| 摘要 | 第1-12页 |
| Abstract | 第12-15页 |
| 第一章 文献综述 | 第15-40页 |
| 1. 水稻抗稻瘟病的基因定位研究进展 | 第16-22页 |
| ·水稻抗稻瘟病QTLs定位研究进展 | 第16-18页 |
| ·水稻抗稻瘟病R基因研究进展 | 第18-22页 |
| 2. 水稻抗稻瘟病的免疫机制研究进展 | 第22-34页 |
| ·水稻PTI免疫途径研究进展 | 第24-32页 |
| ·水稻ETI免疫途径研究进展 | 第32-34页 |
| 3. 水稻抗稻瘟病育种研究进展 | 第34-37页 |
| 4. 存在的问题 | 第37页 |
| 5. 本文主要研究内容 | 第37-40页 |
| 第二章 水稻抗稻瘟病QTLs的元聚类及其抗性基因分析 | 第40-83页 |
| 1. 材料与方法 | 第41-44页 |
| ·试验材料 | 第41页 |
| ·元分析方法 | 第41-42页 |
| ·基因查找方法 | 第42页 |
| ·基因组重测序方法 | 第42页 |
| ·基因组DNA序列组装方法 | 第42-43页 |
| ·水稻抗稻瘟病NILs品种基因组Meta-QTLs上抗稻瘟病基因定位方法 | 第43页 |
| ·水稻抗稻瘟病NILs品种基因组Meta-QTLs上nSNPs的功能与结构预测 | 第43-44页 |
| 2. 结果与分析 | 第44-81页 |
| ·水稻抗稻瘟病QTLs的汇总分析 | 第44-46页 |
| ·水稻抗稻瘟病QTLs的元分析 | 第46-53页 |
| ·水稻抗稻瘟病一致性Meta-QTLs区间内的基因分析 | 第53-56页 |
| ·亲本CO39和4个NILs品种基因组重测序序列覆盖率分析 | 第56-57页 |
| ·亲本CO39与4个NILs品种抗稻瘟病Meta-QTLs上基因组序列比较分析 | 第57-63页 |
| ·CO39与4个NILs品种对不同稻瘟病菌菌株的感抗性状分析 | 第63-64页 |
| ·抗稻瘟病NILs品种基因组Meta-QTLs上抗病基因的筛选 | 第64-71页 |
| ·抗病NILs品种基因组Meta-QTLs上抗稻瘟病基因nSNPs功能与结构预测 | 第71-81页 |
| 4 小结 | 第81-83页 |
| 第三章 抗稻瘟病Meta-QTLs上基因差异表达分析 | 第83-108页 |
| 1. 材料与方法 | 第84-86页 |
| ·试验材料 | 第84页 |
| ·总RNA提取、cDNA文库构建及Illumina测序 | 第84页 |
| ·Meta-QTLs位点上基因差异表达分析 | 第84页 |
| ·不同稻瘟病菌侵染不同时间抗病水稻Meta-QTLs上特有差异达基因分析 | 第84-85页 |
| ·稻瘟病菌侵染不同时间抗病水稻Meta-QTLs上特有差异表达基因GO分析 | 第85-86页 |
| ·稻瘟病菌侵染不同时间抗病水稻Meta-QTLs上特有差异表达基因Pathways分析 | 第86页 |
| ·显著性分析 | 第86页 |
| 2. 结果与分析 | 第86-106页 |
| ·RNA-seq结果的质控分析 | 第86-87页 |
| ·RNA-seq数据处理 | 第87页 |
| ·稻瘟病菌菌株GUY11侵染下各供试水稻Meta-QTLs上差异表达基因分析 | 第87-99页 |
| ·稻瘟病菌菌株81278ZB15侵染下各供试NILs的Meta-QTLs上差异表达基因分析 | 第99-106页 |
| 3. 小结 | 第106-108页 |
| ·稻瘟病菌菌株GUY11侵染下供试水稻基因的差异表达 | 第106-107页 |
| ·稻瘟病菌菌株81278ZB15侵染下供试水稻基因的差异表达 | 第107-108页 |
| 第四章 水稻抗稻瘟病菌侵染的蛋白质差异表达研究 | 第108-126页 |
| 1. 材料与方法 | 第109-111页 |
| ·材料 | 第109页 |
| ·稻瘟病菌诱导水稻差异表达蛋白质分析 | 第109-110页 |
| ·蛋白质差异表达分析与质谱鉴定 | 第110页 |
| ·差异表达蛋白质表达模式聚类分析 | 第110页 |
| ·差异表达蛋白质共表达网络构建及功能模块鉴定 | 第110-111页 |
| ·统计分析方法 | 第111页 |
| 2. 结果与分析 | 第111-124页 |
| ·差异表达蛋白质点分析与鉴定 | 第111-117页 |
| ·不同稻瘟病菌侵染下水稻差异蛋白质的表达聚类分析 | 第117-119页 |
| ·不同稻瘟病菌侵染下水稻差异表达蛋白质编码基因的表达差异分析 | 第119-122页 |
| ·不同稻瘟病菌侵染下供试水稻差异表达蛋白质的功能模块分析 | 第122-124页 |
| 3. 小结 | 第124-126页 |
| 第五章 讨论 | 第126-134页 |
| 1. 水稻抗稻瘟病的Meta-QTLs定位 | 第126-127页 |
| 2. 水稻抗稻瘟病基因的筛选 | 第127-129页 |
| 3. 水稻抗稻瘟病基因的深入分析 | 第129页 |
| 4. 水稻潜在抗稻瘟病基因的差异表达分析 | 第129-131页 |
| 5 水稻抗稻瘟病的蛋白质差异表达分析 | 第131-134页 |
| 第六章 小结与展望 | 第134-137页 |
| 1. 小结 | 第134-135页 |
| ·水稻抗稻瘟病QTLs的整合 | 第134页 |
| ·水稻抗稻瘟病Meta-QTLs上潜在抗稻瘟病基因的筛选 | 第134页 |
| ·水稻抗稻瘟病Meta-QTLs上基因差异表达 | 第134-135页 |
| ·水稻抗稻瘟病菌胁迫的差异表达蛋白质分析 | 第135页 |
| 2. 展望 | 第135-137页 |
| ·Meta-QTLs区间未映射序列的拼接与组装 | 第135-136页 |
| ·筛选到水稻抗稻瘟病基因功能的试验验证 | 第136-137页 |
| 参考文献 | 第137-158页 |
| 附录 | 第158-178页 |
| 致谢 | 第178页 |
