| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-8页 |
| 目录 | 第8-11页 |
| 第一章 绪论 | 第11-23页 |
| ·概述 | 第11-12页 |
| ·国内外研究概况及发展趋势 | 第12-19页 |
| ·微生物生态关系研究方法学进展 | 第12-14页 |
| ·基于生理学的 B. megaterium 与 K. vulgare 混菌发酵过程互生作用机制研究 | 第14-17页 |
| ·基于组学技术的互生作用机制研究 | 第17-19页 |
| ·本论文主要研究内容 | 第19-23页 |
| ·立题依据和研究意义 | 第19-20页 |
| ·本论文主要研究内容 | 第20-23页 |
| 第二章 伴生菌共有生理特性与互生作用关系解析 | 第23-41页 |
| ·前言 | 第23-24页 |
| ·材料与方法 | 第24-31页 |
| ·菌株和质粒 | 第24-25页 |
| ·培养基及培养条件 | 第25-26页 |
| ·试剂和仪器 | 第26-27页 |
| ·分子生物学操作 | 第27-30页 |
| ·其它化学分析方法 | 第30页 |
| ·山梨糖脱氢酶和山梨酮脱氢酶基因表达分析 | 第30-31页 |
| ·结果 | 第31-37页 |
| ·spo0A 和 spoVFA 敲除转化子 PCR 验证 | 第31-32页 |
| ·spo0A 和 spoVFA 敲除对于芽孢生成及其产芽孢效率的影响 | 第32-33页 |
| ·基因敲除对于细胞生长的影响 | 第33-34页 |
| ·spoVFA 敲除对于 DPA 合成的影响 | 第34-35页 |
| ·芽孢生成及稳定性对于 K. vulgare 细胞生长和 2-KLG 合成影响 | 第35-36页 |
| ·sdh 和 sndh 表达差异及比酶活分析 | 第36-37页 |
| ·讨论 | 第37-38页 |
| ·spo0A, spoVFA 敲除导致 B. megaterium 显著生理变化 | 第37-38页 |
| ·芽孢形成与稳定性是促进 K. vulgare 生长的重要因素 | 第38页 |
| ·本章小结 | 第38-41页 |
| 第三章 互生作用生理环境及产酸菌关键代谢途径基因表达差异 | 第41-55页 |
| ·前言 | 第41页 |
| ·材料与方法 | 第41-46页 |
| ·菌株 | 第41-42页 |
| ·培养基与培养方法 | 第42页 |
| ·试剂及仪器 | 第42页 |
| ·分析方法 | 第42-43页 |
| ·基因表达差异分析 | 第43-46页 |
| ·结果 | 第46-53页 |
| ·发酵过程胞外氨基酸组成及变化 | 第46-48页 |
| ·发酵过程水溶性维生素含量差异 | 第48-50页 |
| ·发酵体系氧化还原电位差异 | 第50-51页 |
| ·产酸菌关键代谢途径基因表达差异 | 第51-53页 |
| ·讨论 | 第53-54页 |
| ·本章小结 | 第54-55页 |
| 第四章 基于转录组学的互生作用机制研究 | 第55-73页 |
| ·前言 | 第55-56页 |
| ·材料与方法 | 第56-57页 |
| ·菌种与培养条件 | 第56页 |
| ·RNA 的提取与表达谱芯片分析 | 第56-57页 |
| ·结果 | 第57-70页 |
| ·转录谱芯片结果 | 第57-66页 |
| ·qPCR 定量验证结果 | 第66页 |
| ·差异表达基因产物 COG 分析 | 第66-67页 |
| ·氨基酸转运与代谢 | 第67-68页 |
| ·铁的转运与代谢 | 第68-69页 |
| ·碳水化合物与能量转化 | 第69-70页 |
| ·讨论 | 第70-72页 |
| ·B. megaterium 强化了 K. vulgare 营养因子的吸收和代谢 | 第70页 |
| ·单菌发酵模式下 K. vulgare 加强 PPP 通量 | 第70-71页 |
| ·单菌发酵模式下 K. vulgare 增强 Fe-S 簇的合成 | 第71-72页 |
| ·本章小结 | 第72-73页 |
| 第五章 B. megaterium 解除了发酵过程生成的活性氧胁迫 | 第73-83页 |
| ·前言 | 第73-74页 |
| ·材料与方法 | 第74-75页 |
| ·菌株 | 第74页 |
| ·培养基及培养条件 | 第74页 |
| ·测定方法 | 第74-75页 |
| ·结果 | 第75-78页 |
| ·发酵体系中总 ROS 水平差异 | 第75-76页 |
| ·脂肪过氧化程度差异 | 第76页 |
| ·发酵体系中巯基含量差异 | 第76-77页 |
| ·发酵体系中总抗氧化能力差异 | 第77-78页 |
| ·胞内超氧化物歧化酶总活力差异 | 第78页 |
| ·讨论 | 第78-80页 |
| ·B. megaterium 通过消除 ROS 解除了氧化胁迫 | 第78-79页 |
| ·B. megaterium 与 K. vulgare 互生作用的机制 | 第79-80页 |
| ·本章小结 | 第80-83页 |
| 第六章 构建基于转座子突变库的全基因组互生作用关键基因高通量筛选方法 | 第83-93页 |
| ·前言 | 第83-84页 |
| ·材料与方法 | 第84-87页 |
| ·菌株 | 第84页 |
| ·培养基及培养条件 | 第84页 |
| ·B. megaterium WSH-002 mini-Tn10 转座子随机插入突变库构建 | 第84-85页 |
| ·突变库混菌发酵高通量筛选 | 第85页 |
| ·基于比色测定方法的发酵性能定量测定 | 第85-86页 |
| ·2-KLG 和山梨糖浓度测定 | 第86页 |
| ·棕色水溶性色素浓度与底物转化率相关性分析 | 第86页 |
| ·筛选结果 K 均值聚类分析 | 第86-87页 |
| ·插入突变基因位点鉴定 | 第87页 |
| ·结果 | 第87-91页 |
| ·pIC333 原生质体转化 B. megaterium PCR 鉴定 | 第87-88页 |
| ·2-KLG 合成与水溶性色素的相关性分析 | 第88页 |
| ·NBT 还原测定与水溶性色素测定结果比较 | 第88-89页 |
| ·高通量筛选结果 K 均值聚类分析及验证 | 第89-90页 |
| ·突变菌株插入突变位点鉴定 | 第90-91页 |
| ·讨论 | 第91页 |
| ·本章小结 | 第91-93页 |
| 结论 | 第93-94页 |
| 论文创新点 | 第94-95页 |
| 致谢 | 第95-96页 |
| 参考文献 | 第96-110页 |
| 附录：作者在读博期间发表的论文 | 第110页 |
