| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-9页 |
| 目录 | 第9-12页 |
| 第一章 绪论 | 第12-28页 |
| ·课题背景 | 第12-16页 |
| ·系统生物学的提出 | 第12-13页 |
| ·系统生物学的方法学 | 第13-15页 |
| ·研究意义 | 第15-16页 |
| ·本文的研究思路及研究内容 | 第16-24页 |
| ·当前研究进展 | 第16-20页 |
| ·研究的主要步骤 | 第20-22页 |
| ·主要研究内容和创新点 | 第22-24页 |
| ·本文的内容安排 | 第24-26页 |
| ·本章小结 | 第26-28页 |
| 第二章 相关概念和背景知识介绍 | 第28-38页 |
| ·生物数据库 | 第28-29页 |
| ·KEGG | 第28页 |
| ·Biocyc | 第28页 |
| ·GenBank | 第28-29页 |
| ·ExPASY | 第29页 |
| ·生物数据标准 | 第29-32页 |
| ·SBML | 第30-31页 |
| ·BiOPAX | 第31-32页 |
| ·PSI-MI | 第32页 |
| ·生化网络的表示 | 第32-34页 |
| ·生化动力学仿真 | 第34-35页 |
| ·Agent及其技术 | 第35-37页 |
| ·Agent定义 | 第35-36页 |
| ·Agent体系结构 | 第36-37页 |
| ·多Agent技术 | 第37页 |
| ·本章小结 | 第37-38页 |
| 第三章 生物数据整合方法研究 | 第38-58页 |
| ·引言 | 第38-43页 |
| ·生物数据整合的复杂性 | 第39-40页 |
| ·相关工作和主要研究进展 | 第40-41页 |
| ·存在的问题以及本文的方法 | 第41-43页 |
| ·BioDB的体系构架 | 第43-45页 |
| ·BioDB:以生物Pathway模型为中心的数据整合系统 | 第45-57页 |
| ·以摸型为中心的数据整合 | 第45-47页 |
| ·语义整合 | 第47-50页 |
| ·BioDB系统实现 | 第50-53页 |
| ·整合结果和实验分析 | 第53-57页 |
| ·本章小结 | 第57-58页 |
| 第四章 生物数据整合应用研究 | 第58-78页 |
| ·Biobridge:跨越不同的生物数据标准 | 第58-68页 |
| ·常用的生物数据标准 | 第58-59页 |
| ·Pathway数据 | 第59-62页 |
| ·现有方法和工具 | 第62-63页 |
| ·整体构架 | 第63-66页 |
| ·映射(Map)规则库和实验分析 | 第66-68页 |
| ·基于web缓存的LinkDB | 第68-77页 |
| ·Web缓存背景 | 第68-69页 |
| ·研究进展和存在的问题 | 第69-70页 |
| ·Web缓存问题描述 | 第70-71页 |
| ·基于有限记忆多LRU的web缓存替换算法 | 第71-75页 |
| ·实验分析 | 第75-77页 |
| ·本章小结 | 第77-78页 |
| 第五章 基于Agent技术的生化网络建模方法研究 | 第78-106页 |
| ·引言 | 第78-84页 |
| ·现有建模仿真算法的研究进展 | 第79-82页 |
| ·本文的方法 | 第82-84页 |
| ·基于agent技术研究生化网络的体系结构 | 第84-86页 |
| ·在分子尺度上基于agent建模(ABMMS) | 第86-104页 |
| ·算法体系构架 | 第86-87页 |
| ·从SBML构建基于agent的模型 | 第87-90页 |
| ·数理基础 | 第90-96页 |
| ·实验分析与讨论 | 第96-104页 |
| ·本章小结 | 第104-106页 |
| 第六章 基于Agent技术的生化网络仿真技术研究 | 第106-120页 |
| ·引言 | 第106-107页 |
| ·Gillespie的SSA算法 | 第107-110页 |
| ·化学主方程(CME) | 第107-108页 |
| ·Gillespie的随机仿真算法(SSA) | 第108-110页 |
| ·分布式随机仿真算法(DSSA) | 第110-116页 |
| ·并行化结构 | 第110-111页 |
| ·实现方法 | 第111-112页 |
| ·利用有效的存储结构最小化子系统的通信 | 第112-114页 |
| ·粒度分析 | 第114-116页 |
| ·实验分析 | 第116-118页 |
| ·本章结论 | 第118-120页 |
| 第七章 结论 | 第120-124页 |
| ·本文的主要研究成果与创新之处 | 第120-121页 |
| ·后续的主要工作 | 第121-122页 |
| ·结束语 | 第122-124页 |
| 参考文献 | 第124-136页 |
| 致谢 | 第136-138页 |
| 在读期间发表的学术论文与取得的研究成果 | 第138-139页 |