| 摘要 | 第9-11页 |
| Abstract | 第11-12页 |
| 第1章 文献综述 | 第13-29页 |
| 1.1 土壤微生物及群落多样性 | 第13-15页 |
| 1.1.1 土壤微生物的重要作用 | 第13-14页 |
| 1.1.2 土壤微生物群落多样性及其研究方法 | 第14-15页 |
| 1.2 施用化肥对土壤微生物群落多样性的影响 | 第15-21页 |
| 1.2.1 施用化肥对土壤微生物生物量的影响 | 第15-16页 |
| 1.2.2 施用化肥对土壤微生物群落结构的影响 | 第16-18页 |
| 1.2.3 施用化肥影响土壤微生物群落结构的短期和长期机制 | 第18-19页 |
| 1.2.4 施用化肥导致的pH间接性改变对土壤微生物多样性的影响 | 第19-21页 |
| 1.3 施用有机肥对土壤微生物群落多样性的影响 | 第21-25页 |
| 1.3.1 有机肥碳氮投入对微生物多样性的影响 | 第21-23页 |
| 1.3.2 有机肥相对于化肥对微生物多样性的影响 | 第23-24页 |
| 1.3.3 施用有机肥对土壤微生物多样性的短期效应和持续性效应 | 第24-25页 |
| 1.4 施用畜禽粪便对土壤抗生素抗性基因累积的影响 | 第25-29页 |
| 1.4.1 抗生素及其抗性基因的传播途径 | 第25-26页 |
| 1.4.2 畜禽粪便对土壤抗生素抗性基因的累积效应 | 第26-29页 |
| 第2章 绪论 | 第29-33页 |
| 2.1 研究背景 | 第29-30页 |
| 2.2 科学问题 | 第30页 |
| 2.3 研究内容 | 第30-31页 |
| 2.4 研究思路 | 第31-33页 |
| 第3章 长期施用化肥和有机肥对不同类型紫色土pH及细菌群落多样性的影响 | 第33-49页 |
| 3.1 材料和方法 | 第34-36页 |
| 3.1.1 试验地点、试验处理及样品采集 | 第34页 |
| 3.1.2 土壤基本理化性质的测定及DNA提取 | 第34-35页 |
| 3.1.3 测序分析 | 第35页 |
| 3.1.4 统计分析 | 第35-36页 |
| 3.2 结果与分析 | 第36-41页 |
| 3.2.1 长期施用化肥和有机肥对土壤理化性质的影响 | 第36-38页 |
| 3.2.2 长期施用化肥和有机肥对土壤细菌群落结构的影响 | 第38-39页 |
| 3.2.3 土壤化学性质和细菌群落结构的关系 | 第39页 |
| 3.2.4 长期施用化肥和有机肥对土壤细菌丰富度和多样性的影响 | 第39-40页 |
| 3.2.5 长期施用化肥和有机肥对土壤细菌群落组成的影响 | 第40-41页 |
| 3.2.6 土壤pH和细菌主要门类相对丰度的关系 | 第41页 |
| 3.3 讨论 | 第41-45页 |
| 3.3.1 长期施用化肥和有机肥对土壤pH的影响 | 第41-42页 |
| 3.3.2 长期施肥造成的土壤pH的改变对土壤细菌群落结构的作用 | 第42-44页 |
| 3.3.3 土壤pH对细菌群落组成的影响 | 第44-45页 |
| 3.4 小结 | 第45-46页 |
| 3.5 附录 | 第46-49页 |
| 第4章 长期不同施肥及土壤磷素丰缺对紫色水稻土微生物群落多样性的影响 | 第49-63页 |
| 4.1 材料和方法 | 第50-53页 |
| 4.1.1 试验地概况及试验设计 | 第50-51页 |
| 4.1.2 样品采集 | 第51页 |
| 4.1.3 土壤理化分析和提取DNA | 第51页 |
| 4.1.4 高通量454测序分析 | 第51-52页 |
| 4.1.5 序列数据处理 | 第52页 |
