| 中文摘要 | 第3-7页 |
| Summary | 第7-11页 |
| 项目来源 | 第12-17页 |
| 文中主要缩略词表 | 第17-19页 |
| 前言 | 第19-21页 |
| 第一章 国内外研究进展 | 第21-43页 |
| 1.1 植物根际与农业发展 | 第21-22页 |
| 1.2 植物根际微生物的影响因素及其生态服务功能 | 第22-25页 |
| 1.2.1 植物根际微生物的影响因素 | 第22-24页 |
| 1.2.2 植物根际微生物的生态服务功能 | 第24-25页 |
| 1.3 植物根际促生菌 | 第25-33页 |
| 1.3.1 植物根际促生菌简述 | 第25页 |
| 1.3.2 植物根际促生菌的种类 | 第25-26页 |
| 1.3.3 植物根际促生菌的作用机理 | 第26-32页 |
| 1.3.4 植物根际促生菌的开发与应用 | 第32-33页 |
| 1.4 基因组学与生物信息学的发展概况 | 第33-37页 |
| 1.4.1 基因组测序技术 | 第33-36页 |
| 1.4.2 生物信息学 | 第36-37页 |
| 1.5 微生物基因组学 | 第37-40页 |
| 1.5.1 研究概况 | 第37-38页 |
| 1.5.2 微生物基因组学的主要研究内容 | 第38-40页 |
| 1.6 优良植物根际促生菌株Gnyt1的研究进展 | 第40页 |
| 1.7 研究内容 | 第40-42页 |
| 1.8 研究的技术路线 | 第42-43页 |
| 第二章 菌株促生特性研究 | 第43-50页 |
| 2.1 材料与方法 | 第43-45页 |
| 2.1.1 材料 | 第43-44页 |
| 2.1.2 主要方法 | 第44-45页 |
| 2.2 结果与分析 | 第45-47页 |
| 2.2.1 菌株固氮能力 | 第45-46页 |
| 2.2.2 菌株溶磷能力 | 第46-47页 |
| 2.2.3 菌株分泌植物激素能力 | 第47页 |
| 2.3 讨论 | 第47-49页 |
| 2.4 小结 | 第49-50页 |
| 第三章 Gnyt1菌株的生物学特性研究 | 第50-59页 |
| 3.1 材料与方法 | 第50-52页 |
| 3.1.1 材料 | 第50-51页 |
| 3.1.2 方法 | 第51-52页 |
| 3.2 结果与分析 | 第52-57页 |
| 3.2.1 菌株生长曲线的测定 | 第52-53页 |
| 3.2.2 菌株对温度的耐受性 | 第53页 |
| 3.2.3 菌株对不同pH的适应能力 | 第53-54页 |
| 3.2.4 菌株的耐药性 | 第54-55页 |
| 3.2.5 菌株致病性的测定 | 第55-56页 |
| 3.2.6 菌株的性状稳定性 | 第56-57页 |
| 3.3 讨论 | 第57-58页 |
| 3.4 小结 | 第58-59页 |
| 第四章 菌株对植物生长的影响 | 第59-71页 |
| 4.1 材料与方法 | 第59-62页 |
| 4.1.1 材料 | 第59-60页 |
| 4.1.2 方法 | 第60-62页 |
| 4.2 结果与分析 | 第62-69页 |
| 4.2.1 菌株对青稞的影响 | 第62-64页 |
| 4.2.2 菌株对番茄生长的影响 | 第64-65页 |
| 4.2.3 菌株对油菜的影响 | 第65-66页 |
| 4.2.4 菌株对当归的影响 | 第66-68页 |
| 4.2.5 菌株对苜蓿的影响 | 第68-69页 |
| 4.3 讨论 | 第69-70页 |
| 4.4 小结 | 第70-71页 |
| 第五章 菌株对土壤的影响 | 第71-86页 |
| 5.1 材料与方法 | 第72-75页 |
| 5.1.1 材料 | 第72页 |
| 5.1.2 方法 | 第72-75页 |
| 5.2 结果与分析 | 第75-82页 |
| 5.2.1 菌株对土壤微生物呼吸的影响 | 第75-76页 |
| 5.2.2 菌株对土壤微生物量碳的影响 | 第76页 |
| 5.2.3 菌株对土壤微生物代谢熵的影响 | 第76-77页 |
| 5.2.4 不同菌株处理对土壤总PLFA的影响 | 第77-78页 |
| 5.2.5 不同菌株处理对土壤细菌、真菌的影响 | 第78页 |
| 5.2.6 不同菌株处理对土壤微生物群落结构的影响 | 第78-80页 |
| 5.2.7 不同菌株处理对土壤Microbial stress level的影响 | 第80页 |
| 5.2.8 促生菌株对土壤固氮菌组成的影响 | 第80-82页 |
| 5.2.9 不同菌株对土壤固氮菌nif H的影响 | 第82页 |
| 5.3 讨论 | 第82-85页 |
