析 | 第123-125页 |
| 5.3.8 牛瘤胃纤维素降解相关功能基因注释 | 第125-126页 |
| 5.4 小结与讨论 | 第126-128页 |
| 全文总结 | 第128-130页 |
| 参考文献 | 第130-140页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 | 第140-142页 |
| 致谢 | 第142-144页 |
| 附录 | 第144-157页 |
| 学位论文评闻及答辩情况表 | 第157页 |
