| 中文摘要 | 第5-6页 |
| ABSTRACT | 第6页 |
| 第一章 绪论 | 第7-30页 |
| 第一节 DNA硫修饰蛋白DndE的研究背景 | 第7-18页 |
| 1.1.1 DNA磷硫修饰的发现及特征 | 第7-8页 |
| 1.1.2 Dnd现象是一种过酸调节、氨基催化的氧化反应 | 第8-9页 |
| 1.1.3 Streptomyces lividans DNA的异常修饰位点具有特异性 | 第9-11页 |
| 1.1.4 变铅链霉菌的DNA异常修饰属于复制后修饰 | 第11页 |
| 1.1.5 控制DNA异常修饰的基因簇 | 第11-13页 |
| 1.1.6 控制DNA异常修饰基因簇之间的相互联系 | 第13-15页 |
| 1.1.7 Dnd表型是细菌界的普遍现象 | 第15-16页 |
| 1.1.8 DNA硫修饰的提出 | 第16-18页 |
| 第二节 DNA磷硫修饰的研究进展 | 第18-27页 |
| 1.2.1 dnd基因簇的由来 | 第18-19页 |
| 1.2.2 Dnd蛋白功能分析 | 第19-25页 |
| 1.2.2.1 DndA蛋白的研究进展 | 第19-21页 |
| 1.2.2.2 DndB蛋白的研究进展 | 第21-22页 |
| 1.2.2.3 DndC蛋白的研究进展 | 第22-23页 |
| 1.2.2.4 DndD蛋白的研究进展 | 第23-24页 |
| 1.2.2.5 DndE蛋白的研究进展 | 第24-25页 |
| 1.2.3 磷硫修饰DNA的结构预测与功能研究 | 第25-27页 |
| 1.2.3.1 Rp型磷硫修饰的DNA在构象上趋于不稳定 | 第25页 |
| 1.2.3.2 磷硫修饰的DNA具有抗氧化性 | 第25-27页 |
| 第三节 研究硫修饰蛋白DndE的意义 | 第27-28页 |
| 第四节 蛋白质结构与功能的研究方法 | 第28-30页 |
| 1.4.1 NMR技术用于蛋白质结构与功能研究 | 第28页 |
| 1.4.2 X-ray技术用于蛋白质结构与功能研究 | 第28-30页 |
| 第二章 实验的材料与方法 | 第30-40页 |
| 第一节 实验的材料 | 第30-40页 |
| 2.1 实验材料 | 第30-33页 |
| 2.1.1 菌株 | 第30-31页 |
| 2.1.2 质粒 | 第31页 |
| 2.1.3 培养基和化学试剂 | 第31-33页 |
| 2.2 实验方法 | 第33-40页 |
| 2.2.1 受体菌的培养 | 第33页 |
| 2.2.2 感受态的制备 | 第33-34页 |
| 2.2.3 质粒DNA的提取 | 第34-35页 |
| 2.2.3.1 大肠杆菌质粒DNA的小量提取 | 第34页 |
| 2.2.3.2 细菌总DNA的少量快速提取 | 第34-35页 |
| 2.2.3.3 DNA片段的回收 | 第35页 |
| 2.2.4 聚合酶链式反应 | 第35页 |
| 2.2.5 激活Tris缓冲液体外降解DNA | 第35-36页 |
| 2.2.6 高压脉冲电泳 | 第36页 |
| 2.2.7 DNA质粒转化 | 第36-37页 |
| 2.2.8 高压试验破菌 | 第37页 |
| 2.2.9 DNA限制性内切酶双酶切实验 | 第37页 |
| 2.2.10 连接反应 | 第37-38页 |
| 2.2.11 蛋白的小量表达测试 | 第38页 |
| 2.2.12 镍柱的再生 | 第38页 |
| 2.2.13 紫外吸收法测定蛋白浓度 | 第38-39页 |
| 2.2.14 动态光散射实验 | 第39页 |
| 2.2.15 生物信息学分析和常用的软件 | 第39-40页 |
| 第三章 Streptomyces lividans 66 DndE蛋白的表达与纯化 | 第40-52页 |
| 3.1 DndE_(Livdan)蛋白的表达与纯化研究 | 第40-51页 |
| 3.1.1 以pET-44b为载体DndE＿(livdan)的融合表达 | 第40-42页 |
| 3.1.2 以psJ7为载体DndE_(Livdan)的融合表达 | 第42-44页 |
| 3.1.3 以pET-28a载体DndE_(Livdan)的表达 | 第44-45页 |
| 3.1.4 以PSMT3为载体的DndE_(Livdan)的表达 | 第45-46页 |
| 3.1.5 以PSMT3为载体的DndE_(N-flag-Livdan)的表达 | 第46-51页 |
| 本章小结 | 第51-52页 |
| 第四章 DndE蛋白的结晶学研究 | 第52-59页 |
| 4.1 变铅链霉菌的晶体学研究 | 第54-58页 |
| 4.1.1 晶体条件的初步筛选及保存 | 第54-58页 |
| 本章小结 | 第58-59页 |
| 第五章 变铅链霉菌DndE蛋白功能的初步探索 | 第59-63页 |
| 5.1 变铅链霉菌的功能预测 | 第59-60页 |
| 5.2 DndE是一种新颖的DNA结合蛋白 | 第60-62页 |
| 本章小结 | 第62-63页 |
| 第六章 结论与展望 | 第63-65页 |
| 6.1 结论 | 第63页 |
| 6.2 展望 | 第63-65页 |
| 参考文献 | 第65-71页 |
| 致谢 | 第71-72页 |
| 攻读硕士学位期间发表的论文 | 第72-73页 |
