| 摘要 | 第1-7页 |
| ABSTRACT | 第7-12页 |
| 第1篇 酵母Sec14家族同源蛋白3(ySfh3)的结构生物学研究 | 第12-100页 |
| 第1章 综述：Sec14同源蛋白3(ySfh3)的研究进展 | 第12-32页 |
| ·细胞中生物膜的特定区域化 | 第12-13页 |
| ·特定区域化相关的脂类信号分子机制 | 第13-16页 |
| ·磷脂酰肌醇转移蛋白的分类和功能 | 第16-17页 |
| ·Sec14蛋白功能概述：对传统模型的质疑 | 第17-20页 |
| ·Sec14蛋白家族：一个庞大的多功能蛋白家族 | 第20-22页 |
| ·酵母Sec14家族同源蛋白概述 | 第22-24页 |
| ·已知的Sec14家族蛋白结构 | 第24-28页 |
| ·Sec14结构域结合磷脂酰肌醇/卵磷脂的结构基础 | 第28-30页 |
| ·酵母Sec14同源家族蛋白3(Sfh3)相关研究进展 | 第30-32页 |
| 第2章 实验结果与讨论 | 第32-88页 |
| ·酵母Sec14家族同源蛋白(Sfh3)的质粒构建,表达与纯化 | 第32-34页 |
| ·酵母Sec14家族同源蛋白(Sfh3)的结晶 | 第34-35页 |
| ·X射线衍射数据的收集与数据处理 | 第35-38页 |
| ·晶体数据相位确定和结构模型优化 | 第38-39页 |
| ·晶体结构模型的质量检验 | 第39-43页 |
| ·Sfh3结构模型的电子云密度吻合情况 | 第39-41页 |
| ·Sfh3结构模型的温度因子分布情况 | 第41页 |
| ·Sfh3结构模型立体化学相关参数分析 | 第41-42页 |
| ·Sfh3结构模型原子间的范德华力相互作用分析 | 第42-43页 |
| ·Sfh3的蛋白拓扑结构 | 第43-45页 |
| ·Sfh3蛋白结构的空间构象 | 第45-52页 |
| ·Sfh3蛋白的整体结构：一个开放式构象的同二聚体 | 第45-47页 |
| ·Sfh3蛋白的N端结构域 | 第47-48页 |
| ·Sfh3蛋白的N端结构域和C端结构域(Sec14结构域)之间的连接花样 | 第48-50页 |
| ·Sfh3蛋白的C端结构域(Sec14结构域) | 第50-52页 |
| ·Sfh3蛋白与其他Sec14家族蛋白结构的比对 | 第52-61页 |
| ·Sfh3蛋白与其他Sec14家族蛋白直观的立体结构比对 | 第52-53页 |
| ·结合口袋附近的二级结构差异 | 第53-57页 |
| ·结合序列比对的结构比对讨论 | 第57-61页 |
| ·Sfh3蛋白的同二聚化 | 第61-68页 |
| ·两种可能的同二聚体结构模型 | 第61-65页 |
| ·Sfh3蛋白同二聚体结构模型的验证 | 第65-68页 |
| ·Sfh3蛋白结合底物的结构基础 | 第68-79页 |
| ·Sfh3结合磷脂酰肌醇的结构保守性 | 第68-72页 |
| ·Sfh3丧失结合卵磷脂能力的结构基础 | 第72-73页 |
| ·Sfh3结合口袋的高度疏水性 | 第73-76页 |
| ·Sfh3结合口袋的大小 | 第76-79页 |
| ·对Sfh3结合口袋的一些进一步讨论 | 第79页 |
| ·Sfh3蛋白结合底物的构象变化 | 第79-87页 |
| ·Sfh3的同二聚化对Sfh3底物结合的影响 | 第80-84页 |
| ·同二聚化与底物结合的讨论1：Sfh3独有的机制? | 第84-86页 |
| ·同二聚化与底物结合的讨论2：“二体—单体”变化与其他底物? | 第86-87页 |
| ·本章小结 | 第87-88页 |
| 第3章 实验材料、设备、实验方法以及实验补充数据 | 第88-96页 |
| ·实验材料与设备 | 第88-89页 |
| ·菌株、质粒和培养基 | 第88页 |
| ·酶与试剂 | 第88-89页 |
| ·仪器设备 | 第89页 |
| ·实验方法与实验补充数据 | 第89-96页 |
| ·Sfh3的基因克隆与质粒构建 | 第90-91页 |
| ·重组Sfh3天然蛋白以及硒代蛋白的表达 | 第91-92页 |
| ·X射线衍射数据收集前的晶体预处理 | 第92页 |
| ·晶体X射线衍射数据处理 | 第92页 |
| ·蛋白质序列质谱分析 | 第92-93页 |
| ·Sfh3与底物PtdIns的结合作用检测(等温量热滴定(ITC)法) | 第93-94页 |
| ·蛋白与底物的结合孵育实验 | 第94页 |
| ·蛋白质结构分析补充数据 | 第94-96页 |
| 参考文献 | 第96-100页 |
| 第2篇 酿酒酵母酯化蛋白硫醇酯酶1(yAPT1)的结构生物学研究 | 第100-133页 |
| 第1章 综述：yAPT1的研究进展 | 第100-115页 |
| ·蛋白质修饰：不仅仅是修饰 | 第100-101页 |
| ·蛋白质的脂类修饰：一种重要的蛋白质修饰 | 第101-103页 |
| ·脂类修饰的底物(蛋白) | 第103-105页 |
| ·棕榈酸化/去棕榈酸化：最重要的脂类修饰 | 第105-107页 |
| ·蛋白质棕榈酸化/去棕榈酸化的生物意义 | 第107-109页 |
| ·催化蛋白质棕榈酸化/去棕榈酸化的酶 | 第109-111页 |
| ·酿酒酵母细胞中唯一的脂质蛋白硫酯酶yAPT1 | 第111-115页 |
| 第2章 实验结果与讨论 | 第115-131页 |
| ·酵母酯质蛋白硫醇酯酶1(yAPT1)的质粒构建,表达与纯化 | 第115-116页 |
| ·酵母yAPT1蛋白的结晶和数据收集 | 第116-118页 |
| ·晶体数据相位确定和结构模型优化 | 第118-120页 |
| ·晶体结构模型的质量检验 | 第120-122页 |
| ·yAPT1的二级拓扑结构 | 第122-124页 |
| ·yAPT1的整体结构空间构象 | 第124-126页 |
| ·yAPT1结构与其他类似蛋白结构的比对 | 第126-128页 |
| ·蛋白表面可能的棕榈酸结合“沟槽” | 第128-130页 |
| ·本章小结 | 第130-131页 |
| 第3章 实验材料、设备以及实验方法 | 第131-133页 |
| ·实验材料与设备 | 第131页 |
| ·实验方法 | 第131-133页 |
| 参考文献 | 第133-136页 |
| 致谢 | 第136-137页 |
