| 摘要 | 第3-4页 |
| Abstract | 第4-5页 |
| 主要英文缩略词对照表 | 第10-11页 |
| 第1章 前言 | 第11-35页 |
| 1.1 引言 | 第11-12页 |
| 1.2 RBP的特征及其与RNA的相互作用 | 第12-24页 |
| 1.2.1 RBP的数目与结构特征 | 第12-15页 |
| 1.2.2 RBP的类型与组织特异性表达 | 第15-16页 |
| 1.2.3 CLIP技术原理概述 | 第16-20页 |
| 1.2.4 CLIP-seq数据的计算分析工具 | 第20-23页 |
| 1.2.5 RBP识别RNA的序列与结构特征 | 第23-24页 |
| 1.3 细胞状态决定因子 | 第24-33页 |
| 1.3.1 通过转录组的比较以分析细胞状态及其转变 | 第24-26页 |
| 1.3.2 基因转录的调控蛋白:转录因子与转录共调控因子 | 第26-28页 |
| 1.3.3 表观遗传组:染色体调控因子 | 第28-30页 |
| 1.3.4 转录后调控因子:RBP与miRNA | 第30-32页 |
| 1.3.5 新的调控因子:lncRNA | 第32-33页 |
| 1.4 论文的研究目的与方法 | 第33页 |
| 1.5 论文的结构 | 第33-35页 |
| 第2章 RBP参与的转录后调控数据库的构建 | 第35-56页 |
| 2.1 本章引言 | 第35-36页 |
| 2.2 CLIPdb的数据和方法 | 第36-39页 |
| 2.2.1 已发表CLIP-seq数据集的收集与注释 | 第36页 |
| 2.2.2 CLIP-seq数据集的预处理 | 第36-37页 |
| 2.2.3 全转录组RBP结合位点的鉴定 | 第37页 |
| 2.2.4 RBP结合位点的注释 | 第37-38页 |
| 2.2.5 RBP的注释 | 第38-39页 |
| 2.3 CLIPdb: CLIP-seq数据集与RBP结合位点的数据库 | 第39-43页 |
| 2.3.1 CLIPdb的基本特征 | 第39-41页 |
| 2.3.2 CLIPdb的检索 | 第41-42页 |
| 2.3.3 RBP结合位点的可视化与下载 | 第42页 |
| 2.3.4 搜索给定基因的结合位点 | 第42-43页 |
| 2.4 POSTAR的数据和方法 | 第43-47页 |
| 2.4.1 POSTAR数据源收集 | 第43-44页 |
| 2.4.2 RBP与miRNA结合位点预测 | 第44-45页 |
| 2.4.3 POSTAR数据处理与再注释 | 第45-46页 |
| 2.4.4 RBP结合位点的序列与结构偏好性 | 第46页 |
| 2.4.5 SNV对RBP结合位点及RNA二级结构的影响 | 第46页 |
| 2.4.6 GO和生物通路的富集分析 | 第46-47页 |
| 2.4.7 POSTAR数据库结构 | 第47页 |
| 2.5 POSTAR: RBP参与转录后调控的整合注释 | 第47-52页 |
| 2.5.1 POSTAR的网页界面 | 第47-50页 |
| 2.5.2 POSTAR的应用举例 | 第50-52页 |
| 2.6 讨论 | 第52-54页 |
| 2.6.1 关于CLIPdb | 第52-54页 |
| 2.6.2 关于POSTAR | 第54页 |
| 2.7 小结 | 第54-56页 |
| 第3章 RBP参与调控的非编码RNA结构特征 | 第56-76页 |
| 3.1 本章引言 | 第56-57页 |
| 3.2 数据和方法 | 第57-60页 |
| 3.2.1 gPAR-CLIP-seq数据的处理 | 第57页 |
| 3.2.2 在转录组的范围内对酿酒酵母染色体上的RBP结合位点进行识别 | 第57-58页 |
| 3.2.3 在ncRNA二级结构上进行RBP结合位点作图 | 第58-59页 |
