| 摘要 | 第7-12页 |
| ABSTRACT | 第12-17页 |
| 缩写词表 | 第18-19页 |
| 第一章 研究背景 | 第19-37页 |
| 1.1 纤维素资源的开发利用 | 第19-20页 |
| 1.2 纤维素的结构 | 第20-21页 |
| 1.3 纤维素的微生物降解 | 第21-27页 |
| 1.3.1 纤维素降解微生物 | 第21-23页 |
| 1.3.2 纤维素降解策略 | 第23-27页 |
| 1.4 滑动 | 第27-30页 |
| 1.4.1 Myxococcus xanthus | 第27-28页 |
| 1.4.2 Flavobacterium johnsoniae | 第28-30页 |
| 1.5 Ⅸ型分泌系统 | 第30-31页 |
| 1.6 Cytophaga hutchinsonii研究背景 | 第31-36页 |
| 1.6.1 C.hutchinsonii的系统发育和特征 | 第31-32页 |
| 1.6.2 C.hutchinsonii的研究进展 | 第32-36页 |
| 1.7 论文的立题和工作思路 | 第36-37页 |
| 第二章 C.hutchinsonii基于FLP-FRT重组系统和线性DNA转化的敲除方法的建立和应用 | 第37-59页 |
| 2.1 材料和方法 | 第37-46页 |
| 2.1.1 菌种 | 第37页 |
| 2.1.2 培养基和缓冲液 | 第37-38页 |
| 2.1.3 试剂与仪器 | 第38-39页 |
| 2.1.4 实验中用到的质粒与引物 | 第39-41页 |
| 2.1.5 分子生物学常用反应体系及操作 | 第41-42页 |
| 2.1.6 E.coli感受态制备及热激转化 | 第42-43页 |
| 2.1.7 C.hutchinsonii感受态的制备及电击转化 | 第43-44页 |
| 2.1.8 C.hutchinsonii生长曲线测定 | 第44-45页 |
| 2.1.9 C.hutchinsonii纤维素降解分析 | 第45页 |
| 2.1.10 C.hutchinsonii菌落在PY2软、硬琼脂表面的扩散 | 第45页 |
| 2.1.11 玻璃表面菌体滑动的观察 | 第45-46页 |
| 2.2 实验结果 | 第46-54页 |
| 2.2.1 基于FLP-FRT重组系统和线性DNA转化的敲除方法的建立 | 第46-49页 |
| 2.2.2 基于FLP-FRT重组系统和线性DNA转化的敲除实例 | 第49-51页 |
| 2.2.3 通过线性DNA双交换整合到基因组的基因回补 | 第51-53页 |
| 2.2.4 Δ1165突变株表型研究 | 第53-54页 |
| 2.3 讨论 | 第54-57页 |
| 2.4 小结 | 第57-59页 |
| 第三章 FLP-FRT重组系统在C.hutchinsonii基因组大片段敲除中的应用 | 第59-73页 |
| 3.1 材料和方法 | 第59-64页 |
| 3.1.1 菌种 | 第59页 |
| 3.1.2 培养基和缓冲液 | 第59-60页 |
| 3.1.3 试剂与仪器 | 第60-61页 |
| 3.1.4 实验中用到的质粒与引物 | 第61-63页 |
| 3.1.5 分子生物学常用反应体系及操作 | 第63页 |
| 3.1.6 E.coli感受态制备及热激转化 | 第63页 |
| 3.1.7 C.hutchinsonii感受态的制备及电击转化 | 第63页 |
| 3.1.8 C.hutchinsonii纤维素降解分析 | 第63页 |
| 3.1.9 C.hutchinsonii菌落在PY2软、硬琼脂表面的扩散 | 第63-64页 |
| 3.1.10 玻璃表面菌体滑动的观察 | 第64页 |
| 3.1.11 C.hutchinsonii菌体在滤纸纤维上排列的扫描电镜观察 | 第64页 |
| 3.2 实验结果 | 第64-70页 |
| 3.2.1 FLP-FRT重组系统对C.hutchinsonii基因组大片段的敲除 | 第64-69页 |
| 3.2.2 大片段敲除突变株的表型研究 | 第69-70页 |
| 3.3 讨论 | 第70-72页 |
| 3.4 小结 | 第72-73页 |