| 5.4 小结 | 第85-86页 |
| 第六章 Gnyt1菌株分类地位的重新确定 | 第86-95页 |
| 6.1 材料与方法 | 第87-91页 |
| 6.1.1 材料 | 第87-89页 |
| 6.1.2 方法 | 第89-91页 |
| 6.2 结果与分析 | 第91-93页 |
| 6.2.1 菌株形态特征 | 第91-92页 |
| 6.2.2 生理生化特征分析 | 第92页 |
| 6.2.3 16SrDNA序列分析 | 第92-93页 |
| 6.2.4 Gnyt1菌株分类地位的确定 | 第93页 |
| 6.3 讨论 | 第93-94页 |
| 6.4 结论 | 第94-95页 |
| 第七章 Bacillus mycoides Gnyt1菌株的全基因组测序 | 第95-138页 |
| 7.1 材料与方法 | 第96-102页 |
| 7.1.1 材料 | 第96页 |
| 7.1.2 方法 | 第96-102页 |
| 7.2 结果与分析 | 第102-133页 |
| 7.2.1 DNA检测结果 | 第102页 |
| 7.2.2 文库基本信息 | 第102-103页 |
| 7.2.3 二代测序结果的整理 | 第103页 |
| 7.2.4 二代测序结果数据质量控制 | 第103-106页 |
| 7.2.5 二代测序高质量序列的统计 | 第106-107页 |
| 7.2.6 三代测序数据结果统计 | 第107-108页 |
| 7.2.7 基因组序列的拼接 | 第108页 |
| 7.2.8 ORF预测 | 第108-109页 |
| 7.2.9 ncRNA的预测 | 第109-110页 |
| 7.2.10 CRISPRs预测 | 第110页 |
| 7.2.11 Prophage预测 | 第110-113页 |
| 7.2.12 GIs预测 | 第113-115页 |
| 7.2.13 VFDB分析 | 第115-116页 |
| 7.2.14 CARD分析 | 第116-118页 |
| 7.2.15 CAZy分析 | 第118-119页 |
| 7.2.16 信号肽预测 | 第119页 |
| 7.2.17 跨膜结构的预测 | 第119-120页 |
| 7.2.18 蛋白编码基因功能注释 | 第120-133页 |
| 7.2.19 基因组圈图绘制 | 第133页 |
| 7.3 讨论 | 第133-136页 |
| 7.4 小结 | 第136-138页 |
| 第八章 Bacillus mycoides Gnyt1菌株质粒基因的研究 | 第138-180页 |
| 8.1 材料与方法 | 第138-139页 |
| 8.1.1 材料 | 第138页 |
| 8.1.2 方法 | 第138-139页 |
| 8.2 结果与分析 | 第139-178页 |
| 8.2.1 质粒DNA检测结果 | 第139页 |
| 8.2.2 菌株plasmid基因组拼接效果的评价 | 第139-140页 |
| 8.2.3 plasmid功能元件分析 | 第140-144页 |
| 8.2.4 菌株plasmid基因组亚系统分析 | 第144-154页 |
| 8.2.5 蛋白质编码基因亚细胞定位分析 | 第154-155页 |
| 8.2.6 蛋白质编码功能注释 | 第155-173页 |
| 8.2.7 质粒基因组圈图 | 第173-178页 |
| 8.3 讨论 | 第178页 |
| 8.4 小结 | 第178-180页 |
| 第九章 Bacillus mycoides Gnyt1菌株全基因组中与促生特性有关的功能基因的初步分析 | 第180-197页 |
| 9.1 材料与方法 | 第180-181页 |
| 9.2 结果与分析 | 第181-196页 |
| 9.2.1 与溶磷相关的基因 | 第181-191页 |
| 9.2.2 与菌株铁载体相关的基因 | 第191-194页 |
| 9.2.3 菌株中与杆菌肽分泌有关的基因 | 第194-196页 |
| 9.3 讨论 | 第196页 |
| 9.4 结论 | 第196-197页 |
| 第十章 结论与展望 | 第197-202页 |
| 10.1 结论 | 第197页 |
| 10.2 本研究的特色与创新点 | 第197-198页 |
| 10.2.1 研究的特色 | 第198页 |
| 10.2.2 创新点 | 第198页 |
| 10.3 尚存在的不足 | 第198-199页 |
| 10.4 展望 | 第199-202页 |
| 参考文献 | 第202-228页 |
| 导师简介 | 第228-229页 |
| 个人简介 | 第229-231页 |
| 致谢 | 第231-233页 |
