| 中文摘要 | 第3-6页 |
| Abstract | 第6-9页 |
| 第一章 绪论 | 第14-47页 |
| 1.1 HIV简介 | 第14-16页 |
| 1.1.1 HIV/AIDS病 | 第14-15页 |
| 1.1.2 HIV类型及分布 | 第15页 |
| 1.1.3 HIV进入宿主细胞过程 | 第15-16页 |
| 1.2 HIV-1 gp120的结构和功能 | 第16-19页 |
| 1.2.1 HIV-1 gp120的可变loops | 第17页 |
| 1.2.2 HIV-1 gp120的CD4bs | 第17-18页 |
| 1.2.3 HIV-1 gp120的辅助受体结合位点 | 第18页 |
| 1.2.4 HIV-1 gp120的糖基化 | 第18-19页 |
| 1.2.5 HIV-1的免疫逃避机理 | 第19页 |
| 1.3 抗HIV策略 | 第19-20页 |
| 1.4 HIV疫苗的发展 | 第20-22页 |
| 1.5 HIV-1广泛中和性抗体（bNAbs）的分类 | 第22-26页 |
| 1.5.1 靶向V1V2的抗体 | 第22-23页 |
| 1.5.2 靶向CD4bs的抗体 | 第23-25页 |
| 1.5.3 靶向辅助受体结合位点的抗体 | 第25页 |
| 1.5.4 靶向gp41的近膜端外部区（membrane proximal external region，MPER）的抗体 | 第25页 |
| 1.5.5 靶向gp120-gp41界面和融合肽（FP）的抗体 | 第25-26页 |
| 1.6 HIV-1广泛中和性抗体的特征 | 第26-28页 |
| 1.6.1 高水平的体细胞超变(somatic hypermutation, SHM) | 第26-27页 |
| 1.6.2 独特的CDR3长度 | 第27页 |
| 1.6.3 独特的抗原识别模式 | 第27页 |
| 1.6.4 抗体识别聚糖 | 第27-28页 |
| 1.6.5 辅助性滤泡T(T follicular helper, Tfh)细胞对HIV-1 bnAbs发展的关键作用 | 第28页 |
| 1.6.6 自然B细胞对HIV-1 bnAbs发展的作用 | 第28页 |
| 1.7 分子模拟方法简介 | 第28-33页 |
| 1.7.1 基本原理 | 第28-30页 |
| 1.7.2 分子力场 | 第30-31页 |
| 1.7.3 溶剂模型 | 第31页 |
| 1.7.4 周期性边界条件 | 第31-32页 |
| 1.7.5 恒压和恒温分子动力学模拟 | 第32页 |
| 1.7.6 分子动力学模拟过程 | 第32-33页 |
| 1.8 分子动力学模拟方法在抗原抗体相互作用研究中的应用 | 第33-35页 |
| 1.9 研究思路 | 第35-37页 |
| 参考文献 | 第37-47页 |
| 第二章 从分子动力学和结合自由能角度理解抗体VRC01广泛和强效中和HIV-1的分子机理 | 第47-63页 |
| 2.1 背景简介 | 第47-49页 |
| 2.2 实验方法及步骤 | 第49-50页 |
| 2.2.1 结构准备 | 第49页 |
| 2.2.2 分子动力学模拟 | 第49页 |
| 2.2.3 结合自由能计算 | 第49-50页 |
| 2.2.4 主成分分析 | 第50页 |
| 2.2.5 聚类分析 | 第50页 |
| 2.3 结果和讨论 | 第50-58页 |
| 2.3.1 MD轨迹平衡监测 | 第50-51页 |
| 2.3.2 结合自由能计算 | 第51-53页 |
| 2.3.3 热点残基 | 第53-55页 |
| 2.3.4 gp120和VRC01的相互作用特征 | 第55-56页 |
| 2.3.5 Loops D和V5的结构波动 | 第56-58页 |
| 2.4 本章小结 | 第58-59页 |
| 参考文献 | 第59-63页 |
| 第三章 一系列CD4结合位点抗体广泛和强效地中和HIV-1的分子机理 | 第63-80页 |
| 3.1 背景简介 | 第63-64页 |
| 3.2 实验方法及步骤 | 第64-66页 |
| 3.2.1 结构准备 | 第64页 |
| 3.2.2 分子动力学模拟 | 第64-65页 |
| 3.2.3 结合自由能计算 | 第65-66页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第66-75页 |
| 3.3.1 抗体对gp120整体构象的影响 | 第66-67页 |
| 3.3.2 Loops D和V5是抗体中和HIV-1差别的起源 | 第67-69页 |
| 3.3.3 Loops D和V5的构象变化 | 第69-72页 |
| 3.3.4 CH235、VRC01、VRC-PG04和VRC23广泛地中和HIV-1的机理 | 第72-75页 |
| 3.4 本章小结 | 第75-77页 |
| 参考文献 | 第77-80页 |
| 第四章 辅助受体结合位点抗体X5和17b广泛地中和HIV-1的机理研究 | 第80-95页 |
| 4.1 背景简介 | 第80-81页 |
| 4.2 实验方法及步骤 | 第81-83页 |
| 4.2.1 结构准备 | 第81-82页 |
| 4.2.2 分子动力学模拟 | 第82页 |
| 4.2.3 主成分分析 | 第82-83页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第83-91页 |
| 4.3.1 X5和 17b的结合改变了gp120几个重要区域的柔性 | 第83-84页 |
| 4.3.2 抗体的结合改变了gp120的构象重排 | 第84-88页 |
| 4.3.3 X5和 17b结合降低了辅助受体结合位点构象重排 | 第88-91页 |
| 4.4 本章小结 | 第91-92页 |
| 参考文献 | 第92-95页 |
| 第五章 聚糖对gp120-CD4和gp120-抗体相互作用的调控机理 | 第95-109页 |
| 5.1 背景简介 | 第95-96页 |
| 5.2 实验方法及步骤 | 第96-97页 |
| 5.2.1 结构准备 | 第96页 |
| 5.2.2 分子动力学模拟 | 第96-97页 |
| 5.2.3 结合自由能计算 | 第97页 |
| 5.3 结果和讨论 | 第97-105页 |
| 5.3.1 糖对研究复合物的稳定性的影响 | 第97-99页 |
| 5.3.2 糖对gp120-CD4和gp120-抗体相互作用的影响 | 第99-102页 |
| 5.3.3 域间交流路径 | 第102-105页 |
| 5.4 本章小结 | 第105-106页 |
| 参考文献 | 第106-109页 |
| 第六章 结论与展望 | 第109-110页 |
| 在学期间研究成果 | 第110-111页 |
| 致谢 | 第111页 |