| 4.1.6 统计分析 | 第52-53页 |
| 4.2 结果与分析 | 第53-60页 |
| 4.2.1 长期不同施肥对土壤理化性质的影响 | 第53-54页 |
| 4.2.2 长期不同施肥对土壤微生物群落组成的影响 | 第54-55页 |
| 4.2.3 长期不同施肥对土壤微生物群落结构的影响 | 第55-56页 |
| 4.2.4 长期不同施肥对土壤微生物的 α 多样性的影响 | 第56-57页 |
| 4.2.5 长期不同施肥对土壤独有和共有OTU的影响 | 第57-58页 |
| 4.2.6 长期不同施肥对土壤微生物种群相对丰度的影响 | 第58-60页 |
| 4.3 讨论 | 第60-62页 |
| 4.4 小结 | 第62-63页 |
| 第5章 长期施用牛粪及其残余效应对土壤微生物群落多样性的影响 | 第63-89页 |
| 5.1 材料和方法 | 第64-68页 |
| 5.1.1 试验设计和土壤样品采集 | 第64-65页 |
| 5.1.2 土壤基本理化性质分析 | 第65页 |
| 5.1.3 DNA提取及扩增子测序 | 第65-66页 |
| 5.1.4 生物信息学分析 | 第66-67页 |
| 5.1.5 统计分析 | 第67-68页 |
| 5.2 结果与分析 | 第68-79页 |
| 5.2.1 长期施用牛粪对土壤微生物 α 多样性的影响 | 第68-71页 |
| 5.2.2 长期施用牛粪对土壤微生物群落结构的影响 | 第71-74页 |
| 5.2.3 长期施用牛粪对主要微生物种群相对丰度的影响 | 第74-76页 |
| 5.2.4 长期施用牛粪对土壤理化性质的影响 | 第76-79页 |
| 5.2.5 土壤理化性质和土壤微生物群落结构的关系 | 第79页 |
| 5.3 讨论 | 第79-83页 |
| 5.3.1 长期施用牛粪对土壤微生物群落多样性的影响 | 第79-81页 |
| 5.3.2 牛粪的残余效应对土壤微生物群落的影响 | 第81-83页 |
| 5.4 小结 | 第83-84页 |
| 5.5 附录 | 第84-89页 |
| 第6章 长期施用牛粪对土壤中的抗生素抗性基因的累积效应 | 第89-109页 |
| 6.1 材料方法 | 第90-94页 |
| 6.1.1 试验设计和土壤样品采集 | 第90-91页 |
| 6.1.2 风干土壤样品的DNA提取 | 第91页 |
| 6.1.3 ARGs的PCR定性检测 | 第91-94页 |
| 6.1.4 荧光实时定量PCR | 第94页 |
| 6.1.5 统计分析 | 第94页 |
| 6.2 结果分析 | 第94-101页 |
| 6.2.1 不同年限土壤细菌的 16S rRNA的基因拷贝数 | 第94-96页 |
| 6.2.2 长期不同牛粪施用处理对土壤中抗生素抗性基因丰度的影响 | 第96-100页 |
| 6.2.3 停止施用牛粪后土壤ARGs的累积 | 第100-101页 |
| 6.3 讨论 | 第101-103页 |
| 6.4 小结 | 第103-104页 |
| 6.5 附录 | 第104-109页 |
| 第7章 综合讨论 | 第109-113页 |
| 7.1 土壤养分和pH对土壤微生物多样性的调控机制 | 第109-110页 |
| 7.2 合理施用有机肥提高微生物多样性并降低ARGs污染风险 | 第110-113页 |
| 第8章 结论、创新点与展望 | 第113-115页 |
| 8.1 结论 | 第113页 |
| 8.2 创新点 | 第113-114页 |
| 8.3 展望 | 第114-115页 |
| 参考文献 | 第115-133页 |
| 主要成果 | 第133-135页 |
| 致谢 | 第135页 |
