| 附件 | 第3-5页 |
| 摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 英文缩略表 | 第12-13页 |
| 第一章 引言 | 第13-21页 |
| 1.1 志贺菌病的危害及其分类 | 第13-14页 |
| 1.2 细菌耐药机理研究进展 | 第14-16页 |
| 1.2.1 产生灭活酶或钝化酶 | 第14页 |
| 1.2.2 抗生素渗透障碍 | 第14-15页 |
| 1.2.3 影响细菌外排作用 | 第15页 |
| 1.2.4 抗生素作用靶位的改变 | 第15页 |
| 1.2.5 总结 | 第15-16页 |
| 1.3 高通量测序技术 | 第16-17页 |
| 1.3.1 Illumina测序原理 | 第16页 |
| 1.3.2 Illumina测序应用 | 第16页 |
| 1.3.3 高通量测序在细菌耐药性研究中的应用 | 第16-17页 |
| 1.3.4 高通量测序在细菌耐药性研究中的应用 | 第17页 |
| 1.4 细菌非编码小RNA研究 | 第17-19页 |
| 1.4.1 细菌sRNA分类 | 第17-18页 |
| 1.4.2 细菌sRNA的相关功能 | 第18页 |
| 1.4.3 sRNA分子伴侣Hfq蛋白 | 第18-19页 |
| 1.4.4 sRNA研究方法 | 第19页 |
| 1.5 本研究意义 | 第19-21页 |
| 第二章 福氏志贺菌2型多重PCR分型及应用 | 第21-27页 |
| 2.1 材料与方法 | 第21-23页 |
| 2.1.1 菌株 | 第21页 |
| 2.1.2 模板制备 | 第21页 |
| 2.1.3 目的基因的克隆及条件优化 | 第21-23页 |
| 2.2 结果与分析 | 第23-26页 |
| 2.2.1 单重PCR对引物特异性验证结果 | 第23页 |
| 2.2.2 多重PCR条件的优化 | 第23-24页 |
| 2.2.3 模板用量优化 | 第24-25页 |
| 2.2.4 灵敏度检测 | 第25-26页 |
| 2.3 讨论 | 第26-27页 |
| 第三章 福氏志贺菌 2a 301株耐药菌株的构建 | 第27-31页 |
| 3.1 实验材料 | 第27-28页 |
| 3.1.1 菌株 | 第27页 |
| 3.1.2 主要设备与试剂 | 第27-28页 |
| 3.2 试验方法 | 第28-29页 |
| 3.2.1 抗生素贮存原液的配制 | 第28页 |
| 3.2.2 福氏志贺菌301株标准株MIC测定 | 第28页 |
| 3.2.3 药敏试验判定标准 | 第28页 |
| 3.2.4 福氏志贺菌301株耐药菌株诱导 | 第28-29页 |
| 3.3 结果与分析 | 第29-30页 |
| 3.4 讨论 | 第30-31页 |
| 第四章 福氏志贺菌301株基因组测序及耐药基因筛选 | 第31-48页 |
| 4.1 样品及试剂、仪器 | 第31页 |
| 4.2 试验方法 | 第31-33页 |
| 4.2.1 DNA提取 | 第31页 |
| 4.2.2 实验流程 | 第31-32页 |
| 4.2.3 生物信息分析流程 | 第32-33页 |
| 4.2.4 测序结果组装组装 | 第33页 |
| 4.3 实验结果与分析 | 第33-46页 |
| 4.3.1 de novo测序结果 | 第33-34页 |
| 4.3.2 原始数据质控 | 第34页 |
| 4.3.3 结果评价 | 第34-36页 |
| 4.3.4 基因组份分析 | 第36-38页 |
| 4.3.5 基因功能分析 | 第38-41页 |
| 4.3.6 比较基因组分析 | 第41-44页 |
| 4.3.7 de novo测序结果与参考序列对比结果 | 第44-46页 |
| 4.4 讨论 | 第46-48页 |
| 4.4.1 细菌基因组de nove | 第46页 |
| 4.4.2 基因数据库应用 | 第46-47页 |
| 4.4.3 SNP突变与插入缺失 | 第47-48页 |
| 第五章 福氏志贺菌耐药诱导菌株重测序及突变位点验证 | 第48-57页 |
| 5.1 样品及试剂、仪器 | 第48页 |
| 5.2 试验方法 | 第48-52页 |
| 5.2.1 DNA提取与试验流程 | 第48页 |
| 5.2.2 细菌重测序生物信息分析流程 | 第48-49页 |
| 5.2.3 原始数据质控 | 第49页 |
| 5.2.4 组装 | 第49页 |
| 5.2.5 比较基因组分析 | 第49-50页 |
| 5.2.6 突变位点验证 | 第50-52页 |
| 5.3 结果与分析 | 第52-55页 |
| 5.3.1 测序数据概况 | 第52页 |
| 5.3.2 比较基因组分析 | 第52-54页 |
| 5.3.3 测序结果验证 | 第54页 |
| 5.3.4 多耐药基因代谢通路分析 | 第54-55页 |
| 5.4 讨论 | 第55-57页 |
| 第六章 全文结论 | 第57-58页 |
| 参考文献 | 第58-65页 |
| 致谢 | 第65-66页 |
| 作者简介 | 第66页 |
