| 摘要 | 第10-12页 |
| Abstract | 第12-13页 |
| 缩略词 | 第14-15页 |
| 第一章 文献综述 | 第15-25页 |
| 1.1 果实内果皮发育研究概况 | 第15-18页 |
| 1.2 植物组织木质化研究概况 | 第18-21页 |
| 1.3 相关转录因子研究概况 | 第21-23页 |
| 1.4 RNA-Seq在果树研究中的应用 | 第23-24页 |
| 1.5 本研究的目的意义 | 第24-25页 |
| 第二章 裂核杏与锦西红杏果实发育过程的差异 | 第25-38页 |
| 2.1 试验材料 | 第25-26页 |
| 2.1.1 植物材料 | 第25页 |
| 2.1.2 主要试剂 | 第25-26页 |
| 2.2 试验方法 | 第26-28页 |
| 2.2.1 果实生长发育基础指标的测定及生长曲线的拟合 | 第26页 |
| 2.2.2 果实RNA的提取及cDNA制备 | 第26页 |
| 2.2.3 引物设计 | 第26-27页 |
| 2.2.4 实时荧光定量PCR分析 | 第27页 |
| 2.2.5 内果皮发育及木质素沉积的观察 | 第27页 |
| 2.2.6 内果皮各组分含量的测定 | 第27-28页 |
| 2.3 结果与分析 | 第28-35页 |
| 2.3.1 裂核杏与锦西红杏果实发育相关指标测定及生长曲线拟合 | 第28-30页 |
| 2.3.2 裂核杏与锦西红杏果实发育物候期的划分 | 第30-31页 |
| 2.3.3 裂核杏与锦西红杏内果皮发育及木质素沉积过程观察 | 第31-34页 |
| 2.3.4 裂核杏与锦西红杏内果皮各组分含量变化 | 第34-35页 |
| 2.4 讨论 | 第35-37页 |
| 2.4.1 杏果实发育生长曲线的拟合及不同物候期的划分 | 第35-36页 |
| 2.4.2 杏果实内果皮的发育 | 第36-37页 |
| 2.5 小结 | 第37-38页 |
| 第三章 裂核杏与锦西红杏果实高通量测序分析 | 第38-65页 |
| 3.1 试验材料 | 第38页 |
| 3.1.1 植物材料 | 第38页 |
| 3.1.2 主要试剂 | 第38页 |
| 3.2 试验方法 | 第38-41页 |
| 3.2.1 cDNA文库的建立及Illumina高通量测序 | 第38-39页 |
| 3.2.2 序列拼接及基因功能注释分析 | 第39-40页 |
| 3.2.3 基因表达差异分析 | 第40页 |
| 3.2.4 引物设计 | 第40-41页 |
| 3.2.5 实时荧光定量PCR分析 | 第41页 |
| 3.2.6 数据分析 | 第41页 |
| 3.3 结果与分析 | 第41-61页 |
| 3.3.1 裂核杏与锦西红杏高通量测序及序列的拼接 | 第42-44页 |
| 3.3.2 裂核杏与锦西红杏高通量测序获得序列的注释 | 第44-47页 |
| 3.3.3 裂核杏与锦西红杏差异基因分析与统计 | 第47-51页 |
| 3.3.4 裂核杏与锦西红杏差异基因的挖掘及初步验证 | 第51-61页 |
| 3.4 讨论 | 第61-63页 |
| 3.4.1 转录组数据中涉及苯丙烷途径的差异基因 | 第61-62页 |
| 3.4.2 转录组数据中与内果皮发育相关的转录因子 | 第62页 |
| 3.4.3 转录组数据中涉及次生细胞壁生物合成调控网络的转录因子 | 第62-63页 |
| 3.4.4 共表达模式分析转录组数据 | 第63页 |
| 3.5 小结 | 第63-65页 |
| 第四章 裂核杏与锦西红杏中CAD及NST1的克隆及序列分析 | 第65-84页 |
