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基于抑制差减杂交方法的小麦抗白粉病相关基因表达谱研究

中文摘要第9-11页
第一章 文献综述第11-47页
    1 植物抗病反应的分子生物学研究第11-15页
        1.1 抗病机制模型第11-12页
        1.2 抗病基因的研究进展第12-14页
        1.3 信号传导与防卫基因第14-15页
            1.3.1 信号传导第14-15页
            1.3.2 防卫基因第15页
    2 小麦白粉病抗病相关基因的研究第15-18页
        2.1 小麦白粉病抗病基因第16页
        2.2 小麦抗白粉病防卫基因的研究第16-18页
    3 EST技术及其应用第18-27页
        3.1 EST与植物EST计划第18-23页
            3.1.1 EST技术第18-19页
            3.1.2 植物基因组计划第19-20页
            3.1.3 小麦EST计划研究进展第20-23页
        3.2 EST技术的应用第23-26页
        3.3 EST技术中常遇的两个问题第26-27页
    4 功能基因组学与基因表达谱第27-35页
        4.1 功能基因组学第27-28页
        4.2 基因功能研究内容第28-31页
            4.2.1 基因功能的分类第28-30页
            4.2.2 基因表达谱第30页
            4.2.3 蛋白质组学第30-31页
        4.3 基因功能的研究方法与技术第31-35页
            4.3.1 在转录水平上的研究方法第31-33页
            4.3.2 在蛋白质水平上的研究方法第33-34页
            4.3.3 应用反求遗传学的方法第34-35页
    5 差减文库构建的几种方法第35-41页
        5.1 差减文库的构建原理第35-36页
        5.2 几种差减杂交方法第36-40页
            5.2.1 羟基磷灰石柱层析法(HAP)第36页
            5.2.2 生物素标记、链亲和蛋白结合排除法第36页
            5.2.3 限制性内切酶与PCR技术相结合的差减方法第36-37页
            5.2.4 差减抑制杂交法(SSH)第37-39页
            5.2.5 磁珠介导的差减法(MAST)第39-40页
        5.3 构建差减文库的载体系统第40-41页
    6 生物信息学第41-45页
        6.1 生物信息学数据库第42-44页
            6.1.1 核酸与蛋白质序列数据库第42-43页
            6.1.2 生物数据库的发展特点第43页
            6.1.3 数据库的网络服务第43-44页
        6.2 生物信息学软件第44-45页
    7 研究目的与实验设计第45-47页
        7.1 目的第45-46页
        7.2 实验流程第46-47页
第二章 白粉病菌诱导的小麦普通cDNA文库构建与EST研究第47-66页
    1 研究材料与方法第47-51页
        1.1 材料与处理第47-48页
        1.2 总RNA的提取与检测第48页
        1.3 cDNA文库构建与转化菌筛选第48-49页
        1.4 质粒的提取与纯化第49-50页
        1.5 测序与分析第50页
        1.6 反向Northern blot分析第50-51页
            1.6.1 高密度PCR点阵膜的制备第50页
            1.6.2 反转录标记探针第50-51页
            1.6.3 差减探针标记第51页
            1.6.4 杂交及检测第51页
    2 结果与分析第51-62页
        2.1 总RNA检测结果第51页
        2.2 未扩增cDNA文库的滴度与转化效率第51-52页
        2.3 EST的产生第52页
        2.4 EST分析结果第52-60页
            2.4.1 BLASTn的分析结果第52-56页
            2.4.2 BLASTx的分析结果第56-60页
        2.5 反向Northern blot结果第60-62页
    3 讨论第62-66页
        3.1 文库构建第63页
        3.2 文库的转化第63-64页
        3.3 与抗病相关的代谢途径第64-65页
        3.4 EST技术用于植物抗病机制研究的评价第65-66页
第三章 白粉病菌诱导小麦抑制差减文库的构建与文库质量分析第66-76页
    1 材料与方法第67-70页
        1.1 材料与处理第67页
        1.2 总RNA提取与mRNA分离与纯化第67-69页
