| 中文摘要 | 第9-12页 |
| ABSTRACT | 第12-13页 |
| 中英文缩略词 | 第14-16页 |
| 1 引言 | 第16-25页 |
| 2 研究对象与方法 | 第25-36页 |
| 2.1 芯片表达谱数据的准备 | 第26-28页 |
| 2.1.1 芯片原始数据的下载 | 第26-27页 |
| 2.1.2 芯片原始数据的预处理 | 第27-28页 |
| 2.1.3 表达谱数据的保存 | 第28页 |
| 2.2 整理临床信息表 | 第28页 |
| 2.3 加权基因共表达网络分析 | 第28-33页 |
| 2.3.1 表达谱数据的导入及清洗 | 第28-29页 |
| 2.3.2 基因共表达网络的构建 | 第29-31页 |
| 2.3.3 识别基因模块 | 第31-32页 |
| 2.3.4 基因模块与外部信息的关联 | 第32-33页 |
| 2.3.5 筛选核心基因 | 第33页 |
| 2.4 核心基因的差异表达分析 | 第33-34页 |
| 2.5 基因功能富集分析 | 第34-36页 |
| 2.5.1 KEGG通路分析 | 第34页 |
| 2.5.2 Gene Ontology富集分析 | 第34-36页 |
| 3 研究结果 | 第36-62页 |
| 3.1 芯片表达谱数据的来源和患者基本信息 | 第36-37页 |
| 3.2 芯片原始数据的预处理结果 | 第37页 |
| 3.3 基因表达谱数据与临床信息 | 第37-40页 |
| 3.4 加权基因共表达网络分析 | 第40-51页 |
| 3.4.1 软阈值的选择 | 第40-41页 |
| 3.4.2 基因模块的识别 | 第41-43页 |
| 3.4.3 各基因模块之间的关系 | 第43页 |
| 3.4.4 基因模块与临床信息的关系 | 第43-44页 |
| 3.4.5 各基因模块的功能分析 | 第44-51页 |
| 3.5 英夫利西单抗治疗难治性IBD不应答的分子机制及预测因子 | 第51-60页 |
| 3.5.1 英夫利西单抗治疗难治性UC不应答的预测因子 | 第52-56页 |
| 3.5.2 英夫利西单抗治疗难治性UC不应答的分子机制 | 第56-57页 |
| 3.5.3 英夫利西单抗治疗难治性CD不应答的预测因子 | 第57-59页 |
| 3.5.4 英夫利西单抗治疗难治性CD不应答的分子机制 | 第59-60页 |
| 3.6 核心基因的差异表达分析 | 第60-62页 |
| 4 讨论 | 第62-70页 |
| 4.1 加权基因共表达网络分析的原理 | 第63-64页 |
| 4.2 英夫利西单抗治疗难治性UC原发性不应答的分子机制和预测因子 | 第64-66页 |
| 4.3 英夫利西单抗治疗难治性CD原发性不应答的分子机制和预测因子 | 第66-67页 |
| 4.4 英夫利西单抗治疗IBD失应答的原因及应对策略 | 第67-70页 |
| 5 结论 | 第70-71页 |
| 参考文献 | 第71-79页 |
| 附录Ⅰ 彩图 | 第79-85页 |
| 附录Ⅱ 代码 | 第85-92页 |
| 综述 | 第92-106页 |
| 参考文献 | 第102-106页 |
| 攻博期间发表的科研成果目录 | 第106-107页 |
| 致谢 | 第107页 |
