| 摘要 | 第1-7页 |
| ABSTRACT | 第7-11页 |
| 个人简介 | 第11-12页 |
| 致谢 | 第12-23页 |
| 第一章 文献综述 Literature reviews | 第23-48页 |
| 引言 Introduction | 第23页 |
| 第一节 生物信息学相关计算技术 Computational technologies in bioinformatics | 第23-29页 |
| 一、编程 Programming | 第24-25页 |
| 二、数据库 Databases | 第25-26页 |
| 三、运算集群与并行运算 Cluster and parallel computing | 第26-27页 |
| 四、数据可视化 Data visualization | 第27-28页 |
| 结语 Summary | 第28-29页 |
| 第二节 生物数据资源 Biological data | 第29-36页 |
| 一、核酸相关数据资源 Nucleic acid related data | 第29-31页 |
| 1、核酸序列 Nucleotide sequences | 第29-30页 |
| 2、基因表达数据 Gene expression data | 第30-31页 |
| 二、蛋白质相关数据资源 Protein related data | 第31-33页 |
| 1、蛋白质或多肽序列 Protein or peptide sequence | 第31-32页 |
| 2、蛋白质空间结构 Protein structure | 第32-33页 |
| 3、蛋白质二维图谱与质谱数据 Two-dimensional protein profile and MS data | 第33页 |
| 三、代谢相关数据资源 Metabolism related data | 第33-35页 |
| 1、小分子化合物 Small biological molecules | 第33-34页 |
| 2、生物分子网络 Biological molecular network | 第34-35页 |
| 四、其他生物数据资源 Other biological data | 第35页 |
| 结语 Summary | 第35-36页 |
| 第三节 计算蛋白质组学 Computational proteomics | 第36-41页 |
| 一、双向凝胶电泳图像分析 Two-dimensional electrophoresis image analysis | 第36-38页 |
| 二、蛋白质鉴定 Protein identification | 第38-40页 |
| 1、基于质谱数据的蛋白鉴定 PMF/PFF-based protein identification | 第38-39页 |
| 2、基于MS/MS从头测序的蛋白鉴定 De novo sequencing-based protein identification | 第39-40页 |
| 结语 Summary | 第40-41页 |
| 第四节 高等植物的抗病机制 Resistance mechanisms of higher plants | 第41-48页 |
| 一、植物病原菌种类 Types of plant pathogens | 第41页 |
| 二、植物免疫系统 The plant immune system | 第41-42页 |
| 1、病原菌相关分子模式触发的免疫反应 PAMP-triggered immunity | 第41-42页 |
| 2、效应因子触发的免疫反应 Effector-triggered immunity | 第42页 |
| 三、植物防卫机制 Plant defense mechanisms | 第42-44页 |
| 1、局部抗性 Local resistance | 第42-43页 |
| 2、系统抗性 System resistance | 第43-44页 |
| 四、抗病相关植物激素 Resistance-related plant hormones | 第44-45页 |
| 五、植物抗病信号通路交互 Interaction of plant resistance-related signaling pathways | 第45-47页 |
| 结语 Summary | 第47-48页 |
| 第二章 从cTrans:从cDNA序列产生多肽序列数据库 cTrans:generating polypeptide databases from cDNA sequences | 第48-61页 |
| 引言 Introduction | 第48-50页 |
| 材料与方法 Material and methods | 第50-51页 |
| 一、数据来源 Data sources | 第50页 |
| 二、肽指纹图谱分析 Peptide mass fingerprinting analysis | 第50-51页 |
| 设计与实现 Design and implementation | 第51-55页 |
| 应用 Applications | 第55-60页 |
| 一、蛋白质点ssp0102 Protein spot ssp0102 | 第55-56页 |
| 二、蛋白质点ssp0103 Protein spot ssp0103 | 第56-57页 |
| 三、蛋白质点ssp1102 Protein spot ssp1102 | 第57-59页 |
| 四、蛋白质点ssp3910 Protein spot ssp3910 | 第59-60页 |
| 讨论 Discussion | 第60-61页 |
| 第三章 基于表达序列标签的小麦蛋白质鉴定平台 EST based wheat protein identification platform | 第61-78页 |
| 引言 Introduction | 第61-63页 |
| 材料与方法 Materials and methods | 第63-66页 |
| 一、EST数据来源 Source of EST sequences | 第63页 |
| 二、低质量序列部分及污染序列去除 Removing lower quality regions and contaminations | 第63页 |
