| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-9页 |
| 第一章 绪论 | 第13-30页 |
| 1.1 论文的研究目的和意义 | 第13-14页 |
| 1.2 论文的研究背景 | 第14-24页 |
| 1.2.1 基于基因芯片的癌症分子标志 | 第14-16页 |
| 1.2.2 乳腺癌预后分子标志的研究现状 | 第16-20页 |
| 1.2.3 肝癌早期诊断分子标志的研究现状 | 第20-22页 |
| 1.2.4 基于基因表达秩序关系的分类算法 | 第22-24页 |
| 1.3 论文使用的数据库简介 | 第24-27页 |
| 1.3.1 GEO数据库 | 第24-25页 |
| 1.3.2 蛋白质互作数据库 | 第25-26页 |
| 1.3.3 Gene Ontology（GO）数据库 | 第26页 |
| 1.3.4 KEGG数据库 | 第26-27页 |
| 1.4 论文的主要研究内容及创新点 | 第27-30页 |
| 第二章 基于基因芯片识别的癌症分子标志的稳健性 | 第30-47页 |
| 2.1 引言 | 第30-31页 |
| 2.2 材料与方法 | 第31-37页 |
| 2.2.1 数据集 | 第31-32页 |
| 2.2.2 差异表达基因和共表达基因对的筛选 | 第32-34页 |
| 2.2.3 差异表达基因列表的稳健性评价指标 | 第34-35页 |
| 2.2.4 蛋白质互作子网的构建算法 | 第35-36页 |
| 2.2.5 基于差异表达基因和基于子网的分类器 | 第36-37页 |
| 2.3 结果 | 第37-45页 |
| 2.3.1 差异表达基因的可靠性 | 第37-38页 |
| 2.3.2 最显著差异表达基因的功能稳健性 | 第38-40页 |
| 2.3.3 最显著差异表达基因的预测稳健性 | 第40-45页 |
| 2.4 讨论 | 第45-46页 |
| 2.5 本章小结 | 第46-47页 |
| 第三章 基于基因表达秩序关系识别乳腺癌化疗反应标志 | 第47-59页 |
| 3.1 引言 | 第47-48页 |
| 3.2 材料与方法 | 第48-51页 |
| 3.2.1 基因表达谱数据 | 第48-50页 |
| 3.2.2 Combinational top scoring pairs（CTSP）分类器 | 第50-51页 |
| 3.3 结果 | 第51-55页 |
| 3.3.1 特征基因对的选择和pCR分类器的建立 | 第51-53页 |
| 3.3.2 不同pCR分类器的比较与评价 | 第53-55页 |
| 3.3.3 基于基因秩序关系的pCR分类器的稳健性评价 | 第55页 |
| 3.4 讨论 | 第55-58页 |
| 3.5 本章小结 | 第58-59页 |
| 第四章 基于基因表达秩序关系识别乳腺癌化疗预后标志 | 第59-70页 |
| 4.1 引言 | 第59-60页 |
| 4.2 材料与方法 | 第60-66页 |
| 4.2.1 基因表达谱数据 | 第60-62页 |
| 4.2.2 RCB指标 | 第62-63页 |
| 4.2.3 DRFS与生存曲线 | 第63页 |
| 4.2.4 Logrank检验 | 第63-64页 |
| 4.2.5 COX线性回归模型及参数估计方法 | 第64-65页 |
| 4.2.6 预后模型 | 第65-66页 |
| 4.3 结果 | 第66-68页 |
| 4.3.1 RCB相关特征的选择和分类器的建立 | 第66-67页 |
| 4.3.2 预后分类器的建立与独立验证 | 第67-68页 |
| 4.4 讨论 | 第68-69页 |
| 4.5 本章小结 | 第69-70页 |
| 第五章 基于癌旁组织的基因表达秩序关系识别肝癌的早期诊断标志 | 第70-80页 |
| 5.1 引言 | 第70-71页 |
| 5.2 材料和方法 | 第71-75页 |
| 5.2.1 基因表达谱数据 | 第71-73页 |
| 5.2.2 肝癌与肝硬化鉴别的特征选择与分类算法 | 第73页 |
| 5.2.3 评价方法 | 第73-75页 |
| 5.3 结果 | 第75-78页 |
| 5.3.1 肝癌与肝硬化的鉴别 | 第75-77页 |
| 5.3.2 与常规的kTSP方法的比较 | 第77-78页 |
| 5.4 讨论 | 第78-79页 |
| 5.5 本章小结 | 第79-80页 |
| 第六章 总结与展望 | 第80-83页 |
| 6.1 总结 | 第80-81页 |
| 6.2 展望 | 第81-83页 |
| 附录 | 第83-111页 |
| 附表1基于肺癌中前10个最显著差异表达基因的子网 | 第83-88页 |
| 附表2基于胃癌中前10个最显著差异表达基因的子网 | 第88-92页 |
| 附表3基于结肠癌中前10个最显著差异表达基因的子网 | 第92-97页 |
| 附表4基于乳腺癌中前10个最显著差异表达基因的子网 | 第97-106页 |
| 附表5乳腺癌化疗中特征基因对所富集的GO功能 | 第106-111页 |
| 致谢 | 第111-112页 |
| 参考文献 | 第112-124页 |
| 攻读博士学位期间取得的成果 | 第124-126页 |
