| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-14页 |
| 英文缩略词表 | 第14-15页 |
| 第一章 文献综述 | 第15-24页 |
| 1 猪繁殖力性状的研究进展 | 第15-16页 |
| ·排卵数 | 第15页 |
| ·黄体数 | 第15-16页 |
| ·总产仔数、产活仔数和死胎数 | 第16页 |
| ·其它(乳头数等) | 第16页 |
| 2 动物卵巢生殖调控功能研究进展 | 第16-18页 |
| ·卵泡发育 | 第16-17页 |
| ·卵巢激素分泌调控 | 第17-18页 |
| 3 猪高繁殖力相关基因的研究进展 | 第18-20页 |
| ·已鉴定的猪繁殖力主效基因 | 第18-20页 |
| ·基于组学技术的猪繁殖力基因筛选 | 第20页 |
| 4 猪繁殖力性状相关miRNA的研究进展 | 第20-21页 |
| ·已鉴定的猪繁殖力相关miRNA | 第20-21页 |
| ·基于组学技术的猪繁殖力miRNA筛选 | 第21页 |
| 5 多组学整合分析在动物遗传育种中的应用 | 第21-22页 |
| ·mRNA-miRNA整合分析研究 | 第21-22页 |
| ·其它整合分析 | 第22页 |
| 6 研究目的与意义 | 第22-24页 |
| 第二章 基于RNA-seq鉴定影响猪产仔数的候选基因 | 第24-39页 |
| 引言 | 第24页 |
| 1材料与方法 | 第24-30页 |
| ·试验动物 | 第24-25页 |
| ·主要仪器、试剂和软件 | 第25-26页 |
| ·总RNA提取 | 第26-27页 |
| ·总RNA质量检测 | 第27-28页 |
| ·cDNA文库构建与高通量测序 | 第28-29页 |
| ·测序结果初步处理 | 第29页 |
| ·参考序列比对分析 | 第29页 |
| ·基因表达水平分析 | 第29-30页 |
| ·GO富集及KEGG通路分析 | 第30页 |
| 2 结果与分析 | 第30-36页 |
| ·测序数据概况 | 第30-31页 |
| ·高、低产组差异基因表达情况 | 第31-33页 |
| ·差异表达基因的功能分析 | 第33-34页 |
| ·产仔数候选基因的鉴定 | 第34-36页 |
| 3 讨论 | 第36-38页 |
| 4 小结 | 第38-39页 |
| 第三章 基于miRNA-seq鉴定影响猪产仔数的microRNA | 第39-52页 |
| 引言 | 第39页 |
| 1 材料与方法 | 第39-42页 |
| ·总RNA提取 | 第39页 |
| ·总RNA质量检测 | 第39页 |
| ·小RNA测序文库构建与高通量测序 | 第39-40页 |
| ·测序结果初步处理 | 第40页 |
| ·参考序列比对及新miRNA的预测 | 第40页 |
| ·小RNA分类注释统计 | 第40-41页 |
| ·miRNA表达及差异分析 | 第41页 |
| ·miRNA靶基因预测 | 第41页 |
| ·靶基因的GO富集和KEGG通路分析 | 第41-42页 |
| 2 结果与分析 | 第42-49页 |
| ·测序数据概述 | 第42-44页 |
| ·序列长度分布 | 第44页 |
| ·小RNA文库的分类注释 | 第44-45页 |
| ·高、低产大白猪卵巢miRNA的差异表达概况 | 第45-47页 |
| ·miRNA靶基因预测 | 第47页 |
| ·靶基因的GO富集和KEGG通路分析 | 第47-49页 |
| 3 讨论 | 第49-51页 |
| 4 小结 | 第51-52页 |
| 第四章 整合分析鉴定影响猪产仔数性状的候选基因和microRNA | 第52-62页 |
| 引言 | 第52页 |
| 1 材料与方法 | 第52页 |
| ·分析平台 | 第52页 |
| ·分析软件 | 第52页 |
| ·分析方法 | 第52页 |
| 2 结果与分析 | 第52-58页 |
| ·差异表达基因与差异表达miRNA分析 | 第52-53页 |
| ·靶基因GO富集和KEGG通路分析 | 第53-54页 |
| ·mRNA-miRNA调控网络分析 | 第54-58页 |
| 3 讨论 | 第58-61页 |
| ·Up mRNA-down miRNA关联分析中的重要节点 | 第58-59页 |
| ·Down mRNA-up miRNA关联分析中的重要节点 | 第59-61页 |
| 4 小结 | 第61-62页 |
| 第五章 RNA-seq和miRNA-seq定量PCR验证及组织表达谱分析 | 第62-77页 |
| 引言 | 第62页 |
| 1 材料与方法 | 第62-67页 |
| ·试验动物 | 第62页 |
| ·主要仪器、试剂和软件 | 第62页 |
| ·目标mRNA和miRNA选择及引物设计 | 第62-64页 |
| ·总RNA提取和检测 | 第64页 |
| ·cDNA合成 | 第64-65页 |
| ·定量PCR检测 | 第65-67页 |
| ·基因(miRNA)定量数据分析 | 第67页 |
| 2 结果与分析 | 第67-74页 |
| ·总RNA质量 | 第67页 |
| ·熔解曲线分析 | 第67-68页 |
| ·RNA-seq和miRNA-seq定量PCR验证 | 第68-71页 |
| ·miRNA组织表达谱分析 | 第71-74页 |
| 3 讨论 | 第74-76页 |
| ·RNA-seq和miRNA-seq结果的定量PCR验证 | 第74页 |
| ·猪miRNA组织表达特异性与差异性 | 第74-76页 |
| 4 小结 | 第76-77页 |
| 第六章 结论与展望 | 第77-78页 |
| 1 主要结论 | 第77页 |
| 2 创新点 | 第77页 |
| 3 研究展望 | 第77-78页 |
| 参考文献 | 第78-95页 |
| 附录A 高、低产母猪卵巢组织基因差异表达 | 第95-124页 |
| 附录B 高、低产母猪卵巢组织miRNA差异表达 | 第124-132页 |
| 致谢 | 第132-133页 |
| 个人简介 | 第133-134页 |
