| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 引言 | 第9-15页 |
| 1 理论方法 | 第15-22页 |
| 1.1 分子力场 | 第15页 |
| 1.2 分子力场势能函数 | 第15-18页 |
| 1.3 常见的应用于生物体系的分子力场 | 第18-22页 |
| 1.3.1 AMBER力场 | 第18-20页 |
| 1.3.2 AMOEBA力场 | 第20页 |
| 1.3.3 CHARMM力场 | 第20-22页 |
| 2 发展ABEEMσπ极化力场模拟水溶液环境下DNA体系 | 第22-37页 |
| 2.1 ABEEMσπ极化模型 | 第22-24页 |
| 2.2 参数调节 | 第24-26页 |
| 2.3 模型分子 | 第26-28页 |
| 2.4 模拟细节 | 第28-29页 |
| 2.5 结果与讨论 | 第29-36页 |
| 2.5.1 DNA模拟结构与晶体结构的RMSD对比 | 第29-31页 |
| 2.5.2 DNA螺旋参数 | 第31-36页 |
| 2.6 小结 | 第36-37页 |
| 3 应用ABEEMσπ极化力场探究修复酶识别氧化鸟嘌呤过程中水介导机理 | 第37-58页 |
| 3.1 模型分子 | 第37-41页 |
| 3.2 模拟细节 | 第41页 |
| 3.3 修复酶中氨基酸残基与氧化鸟嘌呤氢键相互作用分析 | 第41-44页 |
| 3.4 修复酶识别氧化鸟嘌呤过程水介导规律 | 第44-56页 |
| 3.4.1 水交换反应 | 第44-51页 |
| 3.4.2 距离变化特点 | 第51-54页 |
| 3.4.3 径向分布函数与水合数 | 第54-55页 |
| 3.4.4 驻留时间 | 第55-56页 |
| 3.5 小结 | 第56-58页 |
| 4 水介导机理的验证 | 第58-67页 |
| 4.1 模型分子 | 第58页 |
| 4.2 模拟细节 | 第58-59页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第59-65页 |
| 4.3.1 水交换反应 | 第59-63页 |
| 4.3.2 距离变化特点 | 第63-64页 |
| 4.3.3 径向分布函数与水合数 | 第64-65页 |
| 4.3.4 驻留时间 | 第65页 |
| 4.4 小结 | 第65-67页 |
| 5 应用ABEEMσπ、AMBER固定电荷力场探究修复酶识别氧化鸟嘌呤过程中水介导机理 | 第67-72页 |
| 5.1 模型分子 | 第67-68页 |
| 5.2 模拟细节 | 第68页 |
| 5.3 结果与讨论 | 第68-71页 |
| 5.3.1 水交换反应 | 第68页 |
| 5.3.2 距离变化特点 | 第68-70页 |
| 5.3.3 径向分布函数与水合数 | 第70-71页 |
| 5.4 小结 | 第71-72页 |
| 结论 | 第72-74页 |
| 参考文献 | 第74-80页 |
| 攻读硕士学位期间发表学术论文情况 | 第80-81页 |
| 致谢 | 第81页 |
