进化速率不一致对重组片段探测的影响及解决方法
| 摘要 | 第1-5页 |
| ABSTRACT | 第5-10页 |
| 第一章 文献综述 | 第10-19页 |
| ·核苷酸替代模型 | 第10-11页 |
| ·Jukes-Cantor 模型 | 第10页 |
| ·Kimura 模型 | 第10-11页 |
| ·进化树的构建 | 第11-13页 |
| ·基于距离的系统发生树构建方法 | 第11-13页 |
| ·最小二乘法 | 第11页 |
| ·连锁聚类方法 | 第11-12页 |
| ·最小进化法 | 第12页 |
| ·邻近归并法 | 第12-13页 |
| ·基于特征的系统发生树构建方法 | 第13页 |
| ·最大简约法 | 第13页 |
| ·最大似然法 | 第13页 |
| ·系统发生树的可靠性 | 第13页 |
| ·探测重组片段方法 | 第13-15页 |
| ·PLATO | 第13-14页 |
| ·TOPAL | 第14-15页 |
| ·BARCE | 第15页 |
| ·核苷酸位点替代速率不一致模型 | 第15-17页 |
| ·离散性模型 | 第16页 |
| ·连续性模型 | 第16页 |
| ·参数α的估计 | 第16-17页 |
| ·Monte Carlo 模拟 | 第17页 |
| ·Monte Carlo 模拟的介绍 | 第17页 |
| ·Monte Carlo 模拟的步骤 | 第17页 |
| ·隐马尔柯夫模型（HMM） | 第17-19页 |
| 第二章 模型构建 | 第19-25页 |
| ·模型构建 | 第19-20页 |
| ·参数先验概率分布 | 第20-22页 |
| ·蒙特卡罗抽样 | 第22-24页 |
| ·参数R 的抽样 | 第22-23页 |
| ·参数S 的抽样 | 第23页 |
| ·参数θ的抽样 | 第23页 |
| ·参数W 的抽样 | 第23-24页 |
| ·小结 | 第24-25页 |
| 第三章 数据与方法 | 第25-27页 |
| ·数据 | 第25页 |
| ·方法 | 第25-27页 |
| ·位点进化速率不一致对现有方法的影响 | 第25页 |
| ·DRVR 的运行 | 第25-27页 |
| 第四章 结果与讨论 | 第27-33页 |
| ·结果 | 第27-32页 |
| ·TOPAL 结果 | 第30页 |
| ·BARCE 结果 | 第30-31页 |
| ·DRVR 结果 | 第31-32页 |
| ·讨论 | 第32-33页 |
| ·本研究的创新 | 第32页 |
| ·本研究的不足 | 第32-33页 |
| 参考文献 | 第33-39页 |
| 附录 | 第39-42页 |
| 致谢 | 第42-43页 |
| 作者简介 | 第43页 |