| 4.1 试验材料 | 第65页 |
| 4.1.1 植物材料 | 第65页 |
| 4.1.2 主要试剂 | 第65页 |
| 4.2 试验方法 | 第65-68页 |
| 4.2.1 裂核杏与锦西红杏RNA的提取及cDNA的合成 | 第65页 |
| 4.2.2 裂核杏与锦西红杏基因组DNA的提取 | 第65页 |
| 4.2.3 引物设计 | 第65-66页 |
| 4.2.4 RT-PCR扩增反应体系 | 第66-67页 |
| 4.2.5 目的片段的回收 | 第67页 |
| 4.2.6 PCR产物与克隆载体的连接与转化 | 第67页 |
| 4.2.7 目的基因片段序列分析 | 第67-68页 |
| 4.3 结果与分析 | 第68-80页 |
| 4.3.1 裂核杏与锦西红杏目的基因的克隆 | 第68-69页 |
| 4.3.2 裂核杏与锦西红杏NST1序列结构分析 | 第69-72页 |
| 4.3.3 裂核杏与锦西红杏CAD序列结构分析 | 第72-75页 |
| 4.3.4 CAD二级结构预测 | 第75-77页 |
| 4.3.5 CAD三级结构及亚细胞定位预测 | 第77-78页 |
| 4.3.6 CAD启动子保守序列分析 | 第78-80页 |
| 4.4 讨论 | 第80-82页 |
| 4.4.1 CAD氨基酸序列结构信息 | 第80-81页 |
| 4.4.2 NST1氨基酸序列结构信息 | 第81-82页 |
| 4.5 小结 | 第82-84页 |
| 第五章 苯丙烷途径差异基因在不同杏品种果实中的验证 | 第84-108页 |
| 5.1 试验材料 | 第84-85页 |
| 5.1.1 植物材料 | 第84页 |
| 5.1.2 主要试剂 | 第84-85页 |
| 5.2 试验方法 | 第85-87页 |
| 5.2.1 裂核杏与锦西红杏苯丙烷途径差异基因的表达分析 | 第85页 |
| 5.2.2 裂核杏与锦西红杏苯丙烷途径相关酶的活性分析 | 第85-86页 |
| 5.2.3 不同品种仁用杏内果皮木质素沉积的观察 | 第86页 |
| 5.2.4 不同品种仁用杏苯丙烷途径差异基因表达分析及相关酶活测定 | 第86-87页 |
| 5.2.5 数据分析 | 第87页 |
| 5.3 结果与分析 | 第87-104页 |
| 5.3.1 裂核杏与锦西红杏中涉及苯丙烷途径下游差异基因筛选 | 第87-88页 |
| 5.3.2 裂核杏与锦西红杏果实发育过程中肉桂醇脱氢酶活性变化 | 第88-89页 |
| 5.3.3 裂核杏与锦西红杏果实发育过程中苯丙烷途径候选基因表达差异 | 第89-92页 |
| 5.3.4 苯丙烷途径候选基因表达量、酶活性与内果皮基本指标相关性分析 | 第92-96页 |
| 5.3.5 裂核杏与锦西红杏果实发育过程中NST1表达差异 | 第96页 |
| 5.3.6 不同品种仁用杏涉及苯丙烷途径差异基因的验证 | 第96-101页 |
| 5.3.7 不同品种仁用杏内果皮相关数据的主成分分析 | 第101-104页 |
| 5.4 讨论 | 第104-106页 |
| 5.4.1 转录组差异基因的表达验证及相关酶活的变化 | 第104-105页 |
| 5.4.2 仁用杏内果皮的主成分分析 | 第105-106页 |
| 5.5 小结 | 第106-108页 |
| 第六章 结论与创新点 | 第108-109页 |
| 6.1 结论 | 第108页 |
| 6.2 创新点 | 第108-109页 |
| 参考文献 | 第109-125页 |
| 附录 | 第125-130页 |
| 致谢 | 第130-131页 |
| 攻读博士期间发表论文 | 第131-132页 |
