| 中文摘要 | 第8-10页 |
| Abstract | 第10-12页 |
| 第一章 绪论 | 第13-31页 |
| 第一节 立题目的及意义 | 第13-15页 |
| 第二节 国内外研究进展 | 第15-31页 |
| 一、植物MYB基因研究进展 | 第15-23页 |
| （一） 植物MYB基因转录因子结构与分类 | 第15-19页 |
| （二） 植物MYB基因的功能 | 第19-21页 |
| （三） 植物MYB基因的表达调控 | 第21-22页 |
| （四） 植物MYB基因的进化 | 第22-23页 |
| 二、大豆基因组研究进展 | 第23-24页 |
| 三、大豆驯化相关基因的研究 | 第24-26页 |
| 四、高通量测序研究进展 | 第26-28页 |
| 五、高通量测序在作物研究中的应用 | 第28-31页 |
| 第二章 MYB基因家族的比较基因组分析 | 第31-56页 |
| 第一节 材料与方法 | 第32-36页 |
| 一、拟南芥和豆科植物MYB基因数据筛选和命名 | 第32页 |
| 二、MYB基因结构与染色体分布分析 | 第32-33页 |
| 三、MYB基因序列比对及系统发育树的构建 | 第33页 |
| 四、MYB基因结构域分析 | 第33页 |
| 五、R2R3-MYB基因表达模式分析 | 第33-34页 |
| 六、MYB基因的中性选择分析 | 第34页 |
| 七、大豆特有MYB基因表达模式分析 | 第34-35页 |
| 八、大豆特有MYB基因关联突变体的筛选 | 第35-36页 |
| 第二节 结果与分析 | 第36-53页 |
| 一、拟南芥与豆科MYB基因家族的鉴定 | 第36-40页 |
| 二、大豆MYB基因在进化过程中的差异分析 | 第40-42页 |
| 三、MYB基因的系统发育分析 | 第42-44页 |
| 四、大豆特有MYB基因的鉴定 | 第44-46页 |
| 五、大豆MYB基因结构域分析 | 第46-48页 |
| 六、大豆MYB基因表达模式变化分析 | 第48-50页 |
| 七、MYB基因的进化分析 | 第50-51页 |
| 八、大豆特有MYB基因的表达模式分析 | 第51页 |
| 九、大豆特有MYB基因突变体筛选 | 第51-53页 |
| 结论 | 第53-56页 |
| 第三章 大豆驯化相关MYB基因的分析 | 第56-63页 |
| 第一节 材料与方法 | 第56-57页 |
| 一、数据收集 | 第56页 |
| 二、数据分析 | 第56-57页 |
| 三、人工选择相关基因鉴定 | 第57页 |
| 四、基因多态性分析 | 第57页 |
| 第二节 结果与分析 | 第57-62页 |
| 一、全基因组Fst值分布 | 第57-58页 |
| 二、候选基因的确定及检测 | 第58-60页 |
| 三、大豆特有MYB基因多态性分析 | 第60-62页 |
| 结论 | 第62-63页 |
| 第四章 大豆基因组INDELs分子标记筛选 | 第63-70页 |
| 第一节 材料与方法 | 第63-64页 |
| 一、取材及文库构建 | 第63-64页 |
| 二、测序数据处理与INDELs/SNP分析 | 第64页 |
| 第二节 结果与分析 | 第64-69页 |
| 一、测序质量检测 | 第64-65页 |
| 二、INDELs/SNP分析 | 第65-67页 |
| 三、INDELs分子标记 | 第67-69页 |
| 结论 | 第69-70页 |
| 第五章 大豆突变体的全基因组分析 | 第70-79页 |
| 第一节 材料与方法 | 第71-73页 |
| 一、材料选取 | 第71页 |
| 二、大量法提取植物基因组DNA | 第71-72页 |
| 三、全基因组建库测序 | 第72页 |
| 四、高通量测序数据分析 | 第72-73页 |
| 第二节 结果与分析 | 第73-78页 |
| 一、测序分析结果 | 第73页 |
| 二、测序比对分析 | 第73-74页 |
| 三、INDELs与SNP分析 | 第74-76页 |
| 四、样品大片段缺失分析 | 第76-78页 |
| 结论 | 第78-79页 |
| 第六章 博士期间参与的其他工作：大豆AP2/ERF基因家族的进化分析 | 第79-95页 |
| 第一节 材料与方法 | 第80-82页 |
| 一、AP2/ERF基因整理及染色体分布 | 第80-81页 |
| 二、AP2/ERF基因序列比对与系统发育树构建 | 第81页 |
| 三、AP2/ERF基因GO及interpro功能注释 | 第81页 |
| 四、AP2/ERF分化关基因鉴定 | 第81-82页 |
| 五、AP2/ERF基因表达模式 | 第82页 |
| 第二节 结果与分析 | 第82-93页 |
| 一、大豆、拟南芥AP2/ERF基因家族序列 | 第82-84页 |
| 二、大豆、拟南芥AP2/ERF基因的分子进化分析 | 第84-87页 |
| 三、大豆、拟南芥AP2/ERF基因保守结构域分析 | 第87-89页 |
| 四、大豆AP2/ERF基因功能预测 | 第89页 |
| 五、分化候选基因的确定及检测 | 第89-90页 |
| 六、大豆AP2/ERF在种子发育时期的表达模式分析 | 第90-93页 |
| 结论 | 第93-95页 |
| 第七章 博士期间参与的其他工作：WOX2,8,9 基因在胚胎发育中表达分析 | 第95-103页 |
| 第一节 材料与方法 | 第95-97页 |
| 一、WOX基因序列的收集 | 第95-96页 |
| 二、WOX基因进化分析以及保守区域比较 | 第96页 |
| 三、Bn WOX2,8,9 基因的表达模式分析 | 第96-97页 |
| 第二节 结果与分析 | 第97-101页 |
| 一、Bn WOX2,8,9 基因进化分析以及保守区域比较 | 第97-99页 |
| 二、Bn WOX2,8,9 基因的表达模式分析 | 第99-101页 |
| 结论 | 第101-103页 |
| 第八章 全文总结 | 第103-105页 |
| 附件 | 第105-171页 |
| 参考文献 | 第171-191页 |
| 发表文章目录 | 第191-193页 |
| 致谢 | 第193页 |
