| 中文摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 第一章 绪论 | 第9-11页 |
| 1.1 蛋白质的结构 | 第9页 |
| 1.2 计算机分子模拟 | 第9-10页 |
| 1.3 研究对象和研究意义 | 第10-11页 |
| 第二章 理论基础与计算方法 | 第11-17页 |
| 2.1 BORN-OPPENHEIMER近似 | 第11-12页 |
| 2.2 力场 | 第12-13页 |
| 2.2.1 力场的组成 | 第12页 |
| 2.2.2 常用力场模型 | 第12-13页 |
| 2.3 分子力学及结构优化算法 | 第13-14页 |
| 2.4 分子动力学 | 第14-15页 |
| 2.4.1 分子动力学基本原理 | 第14页 |
| 2.4.2 积分算法 | 第14-15页 |
| 2.5 恒温恒压下的分子动力学模拟 | 第15-16页 |
| 2.6 主成分分析 | 第16-17页 |
| 第三章 分子动力学模拟研究质子调节酸敏感性离子通道的构象变化 | 第17-34页 |
| 3.1 引言 | 第17-19页 |
| 3.2 理论方法 | 第19-20页 |
| 3.2.1 体系的构建 | 第19-20页 |
| 3.2.2 相关性网络分析 | 第20页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第20-33页 |
| 3.3.1 离子通道跨膜域的变化 | 第22-25页 |
| 3.3.2 PH值为4时离子通道变化的路径 | 第25-28页 |
| 3.3.3 手指域-关节域调节通道门控 | 第28-30页 |
| 3.3.4 拇指域-手掌域调节通道门控 | 第30-33页 |
| 3.4 结论 | 第33-34页 |
| 参考文献 | 第34-41页 |
| 个人简介及攻读硕士学位期间发表论文 | 第41-42页 |
| 致谢 | 第42页 |