| 摘要 | 第3-4页 |
| Abstract | 第4页 |
| 第一章 引言 | 第6-11页 |
| 1.1 微生物蛋白质组研究现状 | 第6页 |
| 1.2 生物质谱对于蛋白质组研究的意义 | 第6-7页 |
| 1.3 高通量测序的应用与发展 | 第7-8页 |
| 1.4 非模式物种的基因组、蛋白质组研究策略 | 第8-10页 |
| 1.5 新策略、新方法 | 第10-11页 |
| 第二章 材料及方法： | 第11-20页 |
| 2.1 实验材料 | 第11页 |
| 2.2 实验试剂 | 第11-12页 |
| 2.3 实验仪器 | 第12页 |
| 2.4 物种鉴定 | 第12-13页 |
| 2.5 估算基因组大小 | 第13-14页 |
| 2.6 全基因组测序 | 第14-16页 |
| 2.6.1 细菌培养与细胞破碎 | 第14页 |
| 2.6.2 基因组 DNA 提取 | 第14-15页 |
| 2.6.3 基因组 DNA 片段化 | 第15页 |
| 2.6.4 基因组 DNA 文库构建 | 第15-16页 |
| 2.7 逐次 mapping 与基因组修正 | 第16-18页 |
| 2.8 细胞培养和蛋白质的提取 | 第18页 |
| 2.9 单向 SDS-PAGE 分离蛋白质和胶内酶解 | 第18页 |
| 2.10 LC-MS/MS 分析 | 第18-19页 |
| 2.11 肽段的数据库检索和蛋白质鉴定 | 第19-20页 |
| 第三章 结果 | 第20-38页 |
| 3.1 策略 | 第20-21页 |
| 3.2 物种鉴定结果与基因组大小的测定 | 第21-24页 |
| 3.3 DNA 文库的构建 | 第24-26页 |
| 3.4 利用二代测序数据（NGS）逐次修正基因组 | 第26-28页 |
| 3.5 基因组修正的实验验证 | 第28-32页 |
| 3.6 肽段与蛋白鉴定率的提高 | 第32-35页 |
| 3.7 鉴定含有氨基酸突变位点（SAV）的肽段 | 第35-38页 |
| 第四章 讨论 | 第38-43页 |
| 4.1 新策略有助于促进非模式生物蛋白质组的研究 | 第38页 |
| 4.2 精确、高效、稳定的算法（FANSe）是基因组修正准确性的保障 | 第38-40页 |
| 4.3 逐次 mapping 的基因组修正策略对于高变异度物种基因组修正的意义 | 第40-41页 |
| 4.4 新策略在基因组、转录组研究方面的应用 | 第41页 |
| 4.5 新策略的不足与改进方法 | 第41-43页 |
| 参考文献 | 第43-47页 |
| 附录 | 第47-54页 |
| 在校期间发表论文情况 | 第54-55页 |
| 致谢 | 第55页 |
