| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-8页 |
| 第1章 绪论 | 第11-33页 |
| 1.1 化学遗传学 | 第11-12页 |
| 1.2 计算机辅助药物设计 | 第12-18页 |
| 1.3 有丝分裂中蛋白-蛋白相互作用作为靶标 | 第18-20页 |
| 1.4 人BUBR1蛋白 | 第20-26页 |
| 1.5 人CENP-T-W-S-X复合物 | 第26-29页 |
| 1.6 萎缩性胃炎 | 第29-33页 |
| 第2章 小分子抑制剂的高效虚拟筛选 | 第33-141页 |
| 2.1 材料与方法 | 第33-71页 |
| 2.1.1 所用的软硬件 | 第33-34页 |
| 2.1.2 靶标蛋白结构文件的预处理 | 第34-36页 |
| 2.1.3 靶标蛋白结构的同源建模、模型优化和评估 | 第36-40页 |
| 2.1.4 靶标蛋白结合口袋的选取 | 第40-43页 |
| 2.1.5 小分子文库信息的下载 | 第43-47页 |
| 2.1.6 小分子文库的虚拟筛选和重打分 | 第47-49页 |
| 2.1.7 虚拟筛选结果的归结、处理和排序 | 第49-52页 |
| 2.1.8 通过相似性检索生成新一轮筛选列表 | 第52-58页 |
| 2.1.9 新一轮小分子文库信息的下载和虚拟筛选 | 第58-62页 |
| 2.1.10 使用Cytoscape和chemViz2插件生成化学相似性网络 | 第62-65页 |
| 2.1.11 设置化学相似性网络的可视化效果 | 第65-69页 |
| 2.1.12 选取用于进一步研究的小分子 | 第69-71页 |
| 2.2 结果与讨论 | 第71-141页 |
| 2.2.1 BUBR1的结构预处理 | 第71-73页 |
| 2.2.2 BUBR1第1个结合口袋的选取 | 第73-76页 |
| 2.2.3 使用NCI Diversity Ⅱ文库对BUBR1第1个结合口袋的虚拟筛选 | 第76-80页 |
| 2.2.4 使用clean-leads_t90文库对BUBR1第1个结合口袋的虚拟筛选 | 第80-85页 |
| 2.2.5 使用NCI文库对BUBR1第1个结合口袋的虚拟筛选 | 第85-86页 |
| 2.2.6 BUBR1第2个结合口袋的选取 | 第86-90页 |
| 2.2.7 使用clean-leads_t90文库对BUBR1第2个结合口袋的虚拟筛选 | 第90-92页 |
| 2.2.8 使用NCI文库对BUBR1第2个结合口袋的虚拟筛选与小分子选取 | 第92-95页 |
| 2.2.9 CENP-T-W-S-X的同源建模 | 第95-97页 |
| 2.2.10 CENP-T-W-S-X结合口袋的选取 | 第97-105页 |
| 2.2.11 使用MolPort文库对CENP-S-X结合口袋的虚拟筛选第1轮 | 第105-110页 |
| 2.2.12 使用MolPort文库对CENP-S-X结合口袋的虚拟筛选第2轮 | 第110-114页 |
| 2.2.13 使用MolPort文库对CENP-S-X结合口袋的虚拟筛选第3轮 | 第114-117页 |
| 2.2.14 使用MolPort文库对CENP-S-X结合口袋的虚拟筛选第3轮的延续 | 第117-121页 |
| 2.2.15 CENP-S-X虚拟筛选结果的化学相似性网络与小分子选取 | 第121-123页 |
| 2.2.16 LKB1结合口袋的选取 | 第123-126页 |
| 2.2.17 使用MolPort文库对LKB1结合口袋的虚拟筛选 | 第126-132页 |
| 2.2.18 NDR1-MOB1A复合物的同源建模 | 第132-137页 |
| 2.2.19 DAP-81、BI2536对MPS1 N端TPR结构域的分子对接 | 第137-141页 |
| 第3章 萎缩性胃炎的新靶标预测 | 第141-155页 |
| 3.1 材料与方法 | 第141-143页 |
| 3.1.1 所用软件 | 第141页 |
| 3.1.2 实验方法与质谱数据的处理 | 第141页 |
| 3.1.3 使用Cytoscape构建蛋白-蛋白相互作用网络 | 第141-143页 |
| 3.1.4 使用GeneMANIA构建相关性网络及预测新靶标 | 第143页 |
| 3.2 结果与讨论 | 第143-155页 |
| 3.2.1 质谱数据的处理 | 第143-145页 |
| 3.2.2 使用Cytoscape构建蛋白-蛋白相互作用网络 | 第145-148页 |
| 3.2.3 使用GeneMANIA构建蛋白相关性网络 | 第148-152页 |
| 3.2.4 预测新靶标 | 第152-155页 |
| 参考文献 | 第155-171页 |
| 致谢 | 第171-173页 |
| 在读期间发表的学术论文与取得的其他研究成果 | 第173-174页 |
