| 致谢 | 第5-6页 |
| 摘要 | 第6-12页 |
| ABSTRACT | 第12-19页 |
| 缩略语 | 第20-26页 |
| 1 引言 | 第26-30页 |
| 2 仪器设备和试剂 | 第30-33页 |
| 2.1 主要仪器设备 | 第30-32页 |
| 2.2 主要生物化学试剂 | 第32-33页 |
| 3 材料与方法 | 第33-55页 |
| 3.1 技术路线 | 第33-34页 |
| 3.2 研究对象 | 第34-35页 |
| 3.2.1 GWAS阶段及验证阶段的结直肠癌及对照样本 | 第34页 |
| 3.2.2 结直肠癌组织DNA及配对正常组织DNA样本 | 第34-35页 |
| 3.2.3 上皮和间质的结直肠癌中心细胞、肿瘤芽细胞、正常细胞 | 第35页 |
| 3.3 样本收集及资料获取 | 第35-36页 |
| 3.3.1 肿瘤样本 | 第35页 |
| 3.3.2 对照样本 | 第35-36页 |
| 3.3.3 对照样本代谢综合征分类 | 第36页 |
| 3.4 主要软件、数据库 | 第36-37页 |
| 3.5 基因组DNA制备 | 第37-38页 |
| 3.5.1 基因组DNA提取 | 第37页 |
| 3.5.2 基因组DNA浓度及纯度的测定 | 第37-38页 |
| 3.6 基因芯片检测 | 第38-44页 |
| 3.6.1 基因分型 | 第38-40页 |
| 3.6.2 分型数据质量控制 | 第40页 |
| 3.6.3 全基因组拷贝数检测 | 第40-42页 |
| 3.6.4 样本质量控制 | 第42-43页 |
| 3.6.5 拷贝数变异质量控制 | 第43-44页 |
| 3.7 罕见拷贝数变异筛选及验证 | 第44-48页 |
| 3.8 扩大样本验证 | 第48-49页 |
| 3.9 数据分析 | 第49-55页 |
| 3.9.1 统计检验 | 第49-50页 |
| 3.9.2 Burden分析 | 第50页 |
| 3.9.3 GO富集分析 | 第50-51页 |
| 3.9.4 表达谱分析 | 第51页 |
| 3.9.5 Gene-based分析及候选基因筛选 | 第51-53页 |
| 3.9.6 拷贝数变异区域基本生物信息学预测分析 | 第53页 |
| 3.9.7 目标基因CNV在结直肠癌组织及配对正常组织DNA中的频率分布 | 第53-54页 |
| 3.9.8 目标基因CNV与临床病理参数及预后的关系 | 第54页 |
| 3.9.9 目标基因的表达与病理分期及预后的关系 | 第54页 |
| 3.9.10 目标基因拷贝数变异与表达在其他癌症中的作用 | 第54-55页 |
| 4 结果 | 第55-101页 |
| 4.1 芯片数据质控后样本基本特征 | 第55-57页 |
| 4.1.1 样本基本特征 | 第55-56页 |
| 4.1.2 样本基因型主成分分析结果 | 第56-57页 |
| 4.2 CNV检测及QPCR验证结果 | 第57-60页 |
| 4.3 CNV分布情况 | 第60-62页 |
| 4.4 Burden分析结果 | 第62-75页 |
| 4.4.1 Global rare CNVs | 第62-65页 |
| 4.4.2 Rare genic CNVs | 第65-67页 |
| 4.4.3 干扰CDS区的rare CNVs | 第67-70页 |
| 4.4.4 早发结直肠癌病人携带更高频的罕见拷贝数变异 | 第70-72页 |
| 4.4.5 罕见拷贝数变异在男性与女性中的分布情况 | 第72-73页 |
| 4.4.6 患代谢综合征的对照和代谢健康对照携带的rare CNVs的差异 | 第73-75页 |
| 4.5 GO富集分析 | 第75-79页 |
| 4.6 表达谱分析 | 第79-82页 |
| 4.7 候选基因筛选结果 | 第82-84页 |
| 4.8 SLC18A1上拷贝数缺失的生物信息学预测 | 第84-85页 |
| 4.9 验证阶段样本基本特征及验证结果 | 第85-89页 |
| 4.10 SLC18A1拷贝数变异在结直肠癌组织中频率分布情况 | 第89-91页 |
| 4.11 结直肠癌组织DNA中SLC18A1拷贝变异与临床病理参数及预后的关系 | 第91-95页 |
| 4.12 结直肠癌组织DNA中SLC18A1拷贝变异与表达的关系 | 第95-96页 |
| 4.13 SLC18A1表达在结直肠癌组织和配对正常组织中的差异及其与预后的关系 | 第96-99页 |
| 4.14 SLC18A1基因的拷贝数变异与表达在pan-cancer中的作用 | 第99-101页 |
| 5 讨论 | 第101-111页 |
| 6 结论 | 第111-112页 |
| 7 补充材料 | 第112-114页 |
| 参考文献 | 第114-124页 |
| 综述 | 第124-147页 |
| Reference | 第137-147页 |
| 作者简历及在读期间所取得科研成果 | 第147页 |
