摘要 | 第5-7页 |
Abstract | 第7-9页 |
缩略符号 | 第13-15页 |
第一章 绪论 | 第15-22页 |
1.1 脂肪酶SMG1的来源及功能 | 第15页 |
1.2 脂肪酶SMG1与头屑/脂溢性皮炎(D/SD)的关联 | 第15-18页 |
1.3 脂肪酶SMG1在生物催化中的应用和价值 | 第18-19页 |
1.4 脂肪酶的激活机制 | 第19-20页 |
1.5 本论文研究的目的和意义 | 第20-22页 |
第二章 实验材料与方法 | 第22-87页 |
2.1 实验材料 | 第22-30页 |
2.1.1 基因 | 第22页 |
2.1.2 菌株和质粒 | 第22页 |
2.1.3 试剂和耗材 | 第22-24页 |
2.1.4 实验仪器 | 第24-25页 |
2.1.5 溶液配制 | 第25-30页 |
2.2 实验方法 | 第30-87页 |
2.2.1 SMG1突变体基因克隆 | 第30-35页 |
2.2.2 蛋白质表达与纯化 | 第35-40页 |
2.2.3 同源模建 | 第40-43页 |
2.2.4 虚拟筛选 | 第43-44页 |
2.2.5 基于酶活性的体外抑制剂筛选 | 第44-66页 |
2.2.6 单油酸甘油酯(Monolein)水解活性测定 | 第66-67页 |
2.2.7 蛋白质晶体生长及优化实验 | 第67-68页 |
2.2.8 X射线晶体结构数据采集和结构解析 | 第68-69页 |
2.2.9 蛋白质序列比对 | 第69-74页 |
2.2.10 分子对接 | 第74-76页 |
2.2.11 分子动力学模拟 | 第76-77页 |
2.2.12 PMSF抑制实验 | 第77-78页 |
2.2.13 DAG水解活性测定 | 第78页 |
2.2.14 微流速液相色谱-电喷雾离子化-串联质谱(Nano LC-ESI-MS/MS) | 第78-80页 |
2.2.15 还原/氧化状态酶的水解活性测定 | 第80-81页 |
2.2.16 蛋白质浓度测定 | 第81页 |
2.2.17 数据分析 | 第81-87页 |
第三章 SMG1小分子抑制剂的发现 | 第87-122页 |
3.1 SMG1的基因克隆、表达与蛋白纯化 | 第87-88页 |
3.2 SMG1开放结构的同源模建 | 第88-94页 |
3.3 虚拟筛选 | 第94-105页 |
3.4 体外实验筛选 | 第105-115页 |
3.4.1 高通量体外筛选体系的建立 | 第105-110页 |
3.4.2 初级筛选 | 第110-111页 |
3.4.3 IC50测定 | 第111-114页 |
3.4.4 抑制模式鉴定 | 第114-115页 |
3.4.5 先导化合物的再验证 | 第115页 |
3.5 先导化合物的结构-功能关系研究 | 第115-120页 |
3.5.1 复合物晶体实验 | 第115-116页 |
3.5.2 化合物结构-活性研究及分子对接 | 第116-120页 |
3.6 本章小结 | 第120-122页 |
第四章 SMG1的激活机制(一) | 第122-133页 |
4.1 研究策略 | 第122页 |
4.2 SMG1突变体设计 | 第122-124页 |
4.3 SMG1 F278N和F278D突变体的结晶实验和结构解析 | 第124-127页 |
4.4 SMG1的“门控机制”的验证 | 第127-132页 |
4.4.1 F278N晶体结构代表SMG1的开放构象 | 第127-129页 |
4.4.2 SMG1野生型中278和 102 残基控制口袋打开 | 第129-131页 |
4.4.3 PMSF抑制实验 | 第131-132页 |
4.5 基于门控机制的高活性突变体的理性设计 | 第132页 |
4.6 本章小结 | 第132-133页 |
第五章 SMG1的激活机制(二) | 第133-145页 |
5.1 研究策略 | 第133页 |
5.2 引入二硫键的突变体设计 | 第133-134页 |
5.3 L106C/V233C蛋白的二硫键检测 | 第134-139页 |
5.4 SMG1的完全激活需要盖子的构象变化 | 第139-142页 |
5.5 L106C/V233C蛋白的应用价值 | 第142-143页 |
5.6 本章小结 | 第143-145页 |
结论 | 第145-147页 |
参考文献 | 第147-153页 |
攻读博士学位期间取得的研究成果 | 第153-155页 |
致谢 | 第155-156页 |
答辩委员会对论文的评定意见 | 第156页 |