| 摘要 | 第7-9页 |
| ABSTRACT | 第9-10页 |
| 缩略词表 | 第11-12页 |
| 第一章 绪论 | 第12-40页 |
| 1.1 丛枝菌根概述 | 第12-13页 |
| 1.2 丛枝菌根的发育 | 第13-19页 |
| 1.2.1 非共生时期（asymbiotic stage） | 第14页 |
| 1.2.2 前共生时期（presymbiotic stage） | 第14-17页 |
| 1.2.3 共生建立时期（symbiotic stage） | 第17-19页 |
| 1.3 丛枝菌根真菌研究进展 | 第19-27页 |
| 1.3.1 丛枝菌根真菌生物学与遗传学特性 | 第20-21页 |
| 1.3.2 丛枝菌根真菌的分类及多样性 | 第21-23页 |
| 1.3.3 丛枝菌根真菌基因研究进展 | 第23-27页 |
| 1.4 转录组学研究方法概述 | 第27-36页 |
| 1.4.1 基因表达系列分析（SAGE）法和大规模平行标签测序（MPSS）法 | 第27-32页 |
| 1.4.2 基因芯片法（gene chip） | 第32-34页 |
| 1.4.3 RNA测序法（RNA-sequencing） | 第34-36页 |
| 1.5 菌根真菌转录组学研究现状 | 第36-38页 |
| 1.6 本课题的研究目标及内容 | 第38-40页 |
| 1.6.1 本课题的选题背景和研究目的 | 第38-39页 |
| 1.6.2 本课题的研究内容 | 第39-40页 |
| 第二章 G. rosea各发育阶段生物样品的制备及RNA测序 | 第40-52页 |
| 2.1 引言 | 第40页 |
| 2.2 实验材料 | 第40-42页 |
| 2.2.1 菌种和宿主植物 | 第40-41页 |
| 2.2.2 主要试剂和培养基质 | 第41-42页 |
| 2.2.3 主要仪器设备 | 第42页 |
| 2.3 实验方法 | 第42-46页 |
| 2.3.1 不同发育阶段Gigaspora rosea生物材料的培养 | 第42-45页 |
| 2.3.2 总RNA的提取和质量检验 | 第45页 |
| 2.3.3 RNA测序文库的构建及上机测序 | 第45-46页 |
| 2.4 结果与讨论 | 第46-51页 |
| 2.4.1 各发育阶段G. rosea生物样品的获得 | 第46-49页 |
| 2.4.2 生物样品中RNA样品的提取及质量评估 | 第49-50页 |
| 2.4.3 RNA测序文库的构建及测序 | 第50-51页 |
| 2.5 本章小结 | 第51-52页 |
| 第三章 G. rosea转录组的拼接、全局注释及系统发育分析 | 第52-71页 |
| 3.1 引言 | 第52页 |
| 3.2 用于分析的原始数据及软件程序 | 第52-53页 |
| 3.2.1 用于分析的原始数据 | 第52-53页 |
| 3.2.2 用于分析的软件程序 | 第53页 |
| 3.3 数据分析方法 | 第53-58页 |
| 3.3.1 原始测序数据的过滤和分类 | 第53-55页 |
| 3.3.2 G. rosea转录组的从头拼接、完善及质量评价 | 第55页 |
| 3.3.3 G. rosea转录组中SNPs和SSRs分子标记的鉴别 | 第55-56页 |
| 3.3.4 G. rosea转录组的全局功能注释 | 第56页 |
| 3.3.5 G. rosea及其他真菌的系统发育分析方法（phylogenomics） | 第56-58页 |
| 3.4 结果与讨论 | 第58-70页 |
| 3.4.1 原始测序数据的过滤和分类 | 第58-59页 |
| 3.4.2 G. rosea转录组的拼接及质量评估 | 第59-60页 |
| 3.4.3 G. rosea转录组中SNP和SSR分子标记的鉴定 | 第60-62页 |
| 3.4.4 G. rosea转录组的全局功能注释 | 第62-66页 |
| 3.4.5 AMF及其他真菌的进化分析 | 第66-70页 |
| 3.5 本章小结 | 第70-71页 |
| 第四章 G. rosea中重要生理特性相关基因的深度注释 | 第71-78页 |
| 4.1 引言 | 第71页 |
| 4.2 用于分析的原始数据及相关软件和程序 | 第71页 |
| 4.2.1 原始数据 | 第71页 |
| 4.2.2 软件和程序 | 第71页 |
| 4.3 数据分析方法 | 第71-72页 |
| 4.3.1 G. rosea重要基因的深度注释方法 | 第71-72页 |
| 4.4 结果与讨论 | 第72-77页 |
| 4.4.1 CAZymes酶的注释 | 第72-73页 |
| 4.4.2 分泌蛋白质组（secretome）的注释 | 第73-74页 |
| 4.4.3 转运蛋白（transporter）基因的注释 | 第74-76页 |
| 4.4.4 有性生殖相关基因的注释 | 第76-77页 |
| 4.5 本章小结 | 第77-78页 |
| 第五章 G. rosea共生发育阶段转录组差异表达分析 | 第78-87页 |
| 5.1 引言 | 第78页 |
| 5.2 原始数据和分析方法 | 第78-80页 |
| 5.2.1 原始数据 | 第78页 |
| 5.2.2 分析方法 | 第78-80页 |
| 5.3 结果与讨论 | 第80-86页 |
| 5.3.1 用于表达差异分析的G. rosea样品各生物学重复之间均一性评价 | 第80-81页 |
| 5.3.2 G. rosea差异表达基因的获得及功能分析 | 第81-86页 |
| 5.4 本章小结 | 第86-87页 |
| 第六章 结论 | 第87-89页 |
| 参考文献 | 第89-105页 |
| 附录 | 第105-106页 |
| 致谢 | 第106-107页 |
