| 摘要 | 第5-6页 |
| ABSTRACT | 第6-7页 |
| 第1章 前言 | 第11-23页 |
| 1.1 生物信息学与系统生物学 | 第11页 |
| 1.1.1 生物信息学 | 第11页 |
| 1.1.2 系统生物学 | 第11页 |
| 1.2 代谢网络模型研究现状 | 第11-12页 |
| 1.3 代谢网络模型的构建过程 | 第12-16页 |
| 1.3.1 构建代谢网络草图 | 第13-14页 |
| 1.3.2 精炼代谢网络草图 | 第14-15页 |
| 1.3.3 模型评估 | 第15页 |
| 1.3.4 基于约束条件的优化算法 | 第15-16页 |
| 1.4 代谢网络模型应用 | 第16-19页 |
| 1.4.1 代谢工程 | 第17页 |
| 1.4.2 生物学发现 | 第17-18页 |
| 1.4.3 表型评估 | 第18-19页 |
| 1.4.4 代谢网络特性分析 | 第19页 |
| 1.5 毕赤酵母及其代谢网络研究现状 | 第19-21页 |
| 1.5.1 毕赤酵母简介 | 第19页 |
| 1.5.2 毕赤酵母的研究进展 | 第19-20页 |
| 1.5.3 毕赤酵母代谢网络研究现状 | 第20-21页 |
| 1.6 研究目的、内容和意义 | 第21-23页 |
| 第2章 毕赤酵母代谢网络模型的构建流程 | 第23-35页 |
| 2.1 模型iPP668的整理 | 第23页 |
| 2.2 毕赤酵母GSMM升级的候选GPRs分类 | 第23-24页 |
| 2.3 信息数据库的选择 | 第24-25页 |
| 2.4 数据库信息的获取 | 第25-27页 |
| 2.4.1 KEGG数据库中数据的获取与整理 | 第25-26页 |
| 2.4.2 UniProtKB数据库中数据的获取与整理 | 第26页 |
| 2.4.3 IMG数据库中数据的获取与整理 | 第26-27页 |
| 2.5 代谢网络草图的构建 | 第27-28页 |
| 2.5.1 不同数据库信息自动对比 | 第27-28页 |
| 2.5.2 数据库的注释信息整合 | 第28页 |
| 2.6 代谢网络草图的精炼 | 第28-31页 |
| 2.6.1 反应方向的确定 | 第28-29页 |
| 2.6.2 辅因子的确定 | 第29页 |
| 2.6.3 反应分区信息的加入 | 第29页 |
| 2.6.4 自发反应的加入 | 第29-30页 |
| 2.6.5 大分子反应的处理 | 第30页 |
| 2.6.6 运输反应的加入 | 第30页 |
| 2.6.7 交换反应的加入 | 第30页 |
| 2.6.8 反应平衡性的校正 | 第30页 |
| 2.6.9 Gaps的处理 | 第30-31页 |
| 2.6.10 确定目标函数 | 第31页 |
| 2.7 代谢网络转化成数学模型 | 第31页 |
| 2.8 模型的校正 | 第31-34页 |
| 2.8.1 计算模拟代谢流流程 | 第31-32页 |
| 2.8.2 模型计算与修正 | 第32页 |
| 2.8.3 模型的验证与修正 | 第32-34页 |
| 2.9 本章小结 | 第34-35页 |
| 第3章 毕赤酵母代谢网络模型中生物量生成反应及维持能的确定 | 第35-44页 |
| 3.1 生物质反应构建原理 | 第35页 |
| 3.2 生物质组成的计算 | 第35-42页 |
| 3.2.1 整体分子的组成 | 第36页 |
| 3.2.2 蛋白质的组成 | 第36-37页 |
| 3.2.3 RNA的组成 | 第37-38页 |
| 3.2.4 DNA的组成 | 第38页 |
| 3.2.5 碳水化合物组成 | 第38-39页 |
| 3.2.6 脂质的组成 | 第39-41页 |
| 3.2.7 小分子化合物组成 | 第41-42页 |
| 3.3 维持能的计算 | 第42-43页 |
| 3.4 本章小结 | 第43-44页 |
| 第4章 毕赤酵母代谢网络模型的分析与验证 | 第44-60页 |
| 4.1 材料与方法 | 第44-46页 |
| 4.1.1 菌株 | 第44页 |
| 4.1.2 培养基和培养条件 | 第44页 |
| 4.1.3 取样和分析 | 第44页 |
| 4.1.4 转录组学分析 | 第44-45页 |
| 4.1.5 敏感性分析 | 第45页 |
| 4.1.6 可利用碳、氮源预测 | 第45页 |
| 4.1.7 基于约束条件的流平衡分析 | 第45-46页 |
| 4.2 毕赤酵母规模代谢网络模型特征 | 第46-47页 |
| 4.2.1 模型iRY1243特性分析 | 第46页 |
| 4.2.2 模型iRY1243与其他模型进行比较 | 第46-47页 |
| 4.3 模型的敏感性分析 | 第47-48页 |
| 4.4 模型验证 | 第48-56页 |
| 4.4.1 转录组学验证 | 第48-50页 |
| 4.4.2 生理代谢参数验证 | 第50-52页 |
| 4.4.3 可利用碳氮源验证 | 第52-53页 |
| 4.4.4 ~(13)C代谢通量验证 | 第53-56页 |
| 4.5 模型应用 | 第56-58页 |
| 4.5.1 必需基因预测 | 第56页 |
| 4.5.2 提高β-半乳糖苷酶表达量的靶点预测 | 第56-58页 |
| 4.5.3 提高S-腺苷甲硫氨酸表达量的靶点预测 | 第58页 |
| 4.6 本章小结 | 第58-60页 |
| 第5章 结论与展望 | 第60-62页 |
| 5.1 结论 | 第60-61页 |
| 5.2 展望 | 第61-62页 |
| 参考文献 | 第62-70页 |
| 致谢 | 第70-71页 |
| 在读期间发表论文情况 | 第71-72页 |
| 附录一 | 第72-81页 |
| 附录二 | 第81-84页 |