| 摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 第一章 文献综述 | 第10-17页 |
| 1.1 北京鸭和绿头野鸭简介 | 第10-11页 |
| 1.1.1 绿头野鸭简介 | 第10页 |
| 1.1.2 北京鸭简介 | 第10-11页 |
| 1.1.3 绿头野鸭与北京鸭的联系 | 第11页 |
| 1.2 鸭基因组研究进展 | 第11-12页 |
| 1.3 等位基因差异表达研究进展 | 第12-15页 |
| 1.3.1 基因表达的调控 | 第12-13页 |
| 1.3.2 等位基因概述 | 第13页 |
| 1.3.3 动植物中等位基因差异表达研究 | 第13-15页 |
| 1.4 顺式调控作用的重要性 | 第15-16页 |
| 1.5 本研究目的及意义 | 第16-17页 |
| 第二章 材料与方法 | 第17-27页 |
| 2.1 北京鸭和野鸭资源群体构建 | 第17页 |
| 2.2 实验材料 | 第17-19页 |
| 2.2.1 血液样品 | 第17-18页 |
| 2.2.2 组织样品 | 第18页 |
| 2.2.3 仪器与设备 | 第18页 |
| 2.2.4 主要试剂和溶液配制 | 第18-19页 |
| 2.3 实验设计 | 第19页 |
| 2.4 生物信息学软件 | 第19-21页 |
| 2.4.1 BWA（Burrows-wheeler Aligment Tool） | 第19页 |
| 2.4.2 Samtools | 第19-20页 |
| 2.4.3 GATK（Genome Analysis Toolkit） | 第20页 |
| 2.4.4 STAR （Spiliced Transcripts Alignment to a Reference） | 第20页 |
| 2.4.5 Hisat（Hierarchical Indexing for Spliced Alignment of Transcripts） | 第20页 |
| 2.4.6 Htseq | 第20-21页 |
| 2.5 基因组数据分析方法 | 第21-22页 |
| 2.5.1 鸭血基因组总DNA提取与检测 | 第21页 |
| 2.5.2 建库测序 | 第21页 |
| 2.5.3 测序原始数据质控和过滤 | 第21-22页 |
| 2.5.4 序列比对和变异检测 | 第22页 |
| 2.6 转录组数据分析方法 | 第22-27页 |
| 2.6.1 组织总RNA提取与检测 | 第22-23页 |
| 2.6.2 建库测序 | 第23页 |
| 2.6.3 测序原始数据质控和过滤 | 第23页 |
| 2.6.4 序列比对 | 第23页 |
| 2.6.5 基因表达量计算 | 第23-24页 |
| 2.6.6 等位基因表达量计算 | 第24-25页 |
| 2.6.7 差异表达等位基因筛选 | 第25-26页 |
| 2.6.8 GO和KEGG分析 | 第26-27页 |
| 第三章 结果与分析 | 第27-39页 |
| 3.1 亲本重测序数据分析 | 第27-28页 |
| 3.1.1 血液DNA样本检测结果 | 第27页 |
| 3.1.2 重测序原始数据 | 第27-28页 |
| 3.1.3 序列比对结果和全基因组变异数据 | 第28页 |
| 3.2 杂交后代转录组数据 | 第28-39页 |
| 3.2.1 组织RNA样本检测结果 | 第28-29页 |
| 3.2.2 转录组测序数据 | 第29-31页 |
| 3.2.3 序列比对结果 | 第31-32页 |
| 3.2.4 基因表达模式分析 | 第32-34页 |
| 3.2.5 差异表达等位基因 | 第34-39页 |
| 第四章 讨论 | 第39-42页 |
| 4.1 关于试验设计 | 第39-40页 |
| 4.1.1 关于重测序样本选择 | 第39页 |
| 4.1.2 关于正反交试验 | 第39-40页 |
| 4.1.3 关于不同组织混合测序 | 第40页 |
| 4.2 关于差异表达等位基因筛选 | 第40-42页 |
| 第五章 结论 | 第42-43页 |
| 5.1 本研究的结果 | 第42页 |
| 5.2 本研究的创新点 | 第42-43页 |
| 参考文献 | 第43-48页 |
| 附录 | 第48-50页 |
| 附录1 DNA和RNA提取所用试剂及流程 | 第48-50页 |
| 致谢 | 第50-51页 |
| 作者简介 | 第51页 |
