| 中英文缩略词 | 第10-13页 |
| 中文摘要 | 第13-15页 |
| 英文摘要 | 第15-17页 |
| 第一部分 直肠癌患者距离相关区域性癌化的转录组学特征 | 第18-58页 |
| 前言 | 第18-24页 |
| 材料与方法 | 第24-39页 |
| 1. 实验材料 | 第24-26页 |
| 1.1 直肠癌患者手术标本的收集 | 第24页 |
| 1.2 GEO公共数据的获取 | 第24-25页 |
| 1.3 TCGA公共数据的获取 | 第25页 |
| 1.4 主要试剂与试剂盒 | 第25页 |
| 1.5 主要仪器与耗材 | 第25-26页 |
| 1.6 生物信息学分析软件及网站 | 第26页 |
| 2. 实验方法 | 第26-39页 |
| 2.1 总RNA的提取 | 第26-27页 |
| 2.2 总RNA的浓度测定和质控 | 第27-28页 |
| 2.3 Agilent mRNA表达谱芯片实验 | 第28-34页 |
| 2.3.1 待标记样本的制备 | 第28-29页 |
| 2.3.2 合成cDNA | 第29-30页 |
| 2.3.4 cRNA的纯化与质控 | 第30-31页 |
| 2.3.5 杂交样本的准备及杂交 | 第31-32页 |
| 2.3.6 芯片的清洗 | 第32-33页 |
| 2.3.7 芯片的扫描 | 第33-34页 |
| 2.3.8 芯片数据的提取与质量控制 | 第34页 |
| 2.4 数据分析与统计 | 第34-38页 |
| 2.4.1 数据预处理 | 第34页 |
| 2.4.2 组学数据生物信息学分析 | 第34-37页 |
| 2.4.2.1 数据预处理 | 第34-35页 |
| 2.4.2.2 差异表达基因筛选 | 第35-36页 |
| 2.4.2.3 蛋白质蛋白质相互作用(Protein-Protein Interaction,PPI)网络分析 | 第36-37页 |
| 2.4.3 生存分析 | 第37-38页 |
| 2.4.3.1 TCGA公共数据的获取 | 第37页 |
| 2.4.3.2 生存分析 | 第37-38页 |
| 2.5 统计分析 | 第38-39页 |
| 结果 | 第39-47页 |
| 1. 临床样本收集 | 第39-40页 |
| 2. 表达谱分析 | 第40-47页 |
| 2.1 数据预处理和质量控制 | 第40-41页 |
| 2.2 距离相关差异表达基因的筛选 | 第41页 |
| 2.3 距离相关差异表达基因PPI分析 | 第41-43页 |
| 2.4 距离相关差异表达基因关键模块在肿瘤发生多阶段模型中的表达模式验证 | 第43-45页 |
| 2.5 距离相关区域性癌化基因在结直肠癌中的预后价值分析 | 第45-47页 |
| 讨论 | 第47-51页 |
| 结论 | 第51-52页 |
| 参考文献 | 第52-58页 |
| 第二部分 妊娠母体与肿瘤宿主外周血白细胞表达谱相似性研究 | 第58-111页 |
| 前言 | 第58-62页 |
| 材料与方法 | 第62-74页 |
| 1. 实验材料 | 第62页 |
| 1.1 实验对象 | 第62页 |
| 1.2 肺癌患者及健康对照外周血白细胞RNAseq数据的获得 | 第62页 |
| 1.3 主要试剂与试剂盒 | 第62页 |
| 1.4 主要仪器与耗材 | 第62页 |
| 1.5 生物信息学分析软件及网站 | 第62页 |
| 2. 实验方法 | 第62-74页 |
| 2.1 临床样本的处理 | 第62-63页 |
| 2.2 总RNA的提取和质控 | 第63-64页 |
| 2.2.1 总RNA的提取 | 第63页 |
| 2.2.2 总RNA样本的浓度测定和质控 | 第63-64页 |
| 2.2.3 总RNA样本的纯化 | 第64页 |
| 2.3 Agilent mRNA表达谱芯片实验 | 第64页 |
| 2.4 数据分析与统计 | 第64-73页 |
| 2.4.1 数据预处理与统计 | 第64-65页 |
| 2.4.2 组学数据生物信息学分析 | 第65-73页 |
| 2.4.2.1 数据预处理 | 第65页 |
| 2.4.2.2 差异表达基因筛选 | 第65-71页 |
| 2.4.2.3 差异基因的功能分析 | 第71-73页 |
| 2.5 统计分析 | 第73-74页 |
| 结果 | 第74-94页 |
| 1. 妊娠妇女外周血白细胞计数变化 | 第74-75页 |
| 2. 妊娠妇女外周血白细胞表达谱分析 | 第75-90页 |
| 2.1 样本收集 | 第75-76页 |
| 2.2 表达谱分析 | 第76-90页 |
| 2.2.1 数据预处理和质控 | 第76-77页 |
| 2.2.2 分析流程 | 第77-78页 |
| 2.2.3 倍数变化分析妊娠相关基因及其功能 | 第78-81页 |
| 2.2.4 免疫调控分子在妊娠外周血白细胞表达谱中的变化趋势 | 第81-83页 |
| 2.2.5 WGCNA分析妊娠外周血白细胞孕周相关差异表达基因 | 第83-85页 |
| 2.2.6 妊娠妇女外周血白细胞差异表达基因功能分析 | 第85-90页 |
| 2.2.6.1 GO功能注释和KEGG通路富集分析 | 第85页 |
| 2.2.6.2 基因集富集分析(GSEA) | 第85-90页 |
| 3. 妊娠妇女与肺癌患者外周血白细胞基因表达差异的比较 | 第90-94页 |
| 3.1 妊娠相关差异基因在肺癌患者外周血白细胞中的表达变化 | 第90页 |
| 3.2 基因集富集分析结果的比较 | 第90-94页 |
| 讨论 | 第94-101页 |
| 1. 妊娠妇女外周血白细胞计数的变化 | 第94-95页 |
| 2. 中性粒细胞在妊娠和肿瘤中的作用 | 第95-98页 |
| 3. NK细胞在妊娠和肿瘤中的作用 | 第98-101页 |
| 结论 | 第101-102页 |
| 参考文献 | 第102-111页 |
| 附录 | 第111-120页 |
| 基金资助 | 第120-121页 |
| 已发表论文 | 第121-122页 |
| 文献综述 | 第122-134页 |
| 参考文献 | 第127-134页 |
| 致谢 | 第134-135页 |
| 个人简历 | 第135-136页 |
