| 摘要 | 第3-4页 |
| Abstract | 第4页 |
| 第1章 前言 | 第7-25页 |
| 1.1 海南蓝仙鹟和蓝喉仙鹟以及中华仙鹟的简介 | 第7-13页 |
| 1.1.1 海南蓝仙鹟和蓝喉仙鹟及中华仙鹟的形态描述 | 第7-10页 |
| 1.1.2 生态习性、地理分布及亚种划分 | 第10-11页 |
| 1.1.3 海南蓝仙鹟、蓝喉仙鹟以及中华仙鹟的系统发育关系研究进展 | 第11-13页 |
| 1.2 种间杂交概述 | 第13-17页 |
| 1.2.1 种间杂交与物种形成 | 第13-14页 |
| 1.2.2 种间杂交与基因渐渗 | 第14-15页 |
| 1.2.3 种间杂交的研究方法 | 第15-16页 |
| 1.2.4 鸟类种间杂交的研究进展 | 第16-17页 |
| 1.3 双酶切RAD-seq技术 | 第17-22页 |
| 1.3.1 原理及优势 | 第17-19页 |
| 1.3.2 问题与改进方法 | 第19-20页 |
| 1.3.3 发展及应用 | 第20-22页 |
| 1.4 系统发育树 | 第22-24页 |
| 1.4.1 系统发育树的概念 | 第22页 |
| 1.4.2 系统发育树的构建方法 | 第22-24页 |
| 1.5 本论文的研究目的和意义 | 第24-25页 |
| 第2章 材料与方法 | 第25-41页 |
| 2.1 实验样本、仪器与试剂 | 第25-27页 |
| 2.1.1 实验样本 | 第25页 |
| 2.1.2 实验仪器 | 第25-26页 |
| 2.1.3 实验试剂 | 第26-27页 |
| 2.2 实验方法 | 第27-35页 |
| 2.2.1 基因组DNA的提取 | 第27-31页 |
| 2.2.2 基因组DNA浓度检测 | 第31页 |
| 2.2.3 ddRAD-seq文库制备 | 第31-35页 |
| 2.2.4 文库质检和测序 | 第35页 |
| 2.3 原始数据的处理 | 第35-36页 |
| 2.3.1 数据质控 | 第35页 |
| 2.3.2 文库的拆分 | 第35-36页 |
| 2.3.3 SNPs检测注释及统计 | 第36页 |
| 2.4 群体遗传多样性分析 | 第36-38页 |
| 2.4.1 群体进化分析 | 第36-37页 |
| 2.4.2 群体遗传结构分析 | 第37页 |
| 2.4.3 群体主成分分析 | 第37-38页 |
| 2.5 物种树的构建 | 第38页 |
| 2.6 种间基因渐渗的检测 | 第38-39页 |
| 2.7 地理分布格局及形态描述 | 第39-41页 |
| 第3章 研究结果 | 第41-53页 |
| 3.1 SNPs的统计 | 第41-43页 |
| 3.2 最大似然树 | 第43页 |
| 3.3 群体遗传结构 | 第43-45页 |
| 3.4 主成分分析 | 第45-47页 |
| 3.5 SNAPP构建的物种树 | 第47页 |
| 3.6 ABBA-BABA基因渐渗检测 | 第47-49页 |
| 3.7 地理分布格局、采样信息及形态观察 | 第49-53页 |
| 第4章 讨论 | 第53-57页 |
| 4.1 海南蓝仙鹟与蓝喉仙鹟klossi亚种分类关系 | 第53-54页 |
| 4.2 C.glaucicomans的系统分类地位 | 第54页 |
| 4.3 C. hainanus 与 C. glaucicomans之间的基因渐渗 | 第54-57页 |
| 总结 | 第57-59页 |
| 参考文献 | 第59-73页 |
| 附录 | 第73-77页 |
| 致谢 | 第77-79页 |
| 攻读硕士学位期间的研究成果 | 第79页 |
