| 摘要 | 第3-4页 |
| Abstract | 第4-5页 |
| 第1章 引言 | 第10-34页 |
| 1.1 真核生物核糖体的组成和结构 | 第10-15页 |
| 1.1.1 核糖体高分辨结构的研究历史 | 第10-12页 |
| 1.1.2 真核生物核糖体的结构特征 | 第12-15页 |
| 1.2 真核生物蛋白质的翻译过程 | 第15-17页 |
| 1.3 新生肽链需要共翻译分子伴侣的折叠和保护 | 第17-26页 |
| 1.3.1 蛋白质的折叠 | 第17-21页 |
| 1.3.2 原核生物的共翻译分子伴侣TF | 第21页 |
| 1.3.3 真核生物的共翻译分子伴侣NAC | 第21-22页 |
| 1.3.4 真核生物的共翻译分子伴侣RAC | 第22-25页 |
| 1.3.5 RAC与核糖体复合物结构的研究 | 第25-26页 |
| 1.4 冷冻电镜背景介绍 | 第26-31页 |
| 1.4.1 电子辐照损伤和低信噪比 | 第27-28页 |
| 1.4.2 中心截面定理 | 第28-29页 |
| 1.4.3 单颗粒三维重构 | 第29页 |
| 1.4.4 电镜结构的验证和评估 | 第29-31页 |
| 1.5 本课题的研究意义 | 第31-34页 |
| 第2章 材料与方法 | 第34-66页 |
| 2.1 实验仪器 | 第34-35页 |
| 2.2 实验缓冲液 | 第35-36页 |
| 2.3 蛋白的表达纯化 | 第36-44页 |
| 2.3.1 载体的构建 | 第36-39页 |
| 2.3.2 蛋白的诱导表达 | 第39-40页 |
| 2.3.3 蛋白质的纯化 | 第40-44页 |
| 2.4 酿酒酵母核糖体的分离纯化 | 第44-47页 |
| 2.4.1 酿酒酵母总核糖体的粗提 | 第44-45页 |
| 2.4.2 酿酒酵母 80S核糖体的分离 | 第45-47页 |
| 2.5 冷冻样品的制备 | 第47-52页 |
| 2.5.1 铜网的预处理 | 第47-48页 |
| 2.5.2 碳膜的喷镀和捞取 | 第48-50页 |
| 2.5.3 冷冻样品的制备流程 | 第50-52页 |
| 2.6 冷冻样品的数据收集 | 第52-59页 |
| 2.6.1 冷冻上样 | 第52-54页 |
| 2.6.2 电镜状态的调节 | 第54-57页 |
| 2.6.3 数据的手动收集 | 第57-58页 |
| 2.6.4 高通量自动化数据收集 | 第58-59页 |
| 2.7 冷冻样品的数据处理 | 第59-66页 |
| 2.7.1 图片的预处理 | 第60页 |
| 2.7.2 计算欠焦值 | 第60-62页 |
| 2.7.3 图片的筛选 | 第62-63页 |
| 2.7.4 颗粒的自动挖取 | 第63-64页 |
| 2.7.5 对颗粒的二维分类 | 第64页 |
| 2.7.6 对颗粒的三维分类 | 第64-65页 |
| 2.7.7 三维重构迭代、振幅校正和分辨率评估 | 第65-66页 |
| 第3章 实验结果及分析 | 第66-113页 |
| 3.1 蛋白质的纯化结果 | 第66-68页 |
| 3.2 核糖体的提取纯化结果 | 第68-70页 |
| 3.3 在数据收集和处理过程中的一些创新性思路 | 第70-76页 |
| 3.3.1 冷冻样品储存盒的改良 | 第70-71页 |
| 3.3.2 一种挑选square的方式 | 第71-72页 |
| 3.3.3 对图片的实时监测和运算 | 第72-73页 |
| 3.3.4 一种筛选颗粒的方法 | 第73-74页 |
| 3.3.5 一种对star文件中的颗粒进行分组的方法 | 第74-75页 |
| 3.3.6 基于Relion的supervised classification | 第75-76页 |
| 3.4 RAC与 80S核糖体复合物的结构及分析 | 第76-111页 |
| 3.4.1 RAC与 80S核糖体复合物的结构特征 | 第76-77页 |
| 3.4.2 RAC与 80S核糖体复合物高分辨结构的获取 | 第77-87页 |
| 3.4.3 RAC在 80S核糖体上的结合位点 | 第87-89页 |
| 3.4.4 Zuotin与Ssz在空间上的定位 | 第89-91页 |
| 3.4.5 Zuotin通过MD与核糖体相结合的分子机制 | 第91-95页 |
| 3.4.6 RAC的结合与ES27的构象无关 | 第95-97页 |
| 3.4.7 核糖体的旋转能引起Zuotin N端发生构象变化 | 第97-99页 |
| 3.4.8 Zuotin的结合能抑制核糖体的旋转 | 第99-106页 |
| 3.4.9 MD是核糖体和RAC之间的双向信息传递者 | 第106页 |
| 3.4.10 MD的带电性、刚性和长度在进化上非常保守 | 第106-108页 |
| 3.4.11 MD的带电性、刚性和长度在功能上是必需的 | 第108-111页 |
| 3.5 RAC/SSB系统的工作机制 | 第111-112页 |
| 3.6 本章小结 | 第112-113页 |
| 第4章 讨论与展望 | 第113-120页 |
| 4.1 RAC可能会对核糖体解码中心产生影响 | 第113-114页 |
| 4.2 RAC可能介导了蛋白质翻译与折叠的同步性 | 第114页 |
| 4.3 共翻译因子在核糖体上的竞争关系 | 第114-116页 |
| 4.4 直接电子探测器的应用可能有助于RAC的局部分类 | 第116-118页 |
| 4.5 分辨率的追求与生物学问题的解决 | 第118-120页 |
| 第5章 其它研究工作 | 第120-128页 |
| 5.1 核糖体小亚基成熟因子YqeH的结构研究 | 第120-122页 |
| 5.2 机械力敏感离子通道Ynai的结构研究 | 第122-124页 |
| 5.3 炎症小体适配蛋白PYD结构域的螺旋结构研究 | 第124-126页 |
| 5.4 分枝杆菌核糖体的结构研究 | 第126-128页 |
| 参考文献 | 第128-141页 |
| 致谢 | 第141-144页 |
| 个人简历、在学期间发表的学术论文与研究成果 | 第144页 |
