| 摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| Abbreviations | 第14-15页 |
| CHAPTER 1 INTRODUCTION | 第15-33页 |
| 1.1 Production and economic importance of cotton | 第15-16页 |
| 1.2 Cotton germplasm resources and diversity | 第16-18页 |
| 1.2.1 The cotton gene pool | 第16页 |
| 1.2.2 Origin and distribution of Upland cotton | 第16-17页 |
| 1.2.3 Genetic diversity extent in Upland cotton | 第17-18页 |
| 1.3 Molecular markers used in cotton genetic study | 第18-22页 |
| 1.3.1 Restriction fragment length polymorphisms (RFLPs) | 第19页 |
| 1.3.2 Randomly amplified polymorphic DNA (RAPD) | 第19-20页 |
| 1.3.3 Amplified fragment length polymorphisms (AFLPs) | 第20页 |
| 1.3.4 Simple sequence repeats (SSRs) | 第20-21页 |
| 1.3.5 Single-nucleotide polymorphisms (SNPs) | 第21-22页 |
| 1.4 Quantitative traits | 第22-23页 |
| 1.5 Linkage mapping | 第23-24页 |
| 1.6 Association mapping | 第24-31页 |
| 1.6.1 Why association mapping? | 第24页 |
| 1.6.2 Candidate gene and genome wide association mapping | 第24-26页 |
| 1.6.3 Linkage disequilibrium and association mapping | 第26页 |
| 1.6.4 Quantifying linkage disequilibrium | 第26-28页 |
| 1.6.5 Factors affecting linkage disequilibrium | 第28-29页 |
| 1.6.6 Implication of linkage disequilibrium in association mapping | 第29-30页 |
| 1.6.7 Linkage disequilibrium and association mapping in cotton | 第30-31页 |
| 1.7 Study hypothesis and objectives | 第31-33页 |
| CHAPTER 2 MATERIALS AND METHODS | 第33-46页 |
| 2.1 Plant genetic materials | 第33页 |
| 2.2 Field experiment | 第33-37页 |
| 2.2.1 Experimental locations | 第33-34页 |
| 2.2.2 Experimental design and procedures | 第34页 |
| 2.2.3 Data collection on phenotypic traits | 第34-37页 |
| 2.3 Laboratory experiment | 第37-40页 |
| 2.3.1 SSR markers selection | 第37页 |
| 2.3.2 Genomic DNA extraction | 第37-38页 |
| 2.3.3 PCR amplification | 第38-39页 |
| 2.3.4 Gel electrophoresis | 第39-40页 |
| 2.4 Molecular data collection and analysis | 第40-43页 |
| 2.4.1 Genetic diversity and phylogeny | 第40-43页 |
| 2.5 Association analysis | 第43-46页 |
| 2.5.1 Phenotypic data analysis | 第43页 |
| 2.5.2 Population structure and differentiation | 第43-44页 |
| 2.5.3 Relative kinship | 第44页 |
| 2.5.4 Linkage disequilibrium | 第44-45页 |
| 2.5.5 Marker-trait association | 第45-46页 |
| CHAPTER 3 RESULTS | 第46-86页 |
| 3.1 Genetic diversity and phylogenic analysis | 第46-58页 |
| 3.1.1 SSR polymorphism in the whole germplasm | 第46-52页 |
| 3.1.2 Genetic distance and phylogenic analysis in the whole germplasm | 第52-54页 |
| 3.1.3 Genetic distance and phylogenic analysis in the model-based Bayesianpopulations | 第54-56页 |
| 3.1.4 SSR polymorphisms within inferred and predefined populations | 第56-58页 |
| 3.2 SSR marker-trait association analyses | 第58-86页 |
| 3.2.1 Performance evaluation, correlations and heritability estimates ofphenotypic traits | 第58-69页 |
| 3.2.2 Population structure and differentiation | 第69-74页 |
| 3.2.3 Pair-wise relative kinship | 第74-76页 |
| 3.2.4 Linkage disequilibrium | 第76-78页 |
| 3.2.5 SSR loci associated with fiber yield and quality traits | 第78-86页 |
| CHAPTER 4 DISCUSSIONS | 第86-101页 |
| 4.1 Genetic diversity | 第86-91页 |
| 4.2 Population structure and kinship | 第91-94页 |
| 4.3 Variations of quantitative traits | 第94-97页 |
| 4.4 Linkage disequilibrium | 第97-98页 |
| 4.5 QTL identified through genome-wide association mapping | 第98-101页 |
| CONCLUSIONS | 第101-102页 |
| REFERENCES | 第102-117页 |
| Appendix A | 第117-125页 |
| Appendix B | 第125-126页 |
| Appendix C | 第126-134页 |
| Appendix D | 第134-138页 |
| Appendix E | 第138-141页 |
| ACKNOWLEDGEMENTS | 第141-142页 |
| CURRICULUM VITA | 第142页 |