            1.3.1 cDNA第一链的合成第67-68页
            1.3.2 cDNA第二链的合成第68页
            1.3.3 双链cDNA RsaⅠ酶切与连接接头第68-69页
            1.3.4 二次差减杂交反应第69页
            1.3.5 二次PCR扩增反应和差减效率分析第69页
        1.4 差减cDNA文库的构建第69页
        1.5 质粒提取第69-70页
    2 结果与讨论第70-75页
        2.1 文库构建样品的总RNA与mRNA浓度与质量检测结果第70-72页
        2.2 差减杂交后两次PCR产物的分析第72-73页
        2.3 差减文库的滴度第73页
        2.4 差减文库的插入片段大小第73-75页
    3 小结第75-76页
第四章 基于抑制差减杂交文库的小麦抗白粉病相关基因表达谱研究第76-110页
    1 材料与方法第77-79页
        1.1 SSH文库构建第78页
            1.1.1 材料与处理第78页
            1.1.2 总RNA提取与mRNA分离与纯化第78页
            1.1.3 抑制差减杂交、差减cDNA文库的构建第78页
        1.2 质粒提取与测序第78页
            1.2.1 质粒提取第78页
            1.2.2 测序第78页
        1.3 序列分析第78页
        1.4 差示筛选差减cDNA文库第78-79页
            1.4.1 PCR产物点阵列杂交膜制备第78-79页
            1.4.2 制备差示筛选探针第79页
        1.4 杂交及结果检测分析第79页
    2 结果第79-100页
        2.1 EST获得与分析第79-92页
        2.2 差示筛选差减cDNA文库结果第92-100页
    3 讨论第100-110页
        3.1 白粉病菌接种初期抗病反应相关过程第100-105页
            3.1.1 抗病信号传导途径第101-103页
            3.1.2 防卫反应基因第103-104页
            3.1.3 细胞保护机制与其它第104-105页
        3.2 SSH文库在抗病基因表达谱研究中的优越性第105-107页
        3.3 基于SSH文库的EST测序量第107-108页
        3.4 差示筛选时的探针标记方法第108-109页
        3.5 功能已知基因的确定第109-110页
第五章 生物信息学在EST研究中的应用第110-129页
    1 建立数据库与开发相关软件第111-115页
        1.1 建立数据库第111页
        1.2 相关软件开发第111-115页
            1.2.1 多序列相同性比较软件—SEQEDIT第111-113页
            1.2.2 序列同源比较的批提交软件—blasetW2第113-115页
            1.2.3 序列格式转换软件—SEQTOOL第115页
    2 未知功能EST的同源比较分析第115页
    3 目的EST片段的拼接与电子延伸第115-126页
        3.1 过氧化氢酶(catalase)基因的拼接第116-123页
        3.2 未知功能EST的电子拼接与延长第123-126页
    4 R基因同源分析第126-128页
    5 小结第128-129页
第六章 总结第129-135页
    1 抗病相关基因表达谱构建的技术体系第129-131页
        1.1 抗病相关cDNA文库构建方法第129页
        1.2 EST技术第129-130页
        1.3 高密度点阵杂交检测技术第130页
        1.4 其它第130-131页
    2 抗病基因表达谱研究合理的技术路线第131页
    3 建立抗病相关基因表达谱与抗病机制初探第131-133页
        3.1 抗病相关基因表达谱第131-132页
        3.2 白粉病抗病机制初探第132-133页
            3.2.1 信号传导途径第132页
            3.2.2 SAR表达基因第132-133页
            3.2.3 细胞保护机制第133页
            3.2.4 其它第133页
        3.3 抗病EST研究对育种工作的启示第133页
    4 生物信息学分析方法在EST分析中的应用第133-134页
        4.1 建立数据库与开发软件第133-134页
        4.2 寻找抗病相关新基因第134页
        4.3 基于计算机的序列拼接与延伸第134页
    5 完成ITEC协议任务第134-135页
参考文献第135-151页
英文摘要第151页

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