| 第四章 C.hutchinsonii Ⅸ型分泌系统(T9SS)相关基因的初步研究 | 第73-105页 |
| 4.1 材料和方法 | 第73-85页 |
| 4.1.1 菌种 | 第73-74页 |
| 4.1.2 培养基和缓冲液 | 第74-75页 |
| 4.1.3 试剂与仪器 | 第75-76页 |
| 4.1.4 实验中用到的质粒与引物 | 第76-79页 |
| 4.1.5 分子生物学常用反应体系及操作 | 第79页 |
| 4.1.6 E.coli感受态制备及热激转化 | 第79页 |
| 4.1.7 C.hutchinsonii感受态的制备及电击转化 | 第79页 |
| 4.1.8 C.hutchinsonii生长曲线测定 | 第79页 |
| 4.1.9 C.hutchinsonii纤维素降解分析 | 第79页 |
| 4.1.10 C.hutchinsonii菌落在PY2软、硬琼脂表面的扩散 | 第79-80页 |
| 4.1.11 玻璃表面菌体滑动的观察 | 第80页 |
| 4.1.12 C.hutchinsonii菌体在滤纸纤维上排列的扫描电镜观察 | 第80页 |
| 4.1.13 纤维素酶活测定 | 第80页 |
| 4.1.14 蛋白浓度测定(Bradford法) | 第80-81页 |
| 4.1.15 聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE) | 第81-82页 |
| 4.1.16 Western blot | 第82-83页 |
| 4.1.17 C.hutchinsonii胞外蛋白、外膜蛋白的提取及质谱鉴定 | 第83-84页 |
| 4.1.18 再生无定形纤维素(RAC)的制备 | 第84-85页 |
| 4.2 实验结果 | 第85-99页 |
| 4.2.1 CHU_3237(porU)的功能研究 | 第85-94页 |
| 4.2.2 CHU_0170(porP)的初步研究 | 第94-97页 |
| 4.2.3 其他T9SS相关基因的初步研究 | 第97-99页 |
| 4.3 讨论 | 第99-103页 |
| 4.3.1 CHU_3237(porU) | 第99-100页 |
| 4.3.2 CHU_0170(porP) | 第100-101页 |
| 4.3.3 其他T9SS相关基因 | 第101-103页 |
| 4.4 小结 | 第103-105页 |
| 第五章 C.hutchinsonii纤维素诱导条件下转录组分析和部分差异表达基因的敲除 | 第105-123页 |
| 5.1 材料和方法 | 第106-115页 |
| 5.1.1 菌种 | 第106页 |
| 5.1.2 培养基和缓冲液 | 第106页 |
| 5.1.3 试剂与仪器 | 第106-107页 |
| 5.1.4 细菌总RNA的提取 | 第107-109页 |
| 5.1.5 RNA-seq实验流程和数据分析 | 第109-110页 |
| 5.1.6 实验中用到的引物 | 第110-114页 |
| 5.1.7 分子生物学常用反应体系及操作 | 第114-115页 |
| 5.1.8 E.coli感受态制备及热激转化 | 第115页 |
| 5.1.9 C.hutchinsonii感受态的制备及电击转化 | 第115页 |
| 5.1.10 C.hutchinsonii纤维素降解分析 | 第115页 |
| 5.1.11 C.hutchinsonii菌落在PY2软、硬琼脂表面的扩散 | 第115页 |
| 5.2 实验结果 | 第115-121页 |
| 5.2.1 C.hutchinsonii结晶纤维素诱导下转录组分析 | 第115-119页 |
| 5.2.2 部分差异表达基因的敲除及初步表型研究 | 第119-121页 |
| 5.3 讨论 | 第121-122页 |
| 5.4 小结 | 第122-123页 |
| 全文总结及展望 | 第123-125页 |
| 参考文献 | 第125-135页 |
| 在读期间发表的学术论文 | 第135-136页 |
| 致谢 | 第136-137页 |
| 附件 | 第137-147页 |
| 学位论文评阅及答辩情况表 | 第147页 |
