| 摘要 | 第7-9页 |
| ABSTRACT | 第9-10页 |
| 第一章 绪论 | 第13-17页 |
| 1.1 研究的背景及意义 | 第13-14页 |
| 1.2 国内外研究现状 | 第14-15页 |
| 1.3 研究内容与章节结构 | 第15-17页 |
| 第二章 理论基础与全原子分子动力学模拟 | 第17-25页 |
| 2.1 概述 | 第17-18页 |
| 2.2 非线性泊松-玻尔兹曼理论 | 第18-19页 |
| 2.3 紧束缚离子模型 | 第19-22页 |
| 2.4 全原子分子动力学模拟 | 第22-25页 |
| 第三章 从双螺旋到三级结构:混合离子溶液中的离子对核酸的竞争凝聚 | 第25-55页 |
| 3.1 概述 | 第25页 |
| 3.2 模型与方法 | 第25-30页 |
| 3.2.1 离子经验分配公式 | 第25-26页 |
| 3.2.2 离子凝聚预估公式 | 第26页 |
| 3.2.3 全原子分子动力学模拟 | 第26-30页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第30-53页 |
| 3.3.1 dsDNA和dsRNA的离子凝聚及离子竞争行为 | 第34-41页 |
| 3.3.2 RNA三级结构的离子凝聚及竞争行为 | 第41-47页 |
| 3.3.3 离子凝聚与核酸整体结构间的关联 | 第47-48页 |
| 3.3.4 局域离子凝聚与核酸局部结构间的关联 | 第48-53页 |
| 3.4 本章小结 | 第53-55页 |
| 第四章 H型RNA赝结的柔性及其中离子效应研究 | 第55-81页 |
| 4.1 概述 | 第55-56页 |
| 4.2 模型与方法 | 第56-61页 |
| 4.2.1 H型RNA赝结的基本结构特征 | 第56-57页 |
| 4.2.2 H型RNA赝结结构柔性的表征方法 | 第57-59页 |
| 4.2.3 H型RNA赝结结构的三碱基作用影响 | 第59-60页 |
| 4.2.4 全原子分子动力学模拟 | 第60-61页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第61-78页 |
| 4.3.1 H型RNA赝结周围的离子凝聚 | 第65-69页 |
| 4.3.2 H型RNA赝结柔性中单价离子效应 | 第69-73页 |
| 4.3.3 H型RNA赝结柔性中双价离子效应 | 第73-78页 |
| 4.4 本章小结 | 第78-81页 |
| 第五章 碱基修饰对核酸碱基对稳定性的影响研究 | 第81-94页 |
| 5.1 概述 | 第81-82页 |
| 5.2 模型与方法 | 第82-85页 |
| 5.2.1 碱基甲基化和S/Se代修饰的力场模型 | 第82-83页 |
| 5.2.2 碱基氢键和碱基堆积作用 | 第83-85页 |
| 5.3 结果与讨论 | 第85-91页 |
| 5.4 本章小结 | 第91-94页 |
| 第六章 总结与展望 | 第94-99页 |
| 6.1 全文总结 | 第94-97页 |
| 6.2 挑战与展望 | 第97-99页 |
| 附录 | 第99-111页 |
| 参考文献 | 第111-123页 |
| 攻博期间完成的科研成果 | 第123-124页 |
| 致谢 | 第124-125页 |