| 摘要 | 第6-9页 |
| ABSTRACT | 第9-11页 |
| 缩略语表 | 第12-13页 |
| 1 前言 | 第13-28页 |
| 1.1 研究问题的由来 | 第13-15页 |
| 1.2 水稻基因组学的发展 | 第15-20页 |
| 1.2.1 基因组测序技术 | 第15-16页 |
| 1.2.2 水稻基因组测序 | 第16-17页 |
| 1.2.3 水稻功能基因组 | 第17-20页 |
| 1.3 杂种优势的研究进展 | 第20-25页 |
| 1.3.1 杂种优势现象的发现 | 第20-21页 |
| 1.3.2 杂种优势的遗传学基础 | 第21-23页 |
| 1.3.3 杂种优势的分子机制 | 第23-25页 |
| 1.4 基因组可视化 | 第25-27页 |
| 1.4.1 组学数据可视化的发展 | 第25-26页 |
| 1.4.2 Circos软件的发展和应用 | 第26-27页 |
| 1.5 本研究的目的和意义 | 第27-28页 |
| 2 材料与方法 | 第28-32页 |
| 2.1 参考基因组序列的来源 | 第28页 |
| 2.2 全生育期表达谱数据的来源 | 第28-29页 |
| 2.3 已克隆水稻功能基因的比对和定位 | 第29页 |
| 2.4 基因表达水平的定量 | 第29-30页 |
| 2.5 亲本特异表达基因的鉴定 | 第30页 |
| 2.6 非加性表达基因的鉴定 | 第30页 |
| 2.7 加权基因共表达网络分析 | 第30页 |
| 2.8 GO富集分析 | 第30-32页 |
| 3 结果与分析 | 第32-83页 |
| 3.1 组学数据可视化软件的开发及基因组序列的比较 | 第32-38页 |
| 3.1.1 组学数据可视化软件的开发 | 第32页 |
| 3.1.2 shinyCircos可视化软件的使用 | 第32-36页 |
| 3.1.3 珍汕97和明恢63基因组序列比较分析 | 第36-38页 |
| 3.2 杂种基因组中PAV基因参与广泛的生物学过程 | 第38-48页 |
| 3.3 两个亲本之间重要功能基因序列变异的比较分析 | 第48-54页 |
| 3.4 亲本和杂种基因表达模式比较分析 | 第54-62页 |
| 3.5 杂种基因组中具有更加复杂的调控网络 | 第62-68页 |
| 3.6 杂种基因组中存在下调的能量代谢水平 | 第68-72页 |
| 3.7 杂种中的非加性表达基因参与转录和翻译调控 | 第72-73页 |
| 3.8 杂种中的非加性表达基因对水稻生长和发育优势的贡献 | 第73-75页 |
| 3.9 杂种和亲本基因共表达网络的构建和分析 | 第75-83页 |
| 4 讨论 | 第83-85页 |
| 5 总结与展望 | 第85-86页 |
| 参考文献 | 第86-101页 |
| 附录 作者简介 | 第101-103页 |
| 致谢 | 第103页 |
