| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-9页 |
| 缩略语表 | 第14-16页 |
| 第一章 引言 | 第16-32页 |
| 1.1 环境中细菌耐药性的产生 | 第16-17页 |
| 1.2 细菌耐药机制 | 第17-22页 |
| 1.2.1 药物主动外排机制 | 第17-18页 |
| 1.2.2 抗生素灭活（钝化）酶机制 | 第18-20页 |
| 1.2.3 抗生素作用靶位点保护或改变 | 第20-21页 |
| 1.2.4 代谢途径通路的改变 | 第21-22页 |
| 1.2.5 细菌外膜通透屏障的改变 | 第22页 |
| 1.3 抗生素耐药基因在环境中的传播与扩散 | 第22-28页 |
| 1.3.1 抗生素耐药基因的概念 | 第22页 |
| 1.3.2 抗生素耐药基因的传播元件 | 第22-25页 |
| 1.3.3 抗生素耐药基因在畜禽粪便-土壤系统中的传播与扩散 | 第25-28页 |
| 1.4 环境中抗生素耐药性的研究方法 | 第28-31页 |
| 1.4.1 基于培养方法的微生物的分离鉴定 | 第28页 |
| 1.4.2 基于PCR技术的耐药基因的检测 | 第28-29页 |
| 1.4.3 基因芯片技术 | 第29-30页 |
| 1.4.4 宏基因组学 | 第30-31页 |
| 1.5 研究内容 | 第31-32页 |
| 第二章 鸡粪源多重耐药细菌中耐药遗传特征研究 | 第32-66页 |
| 2.1 前言 | 第32页 |
| 2.2 实验材料 | 第32-35页 |
| 2.2.1 仪器与设备 | 第32-33页 |
| 2.2.2 主要试剂耗材 | 第33页 |
| 2.2.3 培养基与常用溶液的配制 | 第33-34页 |
| 2.2.4 药敏纸片 | 第34-35页 |
| 2.2.5 实验菌株 | 第35页 |
| 2.3 实验方法 | 第35-41页 |
| 2.3.1 药敏试验 | 第35-36页 |
| 2.3.2 抗生素耐药基因与可移动元件引物的选择 | 第36-41页 |
| 2.3.3 基因组DNA的提取 | 第41页 |
| 2.3.4 质粒DNA的提取 | 第41页 |
| 2.3.5 PCR扩增产物测序分析 | 第41页 |
| 2.4 结果与讨论 | 第41-64页 |
| 2.4.1 33株鸡粪源多重耐药细菌的耐药表型 | 第41-44页 |
| 2.4.2 粪源多重耐药细菌中抗生素耐药基因的多样性与分布 | 第44-53页 |
| 2.4.3 粪源多重耐药细菌种属内及种属间耐药遗传特征差异分析 | 第53-55页 |
| 2.4.4 鸡粪源多重耐药细菌中可移动元件的多样性与分布 | 第55-58页 |
| 2.4.5 粪源多重耐药细菌中整合子（或ISCR1）-耐药基因盒的特征 | 第58-64页 |
| 2.5 本章小结 | 第64-66页 |
| 第三章 不同环境来源的多重耐药大肠杆菌中耐药遗传特征研究 | 第66-90页 |
| 3.1 前言 | 第66页 |
| 3.2 实验材料 | 第66-67页 |
| 3.2.1 仪器与设备 | 第66页 |
| 3.2.2 主要试剂耗材 | 第66页 |
| 3.2.3 培养基与常用溶液的配制 | 第66-67页 |
| 3.2.4 药敏纸片 | 第67页 |
| 3.2.5 实验菌株 | 第67页 |
| 3.3 实验方法 | 第67页 |
| 3.3.1 药敏试验 | 第67页 |
| 3.3.2 抗生素耐药基因与可移动元件引物的选择 | 第67页 |
| 3.3.3 质粒与基因组DNA模板的制备 | 第67页 |
| 3.3.4 PCR扩增产物测序分析 | 第67页 |
| 3.4 结果与讨论 | 第67-87页 |
| 3.4.1 不同来源的多重耐药大肠杆菌中抗生素耐药表型特征 | 第67-71页 |
| 3.4.2 不同来源的多重耐药大肠杆菌中质粒的检测 | 第71-72页 |
| 3.4.3 不同来源的多重耐药大肠杆菌中抗生素耐药基因的多样性与分布 | 第72-81页 |
| 3.4.4 不同来源的多重耐药大肠杆菌中可移动元件的多样性 | 第81-82页 |
| 3.4.5 不同来源的多重耐药大肠杆菌中整合子-耐药基因盒的特征比较 | 第82-87页 |
| 3.5 本章小结 | 第87-90页 |
| 第四章 多重耐药Proteus penneri中质粒的分子特征研究 | 第90-104页 |
| 4.1 前言 | 第90页 |
| 4.2 实验材料 | 第90-91页 |
| 4.2.1 仪器与设备 | 第90页 |
| 4.2.2 主要试剂 | 第90-91页 |
| 4.2.3 培养基与常用溶液的配制 | 第91页 |
| 4.2.4 实验菌株 | 第91页 |
| 4.3 实验方法 | 第91-94页 |
| 4.3.1 感受态细胞的制备 | 第91-92页 |
| 4.3.2 质粒的提取及单个质粒条带的分离纯化 | 第92页 |
| 4.3.3 酶切 | 第92页 |
| 4.3.4 连接 | 第92页 |
| 4.3.5 转化及蓝白斑筛选 | 第92-93页 |
| 4.3.6 菌液PCR鉴定阳性克隆 | 第93页 |
| 4.3.7 酶切验证阳性克隆 | 第93页 |
| 4.3.8 阳性克隆药敏试验 | 第93页 |
| 4.3.9 质粒测序鉴定及分析 | 第93-94页 |
| 4.4 结果与讨论 | 第94-102页 |
| 4.4.1 Proteus penneri中质粒的检测结果 | 第94-95页 |
| 4.4.2 Proteus penneri中单个质粒的分离纯化及酶切结果 | 第95页 |
| 4.4.3 阳性克隆重组子筛选结果及酶切验证 | 第95-96页 |
| 4.4.4 T362菌株药敏试验结果 | 第96-97页 |
| 4.4.5 pY5和pY4质粒的测序与组装 | 第97-99页 |
| 4.4.6 pY5质粒测序结果分析 | 第99-100页 |
| 4.4.7 pY3质粒测序结果分析 | 第100-101页 |
| 4.4.8 pY3与pY5序列关联分析 | 第101-102页 |
| 4.5 本章小结 | 第102-104页 |
| 第五章 结论与展望 | 第104-108页 |
| 5.1 结论 | 第104-106页 |
| 5.2 展望 | 第106-108页 |
| 参考文献 | 第108-116页 |
| 附录 | 第116-120页 |
| 附录A 质粒pY3和pY5序列信息 | 第116-120页 |
| 致谢 | 第120-121页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文目录 | 第121-122页 |
