| 摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6页 |
| 英文缩写词对照表 | 第7-11页 |
| 第1章 绪论 | 第11-19页 |
| 1.1 microRNA | 第11-13页 |
| 1.1.1 microRNA结构与功能 | 第11-12页 |
| 1.1.2 microRNA与癌症 | 第12页 |
| 1.1.3 microRNA靶基因识别 | 第12-13页 |
| 1.2 ceRNA | 第13-15页 |
| 1.2.1 ceRNA的起源和构成 | 第13-14页 |
| 1.2.2 ceRNA与癌症 | 第14-15页 |
| 1.3 p53 | 第15-17页 |
| 1.3.1 p53结构域功能 | 第15页 |
| 1.3.2 p53与癌症 | 第15-16页 |
| 1.3.3 p53与ceRNA调控网络 | 第16-17页 |
| 1.4 增强子 | 第17-18页 |
| 1.4.1 增强子的结构与功能 | 第17页 |
| 1.4.2 增强子与表观遗传学特征 | 第17-18页 |
| 1.5 课题研究的目的和意义 | 第18-19页 |
| 1.5.1 本课题的研究目的和意义 | 第18页 |
| 1.5.2 本课题创新点 | 第18-19页 |
| 第2章 HepG2细胞中p53调控的ceRNA网络识别与分析 | 第19-30页 |
| 2.1 材料与方法 | 第19-21页 |
| 2.1.1 细胞培养、RNA提取、文库制备以及高通量测序 | 第19页 |
| 2.1.2 数据处理和差异表达分析 | 第19页 |
| 2.1.3 microRNA靶位点预测 | 第19-20页 |
| 2.1.4 qRT-PCR验证差异表达的mRNA和lncRNA | 第20页 |
| 2.1.5 构建ceRNA网络 | 第20页 |
| 2.1.6 KEGG通路注释和中介中心性分析 | 第20-21页 |
| 2.1.7 受p53调控的ceRNA网络的识别 | 第21页 |
| 2.2 结果与分析 | 第21-27页 |
| 2.2.1 RNA测序结果分析 | 第21-22页 |
| 2.2.2 差异表达分析和qRT-PCR验证 | 第22-24页 |
| 2.2.3 mRNA和lncRNA的基因组特征对比分析 | 第24-25页 |
| 2.2.4 p53调控的ceRNA网络与癌症及p53相关信号通路高度相关 | 第25页 |
| 2.2.5 通过p53 ChIP-seq数据构建直接受p53调控的ceRNA网络 | 第25-27页 |
| 2.3 讨论 | 第27-29页 |
| 2.4 本章小结 | 第29-30页 |
| 第3章 EnhancerDB:探索增强子在细胞调控中的潜在作用数据库 | 第30-40页 |
| 3.1 材料和方法 | 第30-31页 |
| 3.1.1 数据来源 | 第30页 |
| 3.1.2 预测增强子 | 第30页 |
| 3.1.3 识别受增强子调控的基因与miRNA | 第30-31页 |
| 3.1.4 识别受TF调控的增强子与其他元件 | 第31页 |
| 3.1.5 识别组织特异性基因和miRNA | 第31页 |
| 3.1.6 识别SNP对其他调控元件的影响 | 第31页 |
| 3.2 结果 | 第31-38页 |
| 3.2.1 数据库内容 | 第31-32页 |
| 3.2.2 数据库界面 | 第32-33页 |
| 3.2.3 浏览数据库简介 | 第33-36页 |
| 3.2.4 数据库查询功能简介 | 第36-38页 |
| 3.3 讨论 | 第38-39页 |
| 3.4 本章小结 | 第39-40页 |
| 结论 | 第40-41页 |
| 致谢 | 第41-42页 |
| 参考文献 | 第42-50页 |
| 攻读硕士学位期间发表的学术论文 | 第50页 |
