基于基因共表达网络的类风湿性关节炎遗传致病因素研究
| 摘要 | 第8-10页 |
| ABSTRACT | 第10-12页 |
| 第1章 绪论 | 第13-19页 |
| 1.1 研究背景和意义 | 第13-15页 |
| 1.2 研究现状 | 第15-18页 |
| 1.3 本文的结构安排 | 第18-19页 |
| 第2章 研究对象与方法 | 第19-31页 |
| 2.1 预备知识 | 第19-22页 |
| 2.1.1 Pearson相关系数 | 第19页 |
| 2.1.2 无尺度网络 | 第19-20页 |
| 2.1.3 层次聚类算法 | 第20-21页 |
| 2.1.4 动态剪切树算法 | 第21-22页 |
| 2.2 研究对象 | 第22页 |
| 2.3 数据预处理 | 第22-24页 |
| 2.4 加权基因共表达网络分析 | 第24-26页 |
| 2.4.1 加权基因共表达网络的构建 | 第24-25页 |
| 2.4.2 共表达模块的识别 | 第25-26页 |
| 2.5 共表达模块的可重复性验证 | 第26-28页 |
| 2.5.1 外部验证 | 第26-27页 |
| 2.5.2 内部验证 | 第27-28页 |
| 2.6 特异共表达模块的识别 | 第28-29页 |
| 2.7 功能富集分析 | 第29-31页 |
| 第3章 研究结果 | 第31-47页 |
| 3.1 差异表达基因 | 第31-33页 |
| 3.1.1 质量监控和数据标准化 | 第31-32页 |
| 3.1.2 差异表达基因 | 第32-33页 |
| 3.2 加权基因共表达网络和共表达模块 | 第33-37页 |
| 3.2.1 确定软阈值 | 第33-34页 |
| 3.2.2 基因共表达网络和共表达模块 | 第34-37页 |
| 3.3 模块的可重复性 | 第37-41页 |
| 3.3.1 在独立数据集上的可重复性 | 第37-39页 |
| 3.3.2 在内部数据集上的可重复性 | 第39-41页 |
| 3.4 特异表达模块 | 第41-44页 |
| 3.4.1 基于基因重叠的特异共表达模块 | 第41-42页 |
| 3.4.2 基于拓扑改变的特异共表达模块 | 第42-44页 |
| 3.5 特异共表达模块富集的功能 | 第44-47页 |
| 第4章 类风湿性关节炎主要的遗传致病因素分析 | 第47-53页 |
| 4.1 类风湿性关节炎的特异共表达模式 | 第47页 |
| 4.2 关键的致病元件和通路 | 第47-51页 |
| 4.2.1 细胞外基质和JAK-STAT通路 | 第47-49页 |
| 4.2.2 溶酶体和MAPK活性 | 第49-50页 |
| 4.2.3 B细胞活性和内质网蛋白质的加工 | 第50-51页 |
| 4.3 基因的主导作用和调控关系 | 第51-53页 |
| 第5章 结论与展望 | 第53-55页 |
| 附录 | 第55-65页 |
| 附录1. 特异共表达模块的功能富集结果 | 第55-65页 |
| 参考文献 | 第65-69页 |
| 致谢 | 第69-71页 |
| 攻读硕士期间发表的论文、专利和参与的项目 | 第71-72页 |
| 学位论文评阅及答辩情况表 | 第72页 |