| 三、嵌合体序列去除 Rmoving dimer sequences | 第63页 |
| 四、序列分组与拼接 Clustering and assembling EST sequences | 第63-64页 |
| 五、序列翻译 Sequence translation | 第64页 |
| 六、开放读码框外理论翻译产物去除 Removing out-of-frame translation | 第64页 |
| 七、小麦与水稻的多肽数据比较 Polypeptide data comparison of wheat and rice | 第64-66页 |
| 结果与分析 Results and analysis | 第66-74页 |
| 一、小麦蛋白质鉴定平台的构成 Structure of the wheat protein identification platform | 第66页 |
| 二、小麦多肽序列数据库 The wheat polypeptide sequence database | 第66-67页 |
| 三、质谱鉴定相关软件工具 Protein identification related tools | 第67-73页 |
| 1、蛋白质数据库搜索引擎 Database searching engine | 第67-68页 |
| 2、在线比较PMF数据与理论酶切结果的工具 Tool for comparing experimental PMF data with the in silico PMF data | 第68-69页 |
| 3、本地在线BLAST分析及序列获取工具 Localized tools for web-based BLAST and sequence retrieval | 第69-70页 |
| 4、序列拼接及可视化分析工具 Sequence assembly and visualization tool | 第70-73页 |
| 四、小麦蛋白质鉴定流程 Workflow of wheat protein identification | 第73-74页 |
| 应用 Applications | 第74-76页 |
| 讨论 Discussion | 第76-78页 |
| 第四章 小麦赤霉病抗性相关转录组分析 Transcriptome analysis of scab resistance in wheat | 第78-93页 |
| 引言 Introduction | 第78-80页 |
| 材料与方法 Materials and methods | 第80-83页 |
| 一、EST数据来源 Source of EST sequences | 第80页 |
| 二、污染序列去除 Removing contaminations | 第80页 |
| 三、EST序列分类 EST sequence classification | 第80页 |
| 四、仅在诱导后表达的基因的鉴定 Identification of genes only expressed after infection | 第80-81页 |
| 五、侵染后表达增强的基因的鉴定 Identification of genes expressed in higher abundance after infection | 第81页 |
| 六、Microarray数据分析 Microarray data analysis | 第81-83页 |
| 结果与分析 Results and analysis | 第83-89页 |
| 一、仅在赤霉菌侵染后表达的基因 Genes only expressed after F. graminearum infection | 第83-84页 |
| 二、侵染后表达增强的基因 Genes expressed in higher abundance after infection | 第84-85页 |
| 三、上调表达基因分类及参与途径 Classification of the up-regulated genes and their associated pathways | 第85-89页 |
| 1、SA防卫途径相关基因 Genes associated with SA defense pathway | 第86-87页 |
| 2、JA/ET防卫途径相关基因 Genes associated with JA/ET defense pathway | 第87页 |
| 3、Ca~(2+)信号和PA信号途径相关基因 Genes associated with Ca~(2+) signaling and PA signaling | 第87页 |
| 4、信号通路交互相关基因 Genes associated with cross-talk of signaling pathways | 第87页 |
| 5、抗菌物质合成和解毒相关基因 Genes associated with antimicrobial compound synthesis or detoxification | 第87-88页 |
| 6、活性氧产生与清除相关基因 Genes associated with antioxidative stress | 第88页 |
| 7、细胞壁增强及转录后调控相关基因 Genes associated with cell wall fortification and post-transcriptional regulation | 第88页 |
| 8、抗病基因及激酶蛋白 Resistance gene analogs and kinase proteins | 第88-89页 |
| 讨论 Discussion | 第89-93页 |
| 参考文献 References | 第93-113页 |
| 全文总结 Summary | 第113-114页 |
| 全文创新点 Key scientific advancements in this research | 第114-115页 |
| 发表论文 Paper publication | 第115-117页 |
| 附录 Appendix | 第117-128页 |
