| 摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 英文缩略表 | 第12-13页 |
| 第一章 引言 | 第13-29页 |
| 1.1 无花果 | 第13-17页 |
| 1.1.1 无花果的生物学特征 | 第13-14页 |
| 1.1.2 无花果的种植 | 第14-15页 |
| 1.1.3 无花果的利用价值 | 第15-17页 |
| 1.1.4 新疆的无花果产业 | 第17页 |
| 1.2 无花果花叶病 | 第17-26页 |
| 1.2.1 症状及危害 | 第17-18页 |
| 1.2.2 相关的病毒及类病毒 | 第18-24页 |
| 1.2.3 寄主范围 | 第24页 |
| 1.2.4 传播、发生及分布 | 第24-25页 |
| 1.2.5 检测及防控 | 第25-26页 |
| 1.3 高通量测序技术(NGS)在植物病毒检测中的应用 | 第26-28页 |
| 1.4 研究的目的及意义 | 第28页 |
| 1.5 技术路线 | 第28-29页 |
| 第二章 无花果病毒及类病毒的调查 | 第29-46页 |
| 2.1 前言 | 第29-30页 |
| 2.2 实验材料 | 第30-34页 |
| 2.2.1 样品采集与保存 | 第30页 |
| 2.2.2 主要试剂、溶液配制及菌株 | 第30-34页 |
| 2.2.3 实验仪器 | 第34页 |
| 2.3 试验方法 | 第34-40页 |
| 2.3.1 无花果核酸的提取 | 第34-35页 |
| 2.3.2 高通量测序及分析 | 第35-36页 |
| 2.3.3 病毒及类病毒(RT)-PCR检测、克隆及测序 | 第36-40页 |
| 2.3.4 电镜样品的制备 | 第40页 |
| 2.4 结果与分析 | 第40-44页 |
| 2.4.1 中国无花果花叶病发生情况调查 | 第40页 |
| 2.4.2 中国无花果病毒和类病毒的检测与鉴定 | 第40-44页 |
| 2.5 讨论 | 第44-46页 |
| 第三章 无花果杆状DNA病毒的鉴定及其序列分析 | 第46-56页 |
| 3.1 前言 | 第46-47页 |
| 3.2 材料 | 第47页 |
| 3.2.1 样品采集 | 第47页 |
| 3.2.2 试剂及溶液配制 | 第47页 |
| 3.2.3 主要仪器 | 第47页 |
| 3.3 实验方法 | 第47-49页 |
| 3.3.1 无花果核酸提取 | 第47页 |
| 3.3.2 高通量测序及分析 | 第47页 |
| 3.3.3 PCR引物的设计与合成 | 第47页 |
| 3.3.4 PCR检测、克隆及测序 | 第47-48页 |
| 3.3.5 序列分析 | 第48-49页 |
| 3.4 结果与分析 | 第49-55页 |
| 3.4.1 Small RNA测序数据 | 第49页 |
| 3.4.2 Contigs的比对结果 | 第49-53页 |
| 3.4.3 无花果杆状DNA病毒(FBV-1)的确定及PCR验证 | 第53页 |
| 3.4.4 其它杆状DNA病毒的确定及PCR验证 | 第53页 |
| 3.4.5 系统发育分析 | 第53-55页 |
| 3.5 讨论 | 第55-56页 |
| 第四章 无花果斑点相关病毒全长序列测定及基因组结构分析 | 第56-69页 |
| 4.1 前言 | 第56-57页 |
| 4.2 实验材料 | 第57页 |
| 4.2.1 样品采集与保存 | 第57页 |
| 4.2.2 主要试剂、溶液配制及菌株 | 第57页 |
| 4.2.3 实验仪器 | 第57页 |
| 4.3 实验方法 | 第57-61页 |
| 4.3.1 无花果总RNA提取 | 第57页 |
| 4.3.2 FFkaV-2 病毒全长序列的测定 | 第57-59页 |
| 4.3.3 PCR产物回收、克隆及测序 | 第59-61页 |
| 4.3.4 DNA序列分析及分系统发育树分析 | 第61页 |
| 4.4 结果与分析 | 第61-68页 |
| 4.4.1 FFkaV-2 开放阅读框 1(ORF1)的分析 | 第61-63页 |
| 4.4.2 FFkaV-2 开放阅读框 2(ORF2)的分析 | 第63页 |
| 4.4.3 FFkaV-2 开放阅读框 3(ORF3)的分析 | 第63页 |
| 4.4.4 FFkaV-2 5'非编码区(5'NCR)的分析 | 第63-64页 |
| 4.4.5 FFkaV-2 3'非编码区(3'NCR)的分析 | 第64页 |
| 4.4.6 系统发育分析 | 第64-66页 |
| 4.4.7 新疆地区FFkaV-2 分离物CP蛋白编码区的系统发生分析及序列多样性分析 | 第66-68页 |
| 4.5 讨论 | 第68-69页 |
| 第五章 长线形病毒的鉴定及序列分析 | 第69-81页 |
| 5.1 前言 | 第69页 |
| 5.2 材料 | 第69-70页 |
| 5.2.1 样品准备 | 第69页 |
| 5.2.2 试剂及溶液配制 | 第69-70页 |
| 5.2.3 主要仪器 | 第70页 |
| 5.3 实验方法 | 第70-71页 |
| 5.3.1 无花果总RNA的提取 | 第70页 |
| 5.3.2 高通量测序及分析 | 第70页 |
| 5.3.3 PCR扩增、克隆和测序 | 第70-71页 |
| 5.3.4 序列分析及分系统发育树分析 | 第71页 |
| 5.3.5 电镜样品的制备 | 第71页 |
| 5.4 结果 | 第71-79页 |
| 5.4.1 Contigs的比对结果 | 第71-72页 |
| 5.4.2 长片段的PCR扩增及克隆测序 | 第72-74页 |
| 5.4.3 FLMaV-4 序列测定及基因组结构分析 | 第74页 |
| 5.4.4 HSP70基因和CP基因的多样性分析 | 第74-76页 |
| 5.4.5 系统发育分析 | 第76-79页 |
| 5.4.6 电镜检测 | 第79页 |
| 5.5 讨论 | 第79-81页 |
| 第六章 全文结论 | 第81-82页 |
| 参考文献 | 第82-95页 |
| 附录 | 第95-105页 |
| 致谢 | 第105-106页 |
| 作者简历 | 第106页 |
