| 摘要 | 第1-9页 |
| Abstract | 第9-16页 |
| 第一章 分子标记在海洋浮游桡足类研究中的应用 | 第16-31页 |
| ·常用的分子标记 | 第17-26页 |
| ·等位酶技术 | 第18页 |
| ·基于DNA/RNA 序列的分子标记 | 第18-26页 |
| ·分子标记在桡足类研究中的应用 | 第26-30页 |
| ·系统发育研究 | 第26-27页 |
| ·种类鉴定 | 第27-28页 |
| ·发现隐存种 | 第28-29页 |
| ·种群遗传研究 | 第29-30页 |
| ·国内现状 | 第30页 |
| ·本研究的目的意义 | 第30-31页 |
| 第二章 中华哲水蚤的线粒体基因组及桡足类的系统发育研究 | 第31-61页 |
| ·研究背景 | 第31-33页 |
| ·材料与方法 | 第33-38页 |
| ·样品采集和DNA 提取 | 第33-34页 |
| ·PCR 扩增和测序 | 第34页 |
| ·基因注释和序列分析 | 第34-37页 |
| ·序列比对和系统进化分析 | 第37-38页 |
| ·结果与讨论 | 第38-61页 |
| ·使用La PCR 进行桡足类线粒体研究的遇到的问题和警示 | 第38-39页 |
| ·基因组组成 | 第39-41页 |
| ·核苷酸组成和密码子使用 | 第41-42页 |
| ·蛋白质编码基因 | 第42-46页 |
| ·核糖体RNA | 第46-47页 |
| ·转运RNA（tRNA） | 第47-50页 |
| ·非编码区序列 | 第50-53页 |
| ·线粒体基因排布 | 第53-56页 |
| ·系统发育分析 | 第56-61页 |
| 第三章 哲水蚤目桡足类的分子系统发育及分化时间估算 | 第61-100页 |
| ·研究背景 | 第61-67页 |
| ·研究材料与方法 | 第67-75页 |
| ·样品采集 | 第67-71页 |
| ·基因组模板DNA 的提取、目标基因的扩增和测序 | 第71-73页 |
| ·序列拼接和比对 | 第73-74页 |
| ·系统发育分析 | 第74-75页 |
| ·实验结果 | 第75-90页 |
| ·序列特征分析 | 第75-80页 |
| ·系统发育分析 | 第80-86页 |
| ·假说检测 | 第86页 |
| ·主要类群分化时间估算 | 第86-90页 |
| ·讨论 | 第90-100页 |
| ·序列变异及哲水蚤目18S rRNA 二级结构 | 第90-92页 |
| ·系统发育关系 | 第92-96页 |
| ·哲水蚤目各主要分支的分化时间及演化历史 | 第96-100页 |
| 第四章 中国近海浮游桡足类 DNA Barcode 分析 | 第100-139页 |
| ·研究背景 | 第100-103页 |
| ·材料与方法 | 第103-115页 |
| ·样品采集 | 第103-114页 |
| ·基因组模板DNA 的提取、目标基因的扩增和测序 | 第114页 |
| ·数据处理 | 第114-115页 |
| ·研究结果 | 第115-133页 |
| ·讨论 | 第133-139页 |
| ·浮游哲水蚤的DNA Barcode | 第133-135页 |
| ·DNA Barcode 和形态鉴定的关系 | 第135-136页 |
| ·DNA Barcode 种类界定的依据 | 第136-137页 |
| ·中国近海浮游哲水蚤的重新审定 | 第137-139页 |
| 第五章 中国近海中华哲水蚤种群遗传结构研究 | 第139-156页 |
| ·研究背景 | 第139-140页 |
| ·材料与方法 | 第140-143页 |
| ·样品采集和DNA 提取 | 第140-142页 |
| ·目标片段扩增和测序 | 第142页 |
| ·数据分析 | 第142-143页 |
| ·系统发生分析 | 第143页 |
| ·结果与讨论 | 第143-156页 |
| ·样品形态特征 | 第143-144页 |
| ·基于ITS 序列的分析 | 第144页 |
| ·基于COX1 序列的分析 | 第144-151页 |
| ·基于线粒体基因组序列的分析 | 第151-156页 |
| 参考文献 | 第156-176页 |
| 博士期间论文发表情况 | 第176-177页 |
| 致谢 | 第177页 |
