胃癌动态失调模块识别方法
| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-8页 |
| 符号对照表 | 第11-12页 |
| 缩略语对照表 | 第12-15页 |
| 第一章 绪论 | 第15-19页 |
| 1.1 研究背景及意义 | 第15-16页 |
| 1.2 失调模块及生物标记研究现状及动态分析 | 第16-18页 |
| 1.3 本文工作及论文结构 | 第18-19页 |
| 第二章 数据及相关基础 | 第19-27页 |
| 2.1 相关生物数据介绍 | 第19-22页 |
| 2.1.1 胃癌基因表达谱数据 | 第19-20页 |
| 2.1.2 蛋白质相互作用网络 | 第20-21页 |
| 2.1.3 生物分子通路数据 | 第21-22页 |
| 2.2 分类器性能相关指标 | 第22-23页 |
| 2.3 失调模块及生物标记识别方法 | 第23-27页 |
| 2.3.1 包含遗传变异的网络模块 | 第24页 |
| 2.3.2 差异表达的网络模块 | 第24-25页 |
| 2.3.3 识别信息传播模块 | 第25-27页 |
| 第三章 动态失调模块识别方法 | 第27-33页 |
| 3.1 方法框架 | 第27-28页 |
| 3.2 路径子模块活性值的计算 | 第28-29页 |
| 3.3 构建路径相互作用网络 | 第29-31页 |
| 3.4 失调模块识别 | 第31-33页 |
| 3.4.1 挑选种子节点 | 第31-32页 |
| 3.4.2 基于种子节点扩展失调模块 | 第32-33页 |
| 第四章 实验结果及分析 | 第33-51页 |
| 4.1 实验数据 | 第33-35页 |
| 4.1.1 基因表达数据 | 第33-34页 |
| 4.1.2 蛋白质相互作用网络数据 | 第34页 |
| 4.1.3 生物分子路径数据 | 第34-35页 |
| 4.2 实验结果及分析 | 第35-51页 |
| 4.2.1 五折交叉验证 | 第35页 |
| 4.2.2 种子路径表型区别能力比较 | 第35-37页 |
| 4.2.3 失调模块的分类性能比较 | 第37-39页 |
| 4.2.4 统计显著性分析 | 第39-41页 |
| 4.2.5 失调模块功能性分析 | 第41-48页 |
| 4.2.6 失调模块阶段性基因分析 | 第48-49页 |
| 4.2.7 PIN性能比较 | 第49-51页 |
| 第五章 总结与展望 | 第51-53页 |
| 参考文献 | 第53-61页 |
| 致谢 | 第61-63页 |
| 作者简介 | 第63-64页 |
