人类肠道宏基因组SNP模式与疾病的关联研究
| 缩略词表 | 第5-6页 |
| 摘要 | 第6-9页 |
| Abstract | 第9-11页 |
| 第一章 前言 | 第12-17页 |
| 1.1 人体宏基因组研究 | 第12-14页 |
| 1.2 宏基因组SNP的研究方法 | 第14-16页 |
| 1.3 论文的组织结构 | 第16-17页 |
| 第二章 宏基因组SNP分析框架构建 | 第17-36页 |
| 2.1 测序数据质量控制 | 第17-20页 |
| 2.1.1 高通量测序技术及其存在的问题 | 第17-18页 |
| 2.1.2 质量控制的策略制定 | 第18-20页 |
| 2.2 参考基因组构建 | 第20-22页 |
| 2.2.1 微生物的测序情况 | 第21页 |
| 2.2.2 参考基因组构建方案 | 第21-22页 |
| 2.3 序列比对 | 第22-24页 |
| 2.3.1 比对软件概况 | 第22-23页 |
| 2.3.2 比对策略制定 | 第23-24页 |
| 2.4 SNP查找及质量控制 | 第24-28页 |
| 2.4.1 SNP calling常用的方法 | 第24-26页 |
| 2.4.2 我们的SNP calling方案制定 | 第26-28页 |
| 2.5 进化树分析策略 | 第28-29页 |
| 2.6 目标物种和基因选择 | 第29-31页 |
| 2.7 多重检验校正 | 第31页 |
| 2.8 SNP与基因注释 | 第31-33页 |
| 2.8.1 SNP注释 | 第31页 |
| 2.8.2 基因注释 | 第31-33页 |
| 2.9 多克隆分析 | 第33页 |
| 2.10 可视化展示 | 第33-34页 |
| 2.11 小结 | 第34-36页 |
| 第三章 2型糖尿病的肠道宏基因组SNP分析 | 第36-60页 |
| 3.1 2型糖尿病概况 | 第36页 |
| 3.2 数据概况与质量控制 | 第36-37页 |
| 3.3 微生物物种丰度分析 | 第37-40页 |
| 3.4 参考基因组 | 第40-42页 |
| 3.5 物种筛选 | 第42-46页 |
| 3.6 B.coprocola进化树分析 | 第46-47页 |
| 3.7 基因筛选 | 第47-51页 |
| 3.8 多克隆与MuAFs | 第51-57页 |
| 3.8.1 MuAF的定义 | 第51页 |
| 3.8.2 物种和基因的MuAF分布 | 第51-54页 |
| 3.8.3 基于MuAF的聚类 | 第54-55页 |
| 3.8.4 使用不同MuAF集合 | 第55-57页 |
| 3.9 基因功能 | 第57-58页 |
| 3.10 小结 | 第58-60页 |
| 第四章 肝硬化的肠道宏基因组SNP分析 | 第60-74页 |
| 4.1 肝硬化概况 | 第60页 |
| 4.2 数据概况与质量控制 | 第60页 |
| 4.3 微生物物种丰度分析 | 第60-64页 |
| 4.4 参考基因组 | 第64-67页 |
| 4.5 物种筛选 | 第67页 |
| 4.6 进化树分析 | 第67-68页 |
| 4.7 基因筛选 | 第68-71页 |
| 4.8 基因功能 | 第71-72页 |
| 4.9 小结 | 第72-74页 |
| 第五章 总结与展望 | 第74-77页 |
| 5.1 全文总结 | 第74-76页 |
| 5.2 课题的展望 | 第76-77页 |
| 参考文献 | 第77-83页 |
| 附录Ⅰ 原始数据测序质量控制 | 第83-86页 |
| 附录Ⅱ 基于MuAF的层次聚类和AP聚类 | 第86-89页 |
| 附录Ⅲ 2型糖尿病分析的参考基因组 | 第89-98页 |
| 附录Ⅳ 肝硬化分析的参考基因组 | 第98-107页 |
| 简历 | 第107-108页 |
| 致谢 | 第108页 |
