| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 第1章 绪论 | 第9-20页 |
| 1.1 课题背景及研究的目的和意义 | 第9-10页 |
| 1.1.1 课题的研究背景 | 第9-10页 |
| 1.1.2 本课题的研究目的和意义 | 第10页 |
| 1.2 国内外对机械互锁分子的研究现状 | 第10-19页 |
| 1.2.1 国内外对机械互锁分子的实验研究 | 第11-14页 |
| 1.2.2 国内外对机械互锁分子的计算机模拟研究 | 第14-18页 |
| 1.2.3 研究机械互锁分子存在的问题与困难 | 第18-19页 |
| 1.3 本课题的主要研究内容 | 第19-20页 |
| 第2章 实验方法及原理 | 第20-26页 |
| 2.1 引言 | 第20页 |
| 2.2 分子力学（MM）简介 | 第20-21页 |
| 2.3 半经验法（Semi-empirical）简介 | 第21页 |
| 2.4 分子动力学模拟简介 | 第21-25页 |
| 2.4.1 MD模拟器DL-POLY4简介 | 第24页 |
| 2.4.2 平均力势曲线PMF——自由能曲线的绘制 | 第24-25页 |
| 2.4.3 模拟的设备及其软件和程序 | 第25页 |
| 2.5 实验方案 | 第25-26页 |
| 第3章 质子化/去质子化驱动的联吡啶位点轮烷分子的MD模拟 | 第26-37页 |
| 3.1 模拟体系的构建 | 第26-28页 |
| 3.2 模拟参数 | 第28页 |
| 3.3 稳定的具有联吡啶位点轮烷分子的分子动力学模拟 | 第28-30页 |
| 3.4 不稳定的具有联吡啶位点轮烷分子的分子动力学模拟 | 第30-33页 |
| 3.5 利用限制性MD的PMF曲线对轮烷分子穿梭运动研究 | 第33-36页 |
| 3.6 本章小结 | 第36-37页 |
| 第4章 质子化/去质子化驱动的雏菊链分子MD模拟 | 第37-47页 |
| 4.1 模拟体系的构建 | 第37-39页 |
| 4.2 模拟参数的设置 | 第39页 |
| 4.3 稳定的雏菊链分子的分子动力学模拟研究 | 第39-42页 |
| 4.4 不稳定雏菊链分子的分子动力学模拟研究 | 第42-44页 |
| 4.5 利用限制性MD的PMF曲线对雏菊链分子穿梭运动研究 | 第44-46页 |
| 4.6 本章小结 | 第46-47页 |
| 第5章 温度对质子化/去质子化驱动的MIM穿梭运动的影响 | 第47-66页 |
| 5.1 MD模拟体系的构建和模拟参数的设置 | 第47页 |
| 5.2 温度对质子化/去质子化驱动的联吡啶位点轮烷分子的影响 | 第47-56页 |
| 5.2.1 温度对MD模拟后构型的影响 | 第47-50页 |
| 5.2.2 不同温度下环状分子与各位点之间的距离 | 第50-52页 |
| 5.2.3 不同温度下轮烷分子的结构势能 | 第52-54页 |
| 5.2.4 MD模拟结合不同温度下PMF分析 | 第54-56页 |
| 5.3 温度对质子化/去质子化驱动的雏菊链分子的影响 | 第56-65页 |
| 5.3.1 温度对雏菊链分子的构型影响 | 第56-59页 |
| 5.3.2 不同温度下环中心与各位点距离随模拟时间变化 | 第59-61页 |
| 5.3.3 不同温度下雏菊链分子的结构势能 | 第61-63页 |
| 5.3.4 MD模拟结合不同温度下PMF分析 | 第63-65页 |
| 5.4 本章小结 | 第65-66页 |
| 结论 | 第66-68页 |
| 参考文献 | 第68-75页 |
| 致谢 | 第75页 |
