| 中文摘要 | 第1-8页 |
| 英文摘要 | 第8-14页 |
| 第一章 文献综述 | 第14-34页 |
| 一、线粒体DNA 的结构与特性 | 第14-21页 |
| 1 线粒体DNA的结构组成 | 第14-17页 |
| ·蛋白质编码基因 | 第15-16页 |
| ·tRNA 基因 | 第16页 |
| ·rRNA 基因 | 第16-17页 |
| ·非编码区 | 第17页 |
| 2 线粒体DNA的特性 | 第17-21页 |
| ·结构简单、分子量小 | 第17页 |
| ·拷贝数多 | 第17-18页 |
| ·均一、无组织特异性 | 第18页 |
| ·进化速度快、突变率高 | 第18页 |
| ·母系遗传 | 第18-19页 |
| ·半自主性 | 第19页 |
| ·线粒体在动物中的其他特异性 | 第19-21页 |
| ·基因缺失 | 第19页 |
| ·线粒体DNA基因的重排现象和重组现象 | 第19-21页 |
| 二、应用线粒体进行研究的常用分析方法 | 第21-25页 |
| 1 限制性酶切片段长度多态性分析法 | 第21页 |
| 2 变性高效液相色谱分析法 | 第21-22页 |
| 3 测序法 | 第22-25页 |
| 三、线粒体基因组的分析现状 | 第25-29页 |
| 1 线粒体基因片段在分子系统学中的应用 | 第25-28页 |
| ·系统发生关系和分类方面 | 第25-26页 |
| ·地理种群间的划分和遗传分化方面 | 第26页 |
| ·起源与进化方面 | 第26-27页 |
| ·动物种间、种内亲缘关系 | 第27页 |
| ·分子钟 | 第27-28页 |
| 2 线粒体基因组全序列在分子系统学中的应用 | 第28-29页 |
| 四、双壳纲线粒体研究现状 | 第29-32页 |
| 1 贻贝 | 第29-30页 |
| 2 蛤仔 | 第30页 |
| 3 翡翠贻贝 | 第30页 |
| 4 牡蛎 | 第30-31页 |
| 5 扇贝 | 第31-32页 |
| 五、系统树构建 | 第32-34页 |
| 1 UPGMA 法 | 第32页 |
| 2 NJ 法 | 第32页 |
| 3 最大简约法 MP(Maximum Parsimony methods) | 第32页 |
| 4 最大似然法 ML(Maximum Likelihood method) | 第32-33页 |
| 5 贝叶斯推论法 | 第33-34页 |
| 第二章 应用线粒体COI基因片段初步研究翡翠贻贝的遗传特性及其近缘种间的系统关系 | 第34-44页 |
| 一、前言 | 第34-35页 |
| 二、材料和方法 | 第35-37页 |
| 1 实验材料 | 第35-36页 |
| 2 实验方法 | 第36-37页 |
| ·线粒体基因组DNA的提取 | 第36页 |
| ·PCR 扩增 | 第36页 |
| ·测序 | 第36-37页 |
| ·数据处理 | 第37页 |
| 三、结果 | 第37-41页 |
| 1 线粒体双单性遗传 | 第37-38页 |
| 2 翡翠股贻贝COI基因片段的遗传特性分析 | 第38-40页 |
| 3 翡翠股贻贝的系统分析 | 第40-41页 |
| 四、小结 | 第41-44页 |
| 第三章 香港巨牡蛎全序列线粒体研究及系统分析 | 第44-113页 |
| 一、前言 | 第44-47页 |
| 二、材料与方法 | 第47-50页 |
| 1 样品采集与保存 | 第47页 |
| 2 DNA 提取和 PCR 扩增 | 第47-50页 |
| ·总DNA 的提取 | 第47-48页 |
| ·PCR 扩增 | 第48页 |
| ·引物设计 | 第48页 |
| ·数据分析 | 第48-50页 |
| 三、结果与分析 | 第50-108页 |
| 1 香港巨牡蛎的线粒体基因组全序列遗传结构特征 | 第50-52页 |
| 2 香港巨牡蛎线粒体基因组全序列的各基因比较分析 | 第52-108页 |
| ·rRNA 基因 | 第52-58页 |
| ·rRNA 基因序列特征 | 第53页 |
| ·rRNA 基因同源序列比对 | 第53-54页 |
| ·rRNA 基因系统分析 | 第54-58页 |
| ·蛋白编码基因 | 第58-97页 |
| ·ATP6 基因 | 第58-62页 |
| ·ATP6 基因序列特征 | 第59页 |
| ·ATP6 基因同源序列比对 | 第59-60页 |
| ·ATP6 基因系统分析 | 第60-62页 |
| ·细胞色素c 氧化酶亚基基因COI、COII、COIII | 第62-73页 |
| ·细胞色素 c 氧化酶基因序列特征 | 第62-64页 |
| ·细胞色素 c 氧化酶基因同源序列比对 | 第64-67页 |
| ·细胞色素c 氧化酶基因系统分析 | 第67-73页 |
| ·脱氢酶亚基基因 ND1-ND6 | 第73-94页 |
| ·脱氢酶基因序列特征 | 第73-76页 |
| ·脱氢酶基因同源序列比对 | 第76-83页 |
| ·脱氢酶基因系统分析 | 第83-94页 |
| ·细胞色素b 基因(Cytb) | 第94-97页 |
| ·细胞色素b 基因序列特征 | 第94页 |
| ·细胞色素b基因同源序列比对 | 第94-95页 |
| ·细胞色素b 基因系统分析 | 第95-97页 |
| ·tRNA基因 | 第97-104页 |
| ·tRNA 基因序列特征 | 第99-102页 |
| ·tRNA 基因同源序列比对 | 第102-103页 |
| ·tRNA 基因系统分析 | 第103-104页 |
| ·非编码区 | 第104-106页 |
| ·非编码区序列特征 | 第104-105页 |
| ·非编码区序列比对 | 第105-106页 |
| ·香港巨牡蛎基因联合分析 | 第106-108页 |
| 四、小结 | 第108-113页 |
| 参考文献 | 第113-126页 |
| 致谢 | 第126页 |