| 3.2.4 按照定位、降解速率与胁迫特异结合对UTR进行分组 | 第59页 |
| 3.2.5 在不同组的UTR中预测RNA的结构基序 | 第59-60页 |
| 3.2.6 与RBP结合的新ncRNA转录本的组装 | 第60页 |
| 3.3 酵母中RBP结合位点的基本特征 | 第60-63页 |
| 3.3.1 在酵母染色体上的非编码区域中识别RBP组装结合模式的计算框架 | 第60-62页 |
| 3.3.2 RBP结合位点在非编码区域中的全局分布与覆盖度 | 第62-63页 |
| 3.4 酵母中RBP结合对非编码RNA结构与功能的调控作用 | 第63-69页 |
| 3.4.1 RBP优先结合单链环与保守结构 | 第63-65页 |
| 3.4.2 RBP结合在体内协助RNA二级结构的形成与细胞功能的发挥 | 第65-67页 |
| 3.4.3 RBP结合与RNA修饰相关 | 第67-69页 |
| 3.5 酵母中RBP结合对mRNA和lncRNA结构与功能的调控作用 | 第69-72页 |
| 3.5.1 RBP识别结构基序在转录后水平上调控mRNA | 第69-71页 |
| 3.5.2 与RBP结合的新型lncRNA | 第71-72页 |
| 3.6 讨论 | 第72-75页 |
| 3.7 小结 | 第75-76页 |
| 第4章 RBP表达水平与细胞分化状态的研究 | 第76-93页 |
| 4.1 本章引言 | 第76-77页 |
| 4.2 数据和方法 | 第77-80页 |
| 4.2.1 RNA-seq数据集的收集与处理 | 第77页 |
| 4.2.2 基因表达值的估算 | 第77-78页 |
| 4.2.3 同源基因家族 | 第78页 |
| 4.2.4 TF和RBP注释 | 第78页 |
| 4.2.5 通过TROM鉴定细胞状态相关基因 | 第78-79页 |
| 4.2.6 GO和生物通路的富集分析 | 第79页 |
| 4.2.7 构建蛋白编码基因与lncRNA的共表达网络 | 第79页 |
| 4.2.8 共表达网络中的GO富集分析 | 第79-80页 |
| 4.3 鉴定不同细胞状态的相关基因 | 第80-82页 |
| 4.3.1 RNA-seq数据集的基本情况 | 第80页 |
| 4.3.2 利用TROM鉴定细胞状态相关基因的基本原理 | 第80-82页 |
| 4.4 通过物种内细胞状态比对鉴定细胞状态相关的基因 | 第82-84页 |
| 4.4.1 细胞状态的比对重现细胞谱系之间的关系 | 第82-83页 |
| 4.4.2 细胞状态相关的蛋白编码基因的生物学功能 | 第83-84页 |
| 4.5 通过物种间细胞状态比对鉴定保守的细胞状态相关的RBP | 第84-86页 |
| 4.5.1 物种间细胞状态的比对揭示保守的基因表达模式 | 第84-85页 |
| 4.5.2 RBP作为保守的细胞状态相关的蛋白编码基因 | 第85-86页 |
| 4.6 鉴定保守的细胞状态相关的其他类型关键基因 | 第86-90页 |
| 4.6.1 TF作为保守的细胞状态相关的蛋白编码基因 | 第86-87页 |
| 4.6.2 通过共表达网络推断lncRNA的生物学功能 | 第87-90页 |
| 4.7 讨论 | 第90-92页 |
| 4.8 本章小结 | 第92-93页 |
| 第5章 总结与展望 | 第93-99页 |
| 5.1 论文总结 | 第93-94页 |
| 5.2 展望 | 第94-99页 |
| 5.2.1 CLIP-seq实验技术与数据分析的标准化 | 第94-96页 |
| 5.2.2 鉴定调控细胞状态及其转化的关键RBP | 第96-97页 |
| 5.2.3 理解RBP在疾病发生中的作用 | 第97-99页 |
| 参考文献 | 第99-123页 |
| 致谢 | 第123-125页 |
| 个人简历、在学期间发表的学术论文与研究成果 | 第125页 |
