| 前言 | 第1-9页 |
| 第一章 文献综述 | 第9-26页 |
| 1．1 蛋白质分子特点 | 第9-14页 |
| 1．1．1 蛋白质的基本性质 | 第9-10页 |
| 1．1．2 蛋白质构象及构象变化 | 第10页 |
| 1．1．3 维持和稳定蛋白质高级结构的因素 | 第10-14页 |
| 1．1．3．1 氢键 | 第11-12页 |
| 1．1．3．2 范德华作用 | 第12页 |
| 1．1．3．3 疏水相互作用 | 第12-13页 |
| 1．1．3．4 静电作用 | 第13页 |
| 1．1．3．5 二硫键 | 第13-14页 |
| 1．2 蛋白质的吸附 | 第14-16页 |
| 1．2．1 蛋白质吸附的原理 | 第14-15页 |
| 1．2．2 蛋白质吸附的研究现状 | 第15-16页 |
| 1．3 蛋白质分子模拟 | 第16-20页 |
| 1．3．1 分子模拟技术 | 第16-17页 |
| 1．3．2 常见的分子模拟技术 | 第17-20页 |
| 1．3．2．1 分子动力学模拟 | 第17-18页 |
| 1．3．2．2 Monte Carlo 方法 | 第18-19页 |
| 1．3．2．3 分子力学方法 | 第19-20页 |
| 1．4 分子动力学模拟在生物大分子研究中的应用和发展 | 第20-23页 |
| 1．4．1 分子动力学模拟在生物大分子研究中的发展 | 第20-21页 |
| 1．4．2 常见分子模拟软件 | 第21-23页 |
| 1．4．2．1 Sybyl 软件 | 第22页 |
| 1．4．2．2 InsightⅡ软件 | 第22-23页 |
| 1．4．2．3 Materials Studio 软件 | 第23页 |
| 1．5 分子动力学模拟在蛋白质吸附研究中的应用 | 第23-25页 |
| 1．6 本文主要研究内容 | 第25-26页 |
| 第二章 蛋白质分子动力学模拟中的势能函数 | 第26-43页 |
| 2．1 势能函数基本形式 | 第26-37页 |
| 2．1．1 键伸缩能 | 第27-29页 |
| 2．1．2 键角弯曲能 | 第29-31页 |
| 2．1．3 二面角旋转能 | 第31-32页 |
| 2．1．4 交叉相互作用能 | 第32-33页 |
| 2．1．5 范德华相互作用能 | 第33-35页 |
| 2．1．6 静电相互作用能 | 第35-36页 |
| 2．1．7 氢键势能 | 第36-37页 |
| 2．2 力场的分类 | 第37-38页 |
| 2．3 几个常用的力场 | 第38-40页 |
| 2．3．1 CVFF 力场 | 第38-39页 |
| 2．3．2 CHARMM 力场 | 第39页 |
| 2．3．3 AMBER 力场 | 第39-40页 |
| 2．4 生物分子模拟的力场选用原则 | 第40页 |
| 2．5 势能函数的简化 | 第40-42页 |
| 2．6 小结 | 第42-43页 |
| 第三章 蛋白质分子在固体界面吸附的分子动力学模拟 | 第43-58页 |
| 3．1 研究对象——聚十赖氨酸 | 第43-44页 |
| 3．2 研究对象的简化处理 | 第44-45页 |
| 3．2．1 蛋白质分子处理 | 第44-45页 |
| 3．2．2 水分子处理 | 第45页 |
| 3．2．3 界面处理 | 第45页 |
| 3．3 模拟原胞建立 | 第45-46页 |
| 3．4 势函数选取 | 第46-50页 |
| 3．4．1 非界面作用的势能函数 | 第47-48页 |
| 3．4．2 氢键作用的势能函数 | 第48-49页 |
| 3．4．3 界面作用的势能函数 | 第49-50页 |
| 3．5 初始速度 | 第50页 |
| 3．6 分子动力学方程的求解 | 第50-52页 |
| 3．7 周期性边界条件与最近邻像法 | 第52-55页 |
| 3．7．1 周期性边界条件 | 第52-53页 |
| 3．7．2 最近邻像变化法 | 第53-54页 |
| 3．7．3 程序计算方法 | 第54-55页 |
| 3．8 体系的温度控制 | 第55-56页 |
| 3．9 约束力计算 | 第56-57页 |
| 3．10 小结 | 第57-58页 |
| 第四章 模拟结果与讨论 | 第58-73页 |
| 4．1 聚十赖氨酸的初始构象 | 第58-59页 |
| 4．2 界面参数 | 第59页 |
| 4．3 吸附过程中聚十赖氨酸侧链的运动和构象变化 | 第59-61页 |
| 4．4 吸附过程中聚十赖氨酸主链构象变化 | 第61-62页 |
| 4．5 吸附过程中聚十赖氨酸分子主链二面角变化 | 第62-64页 |
| 4．6 吸附过程中聚十赖氨酸分子性质变化 | 第64-65页 |
| 4．7 吸附过程中聚十赖氨酸分子内的势能变化 | 第65页 |
| 4．8 界面性质对蛋白质性质的影响 | 第65-72页 |
| 4．8．1 界面性质对蛋白质分子侧链结构变化的影响 | 第65-68页 |
| 4．8．2 界面性质对蛋白质分子主链结构变化的影响 | 第68-69页 |
| 4．8．3 界面性质对蛋白质分子二面角变化的影响 | 第69-72页 |
| 4．9 小结 | 第72-73页 |
| 第五章 结论 | 第73-74页 |
| 参考文献 | 第74-78页 |
| 发表论文和参加科研情况说明 | 第78-79页 |
| 致谢 | 第79页 |